FastQCFastQC Report
Tue 13 Sep 2022
EGAF00003474323

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003474323
File typeConventional base calls
EncodingIllumina 1.5
Total Sequences104210886
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC52

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[FAIL]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1057784910.15042612726659No Hit
NNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN8773100.841860225619807No Hit
NNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN8383840.8045071222213771No Hit
NNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN8237640.7904778777142342No Hit
NNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN7535660.7231163930417019No Hit
GNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN7340150.7043553971895028No Hit
GNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN6826900.6551043045541326No Hit
GNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN6629860.6361964910268587No Hit
GNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN6478400.6216625007871058No Hit
NCNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN6074830.5829362203100356No Hit
NTNNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5732560.5500922427624307No Hit
NGNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5678570.5449114020583224No Hit
NANNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5329270.5113928308794918No Hit
NANNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5172450.4963444989806535No Hit
NCNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5088330.48827240562948476No Hit
NANNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN5001960.479984403932618No Hit
NCNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4922420.47235180401402593No Hit
NANNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4823520.4628614327297822No Hit
NCNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4738270.45468090540944067No Hit
NGNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4726380.4535399497515068No Hit
NGNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4712430.4522013180081781No Hit
NGNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4705150.4515027345607637No Hit
NANNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4400040.42222460329144496No Hit
NTNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4377020.4200156210167909No Hit
NGNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4363730.4187403223882004No Hit
NCNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4341860.41664169326801426No Hit
NGNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4334370.4159229583750012No Hit
NGNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4333670.4158557868896729No Hit
NANNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4325740.4150948299201678No Hit
NGNNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4321110.4146505385243534No Hit
NGNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4302300.41284554475431673No Hit
NANNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4296680.4123062536863951No Hit
NTNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4236800.40656021291288136No Hit
NGNNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4151690.39839311988960535No Hit
NCNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4110200.39441176999493127No Hit
NANNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4079970.3915109214213955No Hit
NGNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4032280.38693462408524193No Hit
NCNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN4011080.38490028767244144No Hit
NGNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3932240.37733485923917776No Hit
NTNNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3909650.37516713944836816No Hit
NCNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3837830.3682753450536828No Hit
NCNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3777450.3624813246477916No Hit
NANNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3753350.36016870636720233No Hit
NANNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3749790.3598270913846755No Hit
NGNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3675700.3527174694589968No Hit
NTNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3653320.3505699011137858No Hit
NTNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3605610.34599168459233715No Hit
NTNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3567830.3423663435699031No Hit
NCNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3560950.34170614382839043No Hit
NTNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3552640.34090872233827857No Hit
NCNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3542070.33989443290982096No Hit
NGNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3539210.3396199894126224No Hit
NANNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3501720.3360224765769672No Hit
NGNNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3495680.3354428826178486No Hit
NTNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3492960.3351818734177157No Hit
NGNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3474340.33339511190798243No Hit
NTNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3438890.3299933559724269No Hit
NTNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3413190.3275272028682301No Hit
NCNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3392630.32555428038487266No Hit
NANNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3382910.32462155633145656No Hit
NANNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3381120.3244497892475456No Hit
NTNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3366950.32309004646597095No Hit
NTNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3366700.3230660566497822No Hit
NCNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3338990.3204070254234284No Hit
NCNNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3314310.3180387507692814No Hit
NANNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3287740.31548911310474803No Hit
NANNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3287210.315438254694428No Hit
NANNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3281060.31484810521618634No Hit
NTNNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3263820.3131937674918146No Hit
NTNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3263480.313161141341798No Hit
NCNNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3120610.29945144118628836No Hit
NTNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3101510.29761861922947286No Hit
NCNNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN3088810.29639993656708763No Hit
GCNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1767970.1696531013084372No Hit
GGNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1655440.15885480524558634No Hit
GGNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1560070.1497031701659268No Hit
GCNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1559160.14961584723500002No Hit
GANNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1541790.14794903480621016No Hit
GANNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1504090.14433137052495648No Hit
GTNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1491490.14312228378904676No Hit
GTNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1488210.14280753740065122No Hit
GGNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1452990.13942785209598926No Hit
GGNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1443320.13849992600581093No Hit
GTNNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1441660.13834063362631807No Hit
GANNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1435950.13779270622456852No Hit
GCNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1429360.1371603346698348No Hit
GCNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1396230.13398120422851026No Hit
GANNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1378790.1323076746511876No Hit
GANNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1367980.13127035499918885No Hit
GGNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1366060.13108611321085975No Hit
GANNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1348420.12939339178058615No Hit
GGNNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1342520.1288272321185332No Hit
GGNNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1340600.12864299033020407No Hit
GGNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1336730.12827162797560324No Hit
GCNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1333540.1279655179210356No Hit
GGNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1329020.12753178204434418No Hit
GANNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1325350.1271796115426943No Hit
GTNNGNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1317330.12641001823936127No Hit
GGNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1311600.12586017165231664No Hit
GTNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1305970.12531992099174744No Hit
GTNNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1303900.12512128531370512No Hit
GANNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1297180.12447643905455327No Hit
GCNNGNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1265780.12146331814125447No Hit
GGNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1255380.12046534178780516No Hit
GANNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1254650.12039529152453421No Hit
GCNNGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1247840.11974180893155444No Hit
GTNNANNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1247180.1196784758168163No Hit
GTNNCNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1217430.11682368769036279No Hit
CNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1217110.11679298072564129No Hit
GCNNGNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1204350.1155685405073708No Hit
GTNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1204050.11553975272794437No Hit
GTNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1203520.11548889431762437No Hit
GGNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1201760.11532000601165603No Hit
GTNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1200080.11515879444686805No Hit
GCNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1191700.11435465580822332No Hit
GGNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1179560.1131897103341008No Hit
GGNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1178680.11310526618111662No Hit
GANNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1163650.11166299843185289No Hit
GGNNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1161770.11148259501411399No Hit
GCNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1151150.11046350762241863No Hit
GANNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1147380.11010174119429328No Hit
GTNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1139130.10931007726006667No Hit
CNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1124800.10793498099613125No Hit
GANNTNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1123830.10784190050931915No Hit
GGNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1121550.10762311338567834No Hit
GTNNCNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1116830.10717018565603598No Hit
GTNNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1114050.10690341890001778No Hit
GCNNANNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1112140.10672013670433625No Hit
GANNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1110950.1066059451792781No Hit
GANNTNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1107590.10628352204970218No Hit
GCNNTNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1095420.10511569779763699No Hit
GTNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1091540.10474337585038859No Hit
CNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1084880.10410428714712203No Hit
GCNNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1080050.10364080389835666No Hit
GANNCNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1078470.10348918826004415No Hit
GTNNCNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1076030.1032550476540426No Hit
GANNTNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1073040.10296812945242591No Hit
CNNNNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN1059290.10164868956204826No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)