FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00002295622

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00002295622
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC50

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGATCTCGTATGCCGTCTT28.333333333333332RNA PCR Primer, Index 47 (95% over 23bp)
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTATTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAACTCGTATGCCGGATT14.166666666666666No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAACTCGTATGCCGTCTT14.166666666666666No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTGATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAGCTCGAATGCGGTCTT14.166666666666666No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAACTCGTATGCGGTCTT14.166666666666666No Hit
CAAGCAATCAAGGCCAGTCTTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGACCTCGTATGCCGTCTTCTG14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 47 (95% over 24bp)
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGATCTNGTATGATGTCTT14.166666666666666No Hit
CAAGCAAACGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGCCGTTGGAAGATCTCGTATGCCGTCTT14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 47 (95% over 23bp)
CAAGCAATCAAGGCCAGTATCTTATACACATCTCCGAGCCCACGCGACGTTGGAAGATCTCGTATGCCGTCTTCT14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 37 (95% over 24bp)
GTAGTGCTGCTCGTACAGGTAGCAGGCCACCACAATGCTGGCGGGGACCGTGTAGAGCAGCGTGAAGATGCCGAT14.166666666666666No Hit
CAAGCAATCAAGGCCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAGATCGTATGCCGTCTTAT14.166666666666666No Hit
CAAGCAATCAAGGCCAGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGTAAGATCTCGTATGCCGTCTTCT14.166666666666666TruSeq Adapter, Index 9 (95% over 23bp)
CAAGCAATCAAGGCCAGTGTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGACCTCGTATGCCGTCTGCT14.166666666666666No Hit
TTTCAGGTCAGAGCTGAAGTCCTCACGACGTTTGCCCTCTGTGGATTTGCCAATTTCAGCTCCATTGGGATCATG14.166666666666666No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAGTAGCTCGTATGCCTTCTT14.166666666666666No Hit
CAGTGACATGTATTCCCCCTCTTACCTTAAGGCTGTGATTCTTTCTCTCTTCTTTTTTCTTCCTGGCAGTATTAT14.166666666666666No Hit
GTTTCCAGGTCAAGGGTAACGGAACGTGGACCAAGACACGCGTCTCCTCCCGGGTGCGGGGGGCCCCCTCAGTGA14.166666666666666No Hit
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTTGACAATATAGTATTCCGACTT14.166666666666666No Hit
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGATCTCGTATGCCGTCTT14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 47 (95% over 23bp)
CAACCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGGTGGAAGAGCTCGTATGCCGTCGT14.166666666666666Illumina Single End Adapter 1 (95% over 22bp)
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAACTCGTATGACGACTT14.166666666666666No Hit
CAAGCAAAAGAACAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGAACTCGTATGACGTCGT14.166666666666666No Hit
AAACTCCCTGACCAATCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCACACGAGACGTTGGAAGATATCGTATGCCGTCGT14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)