FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003625161

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003625161
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC58

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTTCACGGTATCGGCTTCTATGGCGAATGACAGTGGAAAGCTGTGTGTT35.0No Hit
GGCCAGCGCCAGGAAGATCAGGATGATGGCGATCGCGACCACGTTCCAGG35.0No Hit
CAGGAACGCGGCCCCGCCCCAGCGCATGGCGGACAGGAACCACGGCGCGC23.3333333333333335No Hit
GAACAGGATGTTCCCGGCCAGGCCGTGGATCAGCCAGGCGGCGGGAAAGC23.3333333333333335No Hit
GTACTAGGCAGATAAGAACCCTCCAGCTCGGGGCCTCAAACCGATATTCC23.3333333333333335No Hit
CCCCGAAGTGGGCGGCGAGCGCGCGCACGACGCCCTCGTTCGCGGCGCCG23.3333333333333335No Hit
TTTTAGGAACTTTGTAGATTCTCAATGGCTTTTTCATAAAAGGAAGTCGC23.3333333333333335No Hit
CCTCGGGGAGCTTGATTGATAATTCTGTATAAGGTGATCGCAGGTTGTGC23.3333333333333335No Hit
TGCAGGTGGCGAACGCGACCGACTACACCTCGGCCTTCCTGCGCCTGCGC23.3333333333333335No Hit
CCCGGCGGTAGCCGCCGCCGTCCGGCCAGATCGCGTAGATGTCGGAATCG11.6666666666666667No Hit
CCCCTATCCCCTACGAGGCTACCCGGATCGATGACGCGAATTGGGGACAT11.6666666666666667No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGACACGATACGATCTCGGATG11.6666666666666667No Hit
AGTTCAAAGTTCCACAAATCTGTAGTGTAGGGACAAAATGCCGCTAGTCT11.6666666666666667No Hit
AGCGCGCATCGTGTCGATGCGGATGTCGGCGGCGGGAATGTCGATGTCGA11.6666666666666667No Hit
GTATCCAGGCGGCTCGGGCCTGCTTTGAACACTCTAATTTTTTCAAAGTA11.6666666666666667No Hit
CGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACGGGTGTGAGCCACTACGCCC11.6666666666666667No Hit
ATATTGAGGCTGCTTCGTGTCGGCACGAAGTGTCTTCCGATGCAGTGTCC11.6666666666666667No Hit
ACTGCTGCAACAGCACGAGACCCGGATTCTGGAGCAGCGGTACACGGAAC11.6666666666666667No Hit
GGGGCAAGACAAGGACACCGCCATCATGGCGCTCCCTGGCGCCAATTCTT11.6666666666666667No Hit
CGGGAGAGTTGCCGGCCGCGGCATAGGCCTTGCGCAGCGCGGTCAGGCGG11.6666666666666667No Hit
CTTCAGACCAGTGGCTGCCAGTTTGAGCGCGGTGGCTCAGGCCTATAATC11.6666666666666667No Hit
GTATTTCCTCTTTAATGTTGTAAATATTTGGCAATTTAAGACATTGTGTA11.6666666666666667No Hit
GCTTCTTTCTGAGCCTTCGTCAGGCTCTCCGGCGGCTCGGTAATCTCGTG11.6666666666666667No Hit
CCCACGCGGCTGAACAGCTGCGAGACGAGGCCCAGATGCGCGCGTGCCGC11.6666666666666667No Hit
GGTCACCTGTTCGGTCCCGGGTGAGCTGCCGCTATCGGTCGACGCGGCGG11.6666666666666667No Hit
GACCACCTTCGCCTATGTGAAGGGCCGCCCCCACGCGCCCGCGGGCGAGG11.6666666666666667No Hit
GTTTTCAATAATTAGGTCTAAGTGGAGTTTTAAGGTTACTGATGACTTAC11.6666666666666667No Hit
TAAGGGAACAGGCTGAGTGTGACCAAGAAGGTAAGCACGCCAAGCAAACC11.6666666666666667No Hit
ACCCTGGCGTGGATGCGCAGCTGCTCAAGACCGCCCTGGTGCTGGCGCCG11.6666666666666667No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT11.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TGCTGGAGCCGGAGGCCGGCATTATGGCGAACGGATCCGGCGGTAATTAT11.6666666666666667No Hit
CGTTCCGGCGGTCGACGTCCGAGGGGCGGACGAAGCCGCTCACGGTCAGT11.6666666666666667No Hit
GACCACCTGCTTTTCGCTGGCGACGAAGATCGAGGGATCGATGTCGAGCG11.6666666666666667No Hit
ATACATGACCGGCCTGATCCTGATCGGCCTCGCACGTTGCATCGCCATGG11.6666666666666667No Hit
TGCTGGAGCCGGAGGCCGGCATTATGGCGATCGGATCCGGCGGTAATTAT11.6666666666666667No Hit
ATGCTATACTGTAAGAAAAAAAGGCACAAAATCATGGGGGATTGTAGTCA11.6666666666666667No Hit
GCCGTGGCCCGTGCAATCGGCCACGGTGGCAAACCAGCCATCACCGTCCT11.6666666666666667No Hit
CTCCAGCTAAGAAATGCTCTAAAGTGCAAGCAAGATGGCAAATGTCTGCA11.6666666666666667No Hit
TTTGTATCCAAGGTGCTGAATCTTGGAGGAGGTTTCGGCATTCGTTATAC11.6666666666666667No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG11.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
AGACATCATGGCCAACTGGTAGGTTCCTAAGTCTCCTTCCATCCAGTCAA11.6666666666666667No Hit
ATACGATTCTGTCCTTCAAAGACTTGTCTTAGCTCTCGTTCTCCTACACT11.6666666666666667No Hit
CTGATGGACTTCATCGCCGCGATCGAGACGGCGACGGGACGCAGGGCGGA11.6666666666666667No Hit
TCGCCGAGACGCTGGCGATCGACCGCGCCAGGCAGCTGTTCGGGTGCGAG11.6666666666666667No Hit
GTAATATAGATTGGCGCTAGTAGATCACAGAACAACCGCCGCATACGGCC11.6666666666666667No Hit
CCATCGCCCGCCGCCGCTCGGCCAGCCCCGCGGCGAGCCCCGGCCGCAGC11.6666666666666667No Hit
GCAATCACAAGTATCAACAGCAGGATAGACCAAGCTGAGGAAAGAATCTC11.6666666666666667No Hit
GTTCGCACTCGGGGCCGGTGTTGATTCTATTTTGAGCAAGCTACAGGCAC11.6666666666666667No Hit
CATGACTATAACCTGGACCATCACTGATTGTTGACACTGTGTAAGACGCA11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph