FastQCFastQC Report
Wed 27 Apr 2022
EGAF00003627737

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003627737
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC58

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTCCTGACTCGCATCCGGGCCCGCCCGGTCGTCCCTGTATCTCGCGCTTT48.333333333333332No Hit
ACGCTAGCTAGTCTCGACGACACCATCCAGCAGCTGATCGCCGTGCTCCG36.25No Hit
CTTATTTACAGCATATTGATGAATTATGATTTTTATACAGATGGCTGATT36.25No Hit
GGTGCTATCTGTACCCCAAGTCGTCATCCTCCCCACCAATATCGCCGCCG24.166666666666666No Hit
ACCTATGCCTTCTGGAAGCCCGCCACATGTGCCGGGATGACGGCGGAGGC24.166666666666666No Hit
CGTGGACCGTGTAGCGGGTCATGCGCTGGCGTTTCTTCCGCGCGATCGAG24.166666666666666No Hit
CCCGGACGCGCCCCGGATGGCGGCCGGCAAGGGCGCCCCGCCGAAGATCT24.166666666666666No Hit
CCTGTATTGTTATTTTTCGTCACTACCTCCCCGGGTCGGGAGTGGGTAAT24.166666666666666No Hit
GGCATGCGCTCGGTCACCAACTCCCGCCCAAGCAGCCTCTGGAGGTCTGG12.083333333333333No Hit
TCCGACAGCTGGCCCGCCATCAGCTGCAGGGTCTTCGTCTTGCCGGTGCC12.083333333333333No Hit
CGGTACAGTAATCCATATGGAGGTGTGGATGGATGAGAATTCCAGCACTT12.083333333333333No Hit
TTTCATCTCATCATTTTTATCTCATCATTTCAACTCATCATATCTCATTT12.083333333333333No Hit
CGGTTTTAGATTAGAGACACTGGCTGGATTGAGGAGTAGAAGGCTCAAAC12.083333333333333No Hit
GCATTGTCGATGCTGCTCATGTTGAGGCAGACCGGATGCGTGGAGACTGC12.083333333333333No Hit
GGAATGTCATGGCCATTGGCATTATCGGCACCGACGGCTCTTTTGATCCC12.083333333333333No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTGCCACCACATATCGCGTATG12.083333333333333No Hit
ATTCTCGACTGTGGCCGGGTGGCTTCAGACAAAACCGTACTGGCGGTCGT12.083333333333333No Hit
GTGCGGCTTGGGCCCCGGCCGCTACGCTCCCTCGCGCTTCGAGCCGGCAT12.083333333333333No Hit
GCATGCGGCTTTCTGCCATGCCTACATGAACCGTCTGATGCAGCCGGGGG12.083333333333333No Hit
TCTCGGCGCTGGGCAACTTCCTCGCCGCCCAGATCGACATCGAGCCGGAC12.083333333333333No Hit
TCTCATAAGGGGCGAGATCGTCGACGGAGACGGCCCATCCCATCCAACCG12.083333333333333No Hit
AGGAGGTCATCCAGTACGTCTACCGGCGCTATGGGCCGGAGCACACGGGC12.083333333333333No Hit
ATCGCGGTGGGGCTGGTCGCGGTGCCGTTCGGGCTGCTGGCCTGGGGCCT12.083333333333333No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTGCCACCACATATCTCGTATG12.083333333333333No Hit
CGCCCGAAAGCCGCAACGACCGCGAGAGCCACGTCGGCGCCGGCAACCAG12.083333333333333No Hit
TCGGCGGCGAGGGCGACGCCCTCGCTGAAGGCCCCGAAGAACGGGTTGCT12.083333333333333No Hit
ACGCTAGCTAGTCTCGACGACACCATCCGGCAGCTGATCGCCGTGCTCCG12.083333333333333No Hit
GACACGAAGTGAAACTAGACTTCGTGTCTCTCATCTTCCTGTGCGGCCTG12.083333333333333No Hit
CTCCCAAAGTGTTGGGATTACGACGTGAGTCACTGCTGTCTCTTATACAC12.083333333333333No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
TCGGCGGCGAGGGCGACGCCCTCGCTGAAGGCCCCGAAGAAAGGGTTGCT12.083333333333333No Hit
CCTTCCTCACGATCGTCACCGCACTGATCACGTCCACGTTCATCAACGCC12.083333333333333No Hit
GTGAATGTGCTTTGCAAATGGTAAAATGTGCAAATACAACATGAATTAAG12.083333333333333No Hit
GACGTGGTGAACCGGTCACGTGCCATGCGGTGATCTCCTGTGATCACGGT12.083333333333333No Hit
CCACATGATTCTTACTGGCACCTTGATGCTCGCTTTGAGCACATCCGCCA12.083333333333333No Hit
ATACCCGTCAGTTATCGTTCCGTGAGTATCGGTAATTCAGAGGTAGCACA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph