FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003629859

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003629859
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCGGGGACGGGCGGTGGCTCGCCTCGCGGCGGACCGCCCGCCCGCTCCC44.166666666666666No Hit
ATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCC33.125No Hit
CTCTTTCGGATATATGACTAGGATGATTTTTTTCTTTTTTGGAGTGACCA33.125No Hit
CAATGGCATACTGGATGCCAAAATTGTATGTCAATGAGTACCAATTCTCA33.125No Hit
GAGCAGAATATTTCTTTAGAAAAACGTATTAATGAGATTGAGAAAGAAGT22.083333333333333No Hit
CCACAAAGAAGCCAAAAACAGAGTAATTCATGAAGAAATGGAACACAAAC22.083333333333333No Hit
AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTTGGGAGCGGGCGGGCG22.083333333333333No Hit
CGGCATCCCGGCCTTTTGCGAAAAGCCGCTGGACATCTCGCTGGAGGCGG22.083333333333333No Hit
GGTGAAATCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATACCCAGGTGTGGTGGC22.083333333333333No Hit
GTATTTATTCTCAGTGCAAAGTATTGGTTTTCAATCTCTTATTCTTCCCC22.083333333333333No Hit
ATACTTAACAGACTTTATGATCTCAAGTTCCTTGACTTTACAACAGGCAT22.083333333333333No Hit
CAGCCCCTCTCCGGCCCCGGCCGGGGGGCGGGCGCCGGCGGCTTTGGTGA22.083333333333333No Hit
GAAGAAATATTTATCTCATCATTGATTGTTTTAGCAAAAAGCTGTTAAAA22.083333333333333No Hit
CCGAGGCACCAAGAGGCTCAGGACCTTGCCCGGGTGGTCAAGAGAGTGGG22.083333333333333No Hit
ATTCTGTTCCATTCCATTCCGTTCCATTGCATTCCATTCCATTCGGTACC22.083333333333333No Hit
CCGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACTGAGGCCATGATTAAGAGGG22.083333333333333No Hit
AGGTTCGAATCCAGAGAGCAGTGTGAAAAAAAAAAAACAAAAAACAACTG22.083333333333333No Hit
GTAATAAAAAAGCATCTCAGCTGAGCGTATGCTTTTGTTTGTCCGACACC22.083333333333333No Hit
GGCCCACAGAGTCCCACCCACAAACAGATAAGCATCATAAGCAAGTAAGC11.0416666666666665No Hit
TCACCAAGTTCAATGCTGATGAATTTGAAGACATGGTGGCTGAAAAGCGG11.0416666666666665No Hit
TCCCTCCTGTTCCCACATCGCCTTCTTCTTGCCTCCACATAGTCCTTTTC11.0416666666666665No Hit
CGCGGACACCACCGAGGTGGTGATCGCGGCCAGCTGCGCCACCGCACCAG11.0416666666666665No Hit
GGCAATAAATTCGAGAAAGTGGCCGAAAAGGAATTTACCTATGACATCAA11.0416666666666665No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTATAACAATTCTT11.0416666666666665No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTTTTAAACAAACA11.0416666666666665No Hit
CGGGCGAGCGCTATCTGTCCGTAGAAGGCTTCCTGCCGGCCTGAACTGGT11.0416666666666665No Hit
GAGATGAGCTATCCCAGCTCAAACAGTGAGGAAGGAAAAAGGTGAATTTC11.0416666666666665No Hit
GCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTCTGAGCCACCACT11.0416666666666665No Hit
GGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTG11.0416666666666665No Hit
GTCACGCACCGCACGTTCGTGGGGAACCTGGCGCTAAACCATTCGTAGAC11.0416666666666665No Hit
CATACTTTCATCATTTGCCTACACTTCCTTCTGTGGTATCTTAACGTAGC11.0416666666666665No Hit
GTGAATATACAGCGGGGGAATAAAATATATGTTGTTACTATCCTCTTGGA11.0416666666666665No Hit
CCCGTCGAGCACCTCGCGGGCCAATTTGTCGTTGATCTTGCCCGCGTCGA11.0416666666666665No Hit
ACATCGAAGGATCAAAAAGCGACGTAGCTATGAAAGATTGGCCGCCACAA11.0416666666666665No Hit
CTGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCTGGGCATGGT11.0416666666666665No Hit
ACTAAAATCAGAGGACAACTGAAGGAAATAGAGACACAAAAAACCCTTCA11.0416666666666665No Hit
GCTTAAGTGTTATGCCACTCAGTGGGCTCTCTGCCTTTTCATGTGAGGTG11.0416666666666665No Hit
GCCCGTCCCCGCCCCTTGCCTCTCGGCGCCCCCTCGATGCTCTTAGCTGA11.0416666666666665No Hit
ACCATACACAAAACACGAGGGCAGTTCACTAATGCTTACTATGAAGAGCC11.0416666666666665No Hit
CCCCCAAATTCTTAACCAATTTCAGTATTAACTCAAAAGTCCAGTTTAAA11.0416666666666665No Hit
GTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCA11.0416666666666665No Hit
CACCATGCACGAAGGCATGGTCGAGCTGATCCGCGCCGAGGCGCGCGCGG11.0416666666666665No Hit
TTCGTATTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGAC11.0416666666666665No Hit
GCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCT11.0416666666666665No Hit
CTCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCGACGGG11.0416666666666665No Hit
GCTCTAGGGATACAACGTTGAACAAATGAGACAGGCATGGGCCCCACTCT11.0416666666666665No Hit
TCGTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGACCGGCGATGCGGCGGCGTTATT11.0416666666666665No Hit
GGCCAGGTGCGGTGGCTCTCATCTGTAATCCCAGCACTCTGGGAGGCCGA11.0416666666666665No Hit
GAACCAAAGCTGAATAAGCCTGCATCTTACTGACGTTCCTTGTCTATTTC11.0416666666666665No Hit
CTACTCAGGAGGCTGACATGGGAGGATATTTTGAGCCCAGAAGATAGAAG11.0416666666666665No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTTATTTAAGCAACC11.0416666666666665No Hit
CATTCGTATTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGG11.0416666666666665No Hit
GCGATGCGCCATGCGCTGCAGCACGGCGATAGCGCGCAGTGGGAGCGCTT11.0416666666666665No Hit
ATACAGCGCATGACCGAGCGCTCCAGCAAGTACCTGTTCCACATCGTCGA11.0416666666666665No Hit
GTTTGAGAATACATGTTCTATAAACCCATTGTTTCTCCTATATTTAACTT11.0416666666666665No Hit
AACTTGATGAACCCCGGGAATCTTCCAGTCTCTCACCATCTTCAGCCCTC11.0416666666666665No Hit
CATGAGCAATGTGTTGGACTATAACTTTATAATGGCTATGATGTCAGTAA11.0416666666666665No Hit
CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCATCTGAGGTC11.0416666666666665No Hit
AGAAAGAGCTATCAATCTGTCAATCCTGTCCGTGTCCGGGCCGGGTGAGG11.0416666666666665No Hit
TCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGCTCAATCTCGGGTGGCTGAACGC11.0416666666666665No Hit
CAGCGGTGGTGATCTGACCCCCTTCACCGCGTTCCTGGCGGTGGCAGCGC11.0416666666666665No Hit
ATTTAAAGAAGAACCAATACCAGTCCTACTCAAACTATTCCAAAAAGTAG11.0416666666666665No Hit
CGAATGCCCCCGGCCGTCCCTCTTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCG11.0416666666666665No Hit
CAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAA11.0416666666666665Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCTTATAAGTTCTGTAAAATTACTCAAGTCATATATCTATTTTAATTTTT11.0416666666666665No Hit
GGTTAGCACTTTGAAATTATTTTGAAAAGCGTTTGTCAACTATCTTTCAC11.0416666666666665No Hit
CGATGGTCATAATCGACACATCGATCAGCTGACCAATGTGCTCGCCCCCC11.0416666666666665No Hit
CTTTTCTGACACCTCCTGCTTAAAACCCAAAAGGTCAGAAGGATCGTGAG11.0416666666666665No Hit
GTATTAGCTCTAGAATTACCACAGTTATCCAAGTGGGAGAGGAGCGAGCG11.0416666666666665No Hit
CTTAACTAACAGCCTCACGAACTTAAAATCGCAAGTGAATGCGGCAAAAG11.0416666666666665No Hit
ACCACATCCAAGGAAGGCAGCCGGCGCGCAAATTACCCACTCCCGACCCG11.0416666666666665No Hit
GTAATAGTATGTGATAAGATTTCTCAAAAGTGCTGAAGGAGGCCATGCCT11.0416666666666665No Hit
CCTTTCTGTCTGACCCCAAATCCACTCCCTTTCCAAGACAACAATGATAC11.0416666666666665No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)