FastQCFastQC Report
Wed 22 Feb 2023
EGAF00001721622

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00001721622
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences119607090
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length30-101
%GC36

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[OK]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAA5246930.43868051634731686No Hit
CGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT4861020.4064157066274249No Hit
CGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAATGGAA3723330.311296763427653No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAAT3592740.3003785143506125No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCGTGTTAGTT3127910.2615154335750498No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGATTGTAATGGAA2755190.2303534012908432No Hit
CGGAATAGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAA2177230.18203185112186912No Hit
CGGTTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATTTTGTTAGTT2105970.1760740103283175No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTTATTGTAATGGAATGGAA1918340.16038681318975323No Hit
TGGGTGGAGTGGAATGGAATGTAATGGAGTGGAATGTAATGGAATTTAGT1894100.15836017747777326No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGTAATGGATTTAAT1772790.14821780213865246No Hit
CGGGTAGAGGTTGTAATTTCGGTATTTTGGGAGGTTAAGGTAGGCGGTTG1611490.13473197951726776No Hit
CGGAATTGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAATGGAA1562980.13067619988079301No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAT1536130.12843134968002315No Hit
CGGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGATTGTAATGGAA1518580.12696404535884953No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTCGAGTGTAA1453900.12155633917688324No Hit
CGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATTAATTTGAT1325970.11086048494282405No Hit
CGGTACGAGATCGATAGTTAATAAGTATCGTAAGGGAAAGTTGAAAAGAA1249470.10446454303001604No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)