FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00002294042

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00002294042
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC50

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTT26.666666666666667TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 21bp)
CAAGCAATCAAGGCCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTTCT26.666666666666667TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 23bp)
GAAGCAGTGGATCTCCGAGCCCACGAGACGCTCATGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAACAC13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 8 (96% over 29bp)
CCTGACTCACGTTTCCGAGCCCACGAGACAACCAACGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACAGC13.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 36 (96% over 30bp)
CAATCACAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCGACGAGACGATGCACAAGCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335No Hit
CAAGCAATCAAGGCCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACACTCTCGTATGCCGTCTTCT13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 4 (95% over 21bp)
CAACCAAAAGAACAACCTGTCTCTTATACACATCTCCTAGCCCACGAGACGATGCACAAACTCTTATGCCGTCTT13.3333333333333335No Hit
CAAGCAAAAGCACAGCCTGTCTCTTTACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTTC13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 22bp)
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACCATCTNGTATGCCGACTT13.3333333333333335No Hit
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAAGCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTNGTATGCCGTCTT13.3333333333333335No Hit
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGGATGCCGGCTT13.3333333333333335No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATTCCCAATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335Illumina PCR Primer Index 4 (95% over 21bp)
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAAACTCGGATGACGTCTT13.3333333333333335No Hit
AAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAAACTCGTATGCCGACTT13.3333333333333335No Hit
CAACCAAACGAACATCCTTTCTCTTATACACATCTCCGAACCCACGAGACTATGCACGATCTCGTATGCCTTCTT13.3333333333333335Illumina PCR Primer Index 1 (95% over 21bp)
CCCGCAATCAAGGCCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTTCT13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 23bp)
CAACCAAAAGAACCGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATTCACAATCTCGTATGCCTTCTT13.3333333333333335No Hit
GAAGCAGTGGATCTCCGAGCCCACGAGACGGACTCCTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAATA13.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 30bp)
AAACTCCCTGACCAATCTATCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAAAACCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335No Hit
GTCATTGTCACTGGTCAGCTCCAGCACCTTCTGCTGCGTCTCCACGTTGCGCTGCTTGGCCTTGTCGCGGCTCTT13.3333333333333335No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGCACAATGTCGTATGCCGACTT13.3333333333333335No Hit
GTCATTGTCACTGGTCAGCTCCAGCACCTTCTGCTGCGTCTCCACGTTGCGCTGCTGGGCCTTGTCGCGGCTCTT13.3333333333333335No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCGTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATGAACAAGCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 36 (95% over 21bp)
CCCCCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGATCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335Illumina PCR Primer Index 1 (95% over 21bp)
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACTAGACGATGCGCAATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 32 (95% over 21bp)
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTACGAGCCCACGAGACGATGCACAATCTCGTATGCCGTCTT13.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 1 (95% over 21bp)
CAACCAAAAGAACAGCATGTCTCTTATACAGATCTCCGAGACCACGAGACGATGCACAATGTCGTATGCCGTCTA13.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)