FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00002295939

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00002295939
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCTCCGAGCCCACGAGACAACCAACGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGG16.666666666666667Illumina Paired End PCR Primer 2 (96% over 28bp)
GACCCACACCAGAGTCTCCGTGCAGCGGACTCAGGCTCCAGCTGTGGCTACAACATAGGGCTGTCTTTTATACAC16.666666666666667No Hit
GGTGACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGA16.666666666666667No Hit
GTATAGATCTCATGAATCAAATCCTCCATGCAGATGATGCCGTATTTACCAAGAGATCGAGCAATCAAAGCGTTA16.666666666666667No Hit
AAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAAGTGCGAAATTTGAGGAAAACACTGAAGCTGACACAT16.666666666666667No Hit
CGGAGATGTGCATAAGAGACAGCTGAGGACGCTGCGGATGCTGTCTCTTATACACATCTGACGCTGTCTCTTATA16.666666666666667No Hit
AATCACATAATATACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATGCATAAAAAAAAAAGAAAATTT16.666666666666667No Hit
AGCTAGGCCAGGGCAAGAGGGTCTCCAGGCTTCACCCCCTGGTCTCCGCGGGCCTCAGCTGTCTCCTCGCGGCTC16.666666666666667No Hit
CTTTTTCTCCTATGGCGTGCAGGCCACATGTTACTTCCTATTCCCCAGGCCTGCCACTGTAGGATTAACAACTAA16.666666666666667No Hit
GCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCTACGAGCCCACGCGACAACAAACGATCAAATATGACGTCTTCAGCAAAAA16.666666666666667No Hit
CAATAATAGTGGAAGACTTTAACACCACATTGTCAATATTAGACAGATCAACGAGACAGAAAATTAACAAGGATA16.666666666666667No Hit
AGCTTGTTCCGTTAGCTGGCATAAGATTCCATGCCTAGATGTGATACACGTTTCTGGAAACTGCCTCGTCATGCG16.666666666666667No Hit
TCTCCGAGCCCACGAGACACCATTCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGG16.666666666666667RNA PCR Primer, Index 32 (96% over 33bp)
CGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGTCCAGGGTGGGCATGGGCACGCTGTCTCTTATACCAGTCTCTTATACACAT16.666666666666667No Hit
CATCATATCTATAAAATATAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACCATAAAACAAA16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)