FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003625162

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003625162
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC58

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCCTCGCGCTGGTCGAGGCGGTGGCCCACGTCAACTGCCTGTCGCAGCGT35.0No Hit
AGGTAGAAGAGCTGAAGGCACTCGTGGAAGAGCTTGAAGCTGATCTCCTC35.0No Hit
CATAGGCTCGGTGCGTGCAATTCTCCGTCCGCGTCAAACCCGGCAGCCGC23.3333333333333335No Hit
CCCTAAGCTTCGGGTCTGGCGCAACGCGCCGGCGCGGAAGCCGGGTTCGC23.3333333333333335No Hit
GCTCTGATCTGACCGGCACCCGGTCGTGCTGAACACTGGCGCGTTGCTTT23.3333333333333335No Hit
GTTCTGCGTCTTCGTGGCGGTCGCGGCCTTCCTGGTCATGGCCGCGACGA23.3333333333333335No Hit
GTCCTCGTTTAAGTTTCCACGCTTTCCGACACACCCACGCTAGTCTATTG23.3333333333333335No Hit
ATCTCATATGGCGGAGTAGAACGTCTTTAGCGGCCTGTCATATTAACAAC23.3333333333333335No Hit
CGATAGCGACTCTGTCTCAGGGGATCTGCATATGTTTGCAGCATACTTTA23.3333333333333335No Hit
ATCAGAGAGAGAATGACGGCCTGAAGCGCGATCAGCCCCGCCACACCCAA23.3333333333333335No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA11.6666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GATGGCGAGGTGGCGGCCGAGGATCTGCACGGCCCCTCGGACGGACCCGT11.6666666666666667No Hit
CGGCAAAGCTTTGCACGCCAGGCCACGATTTACGGGTTCGACTCCAGCAA11.6666666666666667No Hit
GCACCTATGGCGTATTGCAGGCCGGGCCAGTCGGCATGGTCGGACATGAC11.6666666666666667No Hit
CCTTGGGCTGGTGCTCGCGGGCGAGCCGCTCGACCTCGTCGTAGTCGAGC11.6666666666666667No Hit
GACATAGACACCCTGACCGTGAAGACCGTGGAGTACGGCGAAAAGGCGCT11.6666666666666667No Hit
CTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTA11.6666666666666667No Hit
TAATAGCACCATGGTTAGACTAGCCTGCTTTTCCAAGCCATCATTTTATA11.6666666666666667No Hit
TTGTTGCACCATCTGCTTGGTTGGCTGGCAGCTGAGAGCCCTGCTGTGGG11.6666666666666667No Hit
AGGCCCGATCCCGGGACGACCATCCCGCGGACGTTCGGGGCGAGGTGCTT11.6666666666666667No Hit
AAGTAACTGCCGGCGGAATGCCGGGTTCACAGGTAGTTGACGGGCCGGAA11.6666666666666667No Hit
GCACAAGGGCATTTTGGAATATCTGCTGCAACTGGAGGTCTTGCAGATGA11.6666666666666667No Hit
GTCATTCAGACCGTTTTTGAGGGTGCCGAGACAAACACCCGCGATAAGCT11.6666666666666667No Hit
CCATCTCTGTCACCGGCGCGGGCAGCGGCTCGGCCGCCGGGTCCTGGTTG11.6666666666666667No Hit
GCCTTCGCGGACCTTGCGAGCTCCGATGGCTGGACCCGGCCGCGCGTGGA11.6666666666666667No Hit
CGATTGTACAGCTTATCCACTTCTTTTTGAGAGCCAACCGTATAAAGAGT11.6666666666666667No Hit
GTTTTACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACCTCAGGTGATC11.6666666666666667No Hit
ATGCCTAGTACTGTGCGCCAATTAGGTCGTCATTGCGCCAGCTCGTCAGC11.6666666666666667No Hit
CCTACAAGGGCAGCGGCTCGATCTCGCGCCGTGACAAGCTGACGCTGCGG11.6666666666666667No Hit
ATCTTCAGGACTTCGCGACCGGGTTCGCGCTGACCGAGGGGCTGATCGCC11.6666666666666667No Hit
GCCCACCTTTGCCCAGGCCGTGCCTGGCACGATCGCGTACGTCCGCCCCA11.6666666666666667No Hit
TCATGCCGCTGGTCGTCGCTGCCGGTGCCCGATCCGTTCGGCATCTGCAA11.6666666666666667No Hit
ATCTAACACGAGGATGTTCCTGTTGATACCGTCTGCGATAGGCTAGTTCA11.6666666666666667No Hit
TTACATAATCCAATATTTCTCAGAGATTTTATTATTTTTCATTTTTTTCT11.6666666666666667No Hit
ACGTAGGCCGCGACGCCGTCCTGAAGGTTCGTCTGCGGGGCATACCCGGA11.6666666666666667No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG11.6666666666666667No Hit
GTCCTGCCCGAGGCGGAAGAAGTCGACATCGACATTCCCGCCGCCGACAT11.6666666666666667No Hit
TTTAAAATCACTTCAGATATGTTCCTAAGATACGGTATGGATGGTGGTTA11.6666666666666667No Hit
ACAAAATACAGTATAAAAGCGTTATTTAACATTCCACACTGAAGATTACT11.6666666666666667No Hit
GATCCTTGTCCAGCTCATCCAGATCCCGTTTTATTGACAGGACATCCAAA11.6666666666666667No Hit
GTCACGGTCCGGAAGCCCACGTCGACGACGCTGCCCTCAAGCCCGAACAG11.6666666666666667No Hit
AGATACCCCAAAATATGGAAGTGAATTTGGAACTGGGTAACAGGCAGAGG11.6666666666666667No Hit
CTTGGCAGGCGCAGGCTTCTTGCTGTCCGGCTTGGCGGCCTGGAGCTGGT11.6666666666666667No Hit
GTTAAATATTGTACGCGTTCTCATCACCAAGTTAAAAGTTACACACCAAG11.6666666666666667No Hit
GTTGTAAGACTCTCTTACTAATTTTTACAGCAAATCCTTTTAGCAGATGT11.6666666666666667No Hit
CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTGATACCACTGCTTCCCAAGTAC11.6666666666666667No Hit
GGCGACCCCGCCCCGGTCCCGGCCAAAGGCGCCGACGGCTGCGGCTCGGC11.6666666666666667No Hit
GGACACTGCATCGGAAGACACTTCGTGCCGACACGAAGCAGCCTCAATAT11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph