FastQCFastQC Report
Mon 5 Sep 2022
EGAF00001416199

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00001416199
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences19197080
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC36

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATT714630.37225973950204927No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAT651760.339509967140836No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATT521730.2717757075555241No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTCGATT282470.14714216953828396No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGTAAAGTAATGGAATTAATTTGATT280190.14595448891185533No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAAG279440.14556380449526699No Hit
CGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGTG260340.13561437468615017No Hit
CGGGCGCGGTGGTTTACGTTTGTAATTTTAGTATTTTGGGAGGTCGAGGCG257900.1343433480508494No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAAT253480.13204091455575534No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAAT244720.12747772057000337No Hit
TGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAATT200390.10438566698685425No Hit
TGGAGTAGTAAGTTATAATATGGGAGATTATTTTGAAGTTTGGTAGGATAA200080.10422418409466438No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAATGGAAT198720.10351574301925084No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAAT197770.10302087609157227No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAAT194070.10109349963640303No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)