FastQCFastQC Report
Wed 8 May 2024
EGAF00000220344

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00000220344
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences2000000
Total Bases200 Mbp
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC60

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GNGNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN455212.27605No Hit
ANGNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN108490.54245No Hit
CNGNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN100280.5014000000000001No Hit
GNGNNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN95040.4752No Hit
GNCNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN85630.42815No Hit
GNANNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN84840.4242No Hit
GNGNNNGNNGNNTNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN79530.39765No Hit
TNGNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN77930.38965No Hit
GNGNNNGNNGNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN73100.3655No Hit
GNGNNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN70140.3507No Hit
GNGNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN67180.3359No Hit
GNTNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN57110.28554999999999997No Hit
GNGNNNGNNGNNGNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN48380.2419No Hit
GNCNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN48040.2402No Hit
GNGNNNGNNTNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN47350.23675No Hit
GNGNNNANNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN42070.21034999999999998No Hit
GNGNNNTNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN40500.20249999999999999No Hit
GNGNNNCNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN40250.20124999999999998No Hit
ANANNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN38840.19419999999999998No Hit
GNANNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN38380.1919No Hit
ANCNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN35340.1767No Hit
ANGNNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN33060.1653No Hit
ANGNNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN32380.1619No Hit
GNCNNNGNNCNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN31890.15945No Hit
GNCNNNGNNGNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN31410.15705No Hit
ANGNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN30020.15009999999999998No Hit
CNGNNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN30020.15009999999999998No Hit
GNANNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN29520.1476No Hit
CNCNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28950.14475No Hit
CNGNNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28310.14155No Hit
ANCNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27370.13685No Hit
GNGNNNGNNGNNGNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27210.13605No Hit
GNGNNNGNNGNNGNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27170.13585No Hit
CNGNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26860.1343No Hit
GNGNNNGNNCNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26710.13355No Hit
CNANNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26620.1331No Hit
ANGNNNGNNGNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26580.13290000000000002No Hit
GNGNNNGNNANNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26490.13244999999999998No Hit
ANGNNNGNNGNNTNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26270.13135No Hit
ANTNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26110.13055No Hit
GNCNNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25660.1283No Hit
CNGNNNGNNGNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25240.1262No Hit
ANANNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN24250.12125No Hit
CNGNNNGNNGNNTNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN24200.121No Hit
CNTNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23490.11745No Hit
GNCNNNGNNANNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23360.1168No Hit
ANGNNNGNNTNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23160.1158No Hit
ANCNNNGNNCNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN22120.1106No Hit
ANGNNNGNNGNNGNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21720.10859999999999999No Hit
GNANNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21690.10844999999999999No Hit
GNANNNGNNGNNCNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21430.10715No Hit
CNCNNNGNNCNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21410.10705No Hit
TNGNNNGNNGNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21330.10665No Hit
GNANNNANNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21310.10655No Hit
GNANNNGNNGNNGNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21280.10640000000000001No Hit
GNCNNNGNNGNNTNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21190.10594999999999999No Hit
GNGNNNGNNCNNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21070.10535No Hit
GNANNNGNNANNANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20700.1035No Hit
TNANNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20650.10325No Hit
ANGNNNCNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20340.10169999999999998No Hit
TNCNNNGNNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20300.1015No Hit
ANGNNNANNGNNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20280.10139999999999999No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.12.1)