FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00002295941

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00002295941
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length75
%GC50

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTCCAGCCTTCCTTCCTGGGTATGGAATCTTGCGGCATCCACGAGACCACCTTCAACTCCATCATGAAGTGTGA14.166666666666666No Hit
CCCGATGAGCAGCACTACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAACCAATCCTCATCTCGTATGCCGTCT14.166666666666666TruSeq Adapter, Index 18 (95% over 21bp)
CATCCATAGCGTCCTCAGCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGACCCACGTATATCTCGTATGCCGTCTT14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 37 (95% over 21bp)
GAGATGTGTATAAGAGACAGCGTGCCCATGCCCACCCTGGACCTGTCTCTTATACCTGTCTCTTATACACATCTC14.166666666666666No Hit
TCTCCGAGCCCACGAGACAACCAACGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGG14.166666666666666Illumina Paired End PCR Primer 2 (96% over 28bp)
CTTCCACTATGTCCTATCAATAGGAGCTGTATTTGCCATCATAGGAGGCTTCATTCACTGATTTCCCCTATTCTC14.166666666666666No Hit
TGTACGAAGTCCTCGTCGCCGACGTGCACCTTGATGAAGTAGTTTGTCCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCC14.166666666666666No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGGGGAATTCTCCAGATTACTTCCATTTCCGCCCAAGCTGCTCACCTGTCTCTTA14.166666666666666No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAGGTAGGCATTGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCTTCTGCTGAGGGGGCAGGCGGA14.166666666666666No Hit
CAGCATCTCCGAGCCCACGAGACGTTGGAAGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGG14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 47 (96% over 30bp)
GCGGTGCTCTACGGGGTCGACCTGCGCAATGCCGACCTGCGGCAGGCCAACCTGACCCGAGCGGACCTCAGGGGC14.166666666666666No Hit
GAGCTGAGGTGAAGATCCCCCATGTACTCTGCGTCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGATCAG14.166666666666666No Hit
CAGGTCCAGGGTGGACATGGGCACGCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGATCAGTATCTCGTA14.166666666666666No Hit
CACAAGGAGGGTCCGCAGGGTCCCCGGACTACCCACCAAGGGTCGGCTCTGCTTTGAAACGCAGCTGCAGGAGGC14.166666666666666No Hit
CATCCATAGCGTCCTCAGCTGTCTCTTATACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGATCAGTAT14.166666666666666No Hit
TCTCCGAGCCCACGAGACCATCGACCAGCTGGTATGGCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAATGGGGGGGGGGGGGGG14.166666666666666No Hit
CATGTAATAAAACAAAATATACAAAAAAAGCAAAAAATATCACGATGTCATGACAACAACAACAAAATCAATAAA14.166666666666666No Hit
ATGCAATTCCTTAGGATTAGAAGTCATCAAGTTATACTGTCAAGGATCGACTCCTCTTCCTTCTCCATTCCGGTG14.166666666666666No Hit
AAATAGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAAGAGGACAGAAAGATAGAAGAAATCAAGGAAA14.166666666666666No Hit
CAAGTTGCCCAGGCAACCAGTATAGCCACTGGTGCAGCCAGTAGAAAATTGGGCACCTGCTTGAGCTCATAGTAT14.166666666666666No Hit
CCCTCGCGGTACTTGTTTGCTATCGGTCTCTCGCCCGTATTTAGCCTTGGACCTGTCTCTTATACACATCTCCGA14.166666666666666No Hit
CACAAGCACGATCGGCTCCTAATAGGAGGTGAATTAGATAGGGAAAAGATCGGGATGCTACTAGTTTACTGCGTC14.166666666666666No Hit
CTCCGAGCCCACGAGACACCATTCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG14.166666666666666RNA PCR Primer, Index 32 (96% over 33bp)
CATCATAATTTTCTGTGTCTGTTTTCACCTTCTTCATATTTAAAAAATGCAAAAAATCACCCTGTCGTTTTGACA14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)