FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00000538491

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00000538491
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences2000000
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC56

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN93241646.6208No Hit
GGGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN308451.5422500000000001No Hit
GGGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN119130.59565No Hit
AGGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN90200.451No Hit
GGGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN77870.38935No Hit
TGGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN73060.3653No Hit
GAGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN68830.34415No Hit
GGAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN63550.31775000000000003No Hit
CGGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN57910.28955000000000003No Hit
GGGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN56550.28275No Hit
GTGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN52500.2625No Hit
GGGCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN50350.25175000000000003No Hit
GGTGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN46030.23015000000000002No Hit
AGGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN45270.22635No Hit
CAGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN42960.21480000000000002No Hit
AAGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN42760.21380000000000002No Hit
GCGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN42390.21194999999999997No Hit
GGGTNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN42000.21No Hit
GGCGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN41870.20934999999999998No Hit
GGGGNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN41600.208No Hit
GAGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN37150.18575No Hit
TGGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN36550.18275No Hit
AGAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN34260.17129999999999998No Hit
CTGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN34100.17049999999999998No Hit
AGGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN33970.16985No Hit
AGGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN33160.1658No Hit
GGAGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN32580.1629No Hit
GAAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN31680.15839999999999999No Hit
GAGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN29810.14905000000000002No Hit
GAGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN29560.1478No Hit
AAAANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN29090.14545No Hit
AGGCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN29080.1454No Hit
GCAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28660.1433No Hit
ATGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28540.14270000000000002No Hit
GGGANNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28150.14075No Hit
GGGCNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27890.13945No Hit
CGGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27880.1394No Hit
GGAANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27580.1379No Hit
GCTGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN27450.13725No Hit
GGAGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26890.13445No Hit
AAGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26870.13435No Hit
AAAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26670.13335No Hit
GTGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN26160.1308No Hit
TGGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25710.12855No Hit
CAGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25330.12665No Hit
AAAANNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25060.1253No Hit
GGTGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN24650.12325000000000001No Hit
GGCCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN24500.1225No Hit
GGGANNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN24120.1206No Hit
AAGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23990.11995No Hit
AGAANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23920.1196No Hit
GGCANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23750.11875No Hit
TGGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23590.11795No Hit
GCGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23540.11770000000000001No Hit
TTGGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23450.11725No Hit
GAGCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN23150.11574999999999999No Hit
CAGANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN22970.11485No Hit
GGCGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21910.10955No Hit
CAGCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21790.10894999999999999No Hit
AAGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21600.108No Hit
AGTGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21490.10744999999999999No Hit
GATGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21390.10694999999999999No Hit
GAAANNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21330.10665No Hit
AAAANNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21320.10660000000000001No Hit
GGCTNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21270.10635No Hit
AGGGNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21240.1062No Hit
CAGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21140.1057No Hit
TGAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN21010.10505No Hit
AGGTNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20900.1045No Hit
TGGCNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20890.10445No Hit
CTGGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20820.1041No Hit
GGGCNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20680.10339999999999999No Hit
GGGTNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20470.10235000000000001No Hit
ACAGNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20170.10085000000000001No Hit
AGAGNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20130.10065No Hit
GTGGNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN20120.1006No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)