FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00000588545

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00000588545
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences44148
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC28

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2576858.36730995741597No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANN8912.01821147050829No Hit
NANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN7951.800761076379451No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN7491.696566095859382No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN7221.635408172510646No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNN6791.5380085168071034No Hit
NTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5391.220893358702546No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNN5311.2027724925251428No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4861.1008426202772492No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNN4481.0147685059345837No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4410.9989127480293559No Hit
NNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4330.9807918818519525No Hit
NCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4120.933224608136269No Hit
NGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4040.9151037419588657No Hit
NNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3930.8901875509649361No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNN3570.8086436531666213No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNN3410.7724019208118148No Hit
NNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3220.729364863640482No Hit
NNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3080.6976533478300263No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3050.6908580230135001No Hit
NNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2920.6614116154752196No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2530.5730723928603788No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2400.5436259853220984No Hit
NNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2380.5390957687777476No Hit
NNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2310.5232400108725197No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2200.4983238198785902No Hit
NNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2120.48020295370118693No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNN2120.48020295370118693No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2090.47340762888466065No Hit
NNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2080.47114252061248524No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNN2070.4688774123403099No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2060.4666123040681345No Hit
NNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN2030.45981697925160825No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNN2010.4552867627072574No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1710.3873335145419951No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNN1690.3828032979976443No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1570.3556219987315394No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1560.35335689045936397No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1550.3510917821871885No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1530.34656156564283774No Hit
NNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1440.32617559119325906No Hit
NNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1420.3216453746489082No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1390.314850049832382No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1370.31031983328803114No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1280.28993385883845246No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1230.2786083174775754No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNN1200.2718129926610492No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNN1200.2718129926610492No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1200.2718129926610492No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1130.25595723475582133No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1100.2491619099392951No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1020.23104104376189183No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN980.2219806106731902No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN970.21971550240101478No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN770.17441333695750658No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA740.16761801214098035No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA730.1653529038688049No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN710.1608226873244541No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNN700.1585575790522787No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT690.15629247078010328No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN690.15629247078010328No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNN690.15629247078010328No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT630.14270182114705085No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA530.12005073842529673No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG500.11325541360877049No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNN490.1109903053365951No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC470.10646008879224428No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA470.10646008879224428No Hit
NNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC460.10419498052006886No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)