FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00000538945

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00000538945
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences2000000
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC58

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN48007024.0035No Hit
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN40215620.1078No Hit
CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN28353114.176549999999999No Hit
TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN25396412.698200000000002No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN220661.1033No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN165440.8271999999999999No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN115870.57935No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN103870.51935No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN95760.47879999999999995No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN89570.44784999999999997No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN88940.44470000000000004No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN85480.4274No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN78990.39494999999999997No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN68690.34345000000000003No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN67820.3391No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN67570.33785No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN66010.33005No Hit
GNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN64430.32215No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN61360.3068No Hit
CNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN59970.29985No Hit
ANNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN58820.29410000000000003No Hit
ANNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN58340.2917No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN55860.2793No Hit
TNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN53220.2661No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN53110.26555No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN49050.24524999999999997No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN48310.24155000000000001No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNN47950.23975No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN47830.23915No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN46860.2343No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN46270.23135No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN46070.23035No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN43760.2188No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNGNNNNN43410.21705000000000002No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN42380.21189999999999998No Hit
CNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN42260.2113No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN42050.21025000000000002No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN41970.20985No Hit
CNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN40790.20395000000000002No Hit
TNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN36330.18165No Hit
TNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNGNNNNN36200.181No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNGNNNNN36180.1809No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN35950.17975No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNN35920.1796No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN34330.17165No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN34210.17105No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN33490.16745No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN32690.16345No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN32330.16165000000000002No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN31610.15805No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN31410.15705No Hit
GNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN31400.157No Hit
ANNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN30560.15280000000000002No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN30360.1518No Hit
CNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN30260.1513No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN30040.1502No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN29100.1455No Hit
ANNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN28980.1449No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN27960.13979999999999998No Hit
TNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN27630.13815No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNANNNNN27210.13605No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNGNNNNN26000.13No Hit
CNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNN25940.1297No Hit
ANNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNANNNNN25380.12689999999999999No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN24960.1248No Hit
GNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN24270.12135No Hit
ANNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN24180.12090000000000001No Hit
GNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNN23120.1156No Hit
GNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN23070.11535000000000001No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNN23000.11499999999999999No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNN22970.11485No Hit
ANNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN22830.11414999999999999No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN22800.11399999999999999No Hit
TNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNGNNNNN22580.1129No Hit
CNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN22360.11180000000000001No Hit
ANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN21500.1075No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN21440.1072No Hit
CNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN21440.1072No Hit
CNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN21270.10635No Hit
GNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNGNNNNN21160.10579999999999999No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNANNNNN21020.10510000000000001No Hit
ANNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNCNNNNN20990.10495000000000002No Hit
CNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN20930.10464999999999999No Hit
GNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNGNNNNN20930.10464999999999999No Hit
CNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNANNNNN20460.1023No Hit
GNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNTNNNNN20460.1023No Hit
ANNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNTNNNNN20360.1018No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)