FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003627738

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003627738
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC64

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGGGAGCATCGCACGCGTGTCACCGGGAGGCTTCTCCGGAATTGCGCAGG48.333333333333332No Hit
GGGTGACGTCCTGCTCGAGCTGCTGCCGGGCCATGTCGGCAAGCTCACCA48.333333333333332No Hit
GAGCGAGGGCTGCAGTCAACAGATGCTTCCTGGAGAAGCGGGGCTACAGC36.25No Hit
TGATCACGTTCTCCGGCCCGGCGGTGATCTTTTGGTCGCGCGCCAGCTTG24.166666666666666No Hit
CCCCCCGTGGCGGCGACGACCCATTCGAACGTCTGCCCTATCAACTTTCG24.166666666666666No Hit
GAGCTCAACGTCCCTCGGATCGAGGTCTAGGTCGTTCCACGCGGCGGCGA24.166666666666666No Hit
CTCCTGCGGGGCCCCGCATCGCCCACGATCACCCCGGGAGTCGCCTTGGT24.166666666666666No Hit
GGTCGGCATCGCCGGCTGACCGATGCCCACCCACAAGACGGTCCGCCTCG24.166666666666666No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG24.166666666666666No Hit
GGCGGGATCTTACCGACGAGCGGGACCCGCTGCTGCAGCTGGCCCATCCC12.083333333333333No Hit
TCTGCGTCCCGATCGTACCGCCGGCGCTCCGGGTCGCGAGGCATGGTGCG12.083333333333333No Hit
GGGTAGTAAATTCTAGAATTGAGACTTGACACTAGGTATGACTACAAAGC12.083333333333333No Hit
CGACCACCGTGTGCACCCGCTCCGGAGAGCAGATGGACCAGGCATTCCGA12.083333333333333No Hit
GGCCCGCGTTACATCGAGATCGTGGAGGTCCTCGACCACCCTGCCGCAGA12.083333333333333No Hit
GCGGTAAAGCACCTTCTGTTCATCGAAGGCCATGATGGCGGGACCGCCGT12.083333333333333No Hit
GTTGTAAGGCCGGAATAAATGATGTATTGTCAATGCATGTTATATCGCTG12.083333333333333No Hit
TTGTACACCTGGCTGGCCATGGCGGATGTGCTCAAAGCGAGCATCAAGGT12.083333333333333No Hit
CTCCGCCCGCCGATGCGAACGGTCGCCGGGCTGGTCGCCCCGACCCCCTC12.083333333333333No Hit
GGGCATCGCGGGCATGCTGCGCTTCACGCAGGGCCTGCGGCCCTGAGGGG12.083333333333333No Hit
CGGTCAGCGCCTGCACCTGCGCGTCGAGCAGGACCGTCTCGCCGGGGTGG12.083333333333333No Hit
TCTGATAATCATCGCTACGCTCTGCTACACCAGCAGTGGAACGCAACTGT12.083333333333333No Hit
TCTTGGTCCTCTTTTTCATAGTGTTTGTGGACTTCCTGTTGGAAGATTTC12.083333333333333No Hit
CCTCAGGTCCGCTGAAGGTGACGTCGGTCAGTTCCAGGCCTTGTCCGCGG12.083333333333333No Hit
TGCCGGTATGACGGCGGACGCACCCCCCCTAATAAAGGGCCGGGGGGTGT12.083333333333333No Hit
GGTAAGTCTCGAGCGGCTGCCAGTGGTCGGCTGAGGGCACCTCGCCGAAC12.083333333333333No Hit
CGGTCACGCTCGTCCGCCGCGCGGCGATCCCCTCCGCCAGACCCATCCGC12.083333333333333No Hit
CAGTGACTCACGTCGTAATCCCAACACTTTGGGAGCTGTCTCTTATACAC12.083333333333333No Hit
GCCTAAGGAAATGCAGGGAAAAGTAAGAGCAGAAGGATGACTCCTCACGC12.083333333333333No Hit
GAAATGATGAGATGAGATGAAATGAAATAAAGTGAAATGAAATGAAATAA12.083333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTAAACACATGTT12.083333333333333No Hit
TGCCGGTATGACGGCGGACGCACCCCCCCAAAAACAGGGCCAGCGGCGGT12.083333333333333No Hit
GATACGTTGCGTCCATATCCGTCCGTGAGTCGTCCCGCCCCGACACCTCT12.083333333333333No Hit
CCGCACGCCATCGTCATGCCGGCCGCAAGGACTTGCGGATCTAGCATCTC12.083333333333333No Hit
GTCGATGTCCAGCGCGATGCATCGCGCCATGCCGCTCATTCCTGCGGCAA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)