FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00000537985

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00000537985
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences2000000
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC55

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
NNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1520237.60115No Hit
GNGNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1112255.56125No Hit
NNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN854624.2730999999999995No Hit
NNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN820154.100750000000001No Hit
NNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN818084.090400000000001No Hit
ANGNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN565572.82785No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN535272.67635No Hit
GNANNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN432912.16455No Hit
CNGNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN426862.1343No Hit
TNGNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN388291.9414500000000001No Hit
GNGNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN376431.8821500000000002No Hit
GNCNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN366821.8341No Hit
GNGNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN360571.8028499999999998No Hit
ANANNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN359311.7965499999999999No Hit
ANANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN352931.7646499999999998No Hit
GNTNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN343911.71955No Hit
GNGNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN339951.6997499999999999No Hit
ANGNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN330641.6532000000000002No Hit
ANGNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN307061.5353No Hit
ANANNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN289811.44905No Hit
GNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN286391.43195No Hit
ANGNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN280801.4040000000000001No Hit
ANTNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN272861.3643No Hit
ANCNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN266641.3332No Hit
ANTNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN258861.2943No Hit
ANTNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN254911.27455No Hit
GNANNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN241051.2052500000000002No Hit
ANANNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN231281.1563999999999999No Hit
GNTNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN225341.1267No Hit
CNGNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN224261.1213000000000002No Hit
GNTNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN222051.11025No Hit
ANCNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN220811.10405No Hit
CNGNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN218291.09145No Hit
GNCNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN214311.07155No Hit
CNGNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN211651.05825No Hit
GNANNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN210871.0543500000000001No Hit
GNCNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN208991.04495No Hit
ANCNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN208971.0448499999999998No Hit
CNTNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN204641.0231999999999999No Hit
GNCNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN198990.99495No Hit
CNCNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN188630.94315No Hit
TNTNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN188140.9407000000000001No Hit
ANCNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN186940.9347No Hit
TNTNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN186730.93365No Hit
ANTNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN184870.92435No Hit
TNGNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN182920.9146No Hit
GNTNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN177890.88945No Hit
TNGNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN175580.8779No Hit
CNTNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN174360.8718No Hit
CNTNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN171880.8593999999999999No Hit
TNTNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN171750.85875No Hit
TNANNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN171710.8585499999999999No Hit
CNANNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN168260.8413No Hit
TNGNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN154130.77065No Hit
TNCNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN150720.7536No Hit
CNTNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN150370.75185No Hit
CNCNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN144250.7212500000000001No Hit
CNCNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN141540.7077No Hit
CNCNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN140520.7026No Hit
TNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN139180.6959No Hit
CNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN138390.6919500000000001No Hit
TNTNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN128630.64315No Hit
TNANNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN124770.62385No Hit
CNANNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN119800.599No Hit
TNCNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN119610.59805No Hit
TNCNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN111560.5578No Hit
CNANNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN109910.54955No Hit
TNANNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN98680.4934No Hit
TNCNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN97100.4855No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)