FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003629860

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003629860
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC49

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TTCGAGGCCCTGTAATTGGAATGAGTCCACTTTAAATCCTTTAACGAGGA44.166666666666666No Hit
GAGAGGCAAGGGGCGGGGACGGGCGGTGGCTCGCCTCGCGGCGGACCGCC33.125No Hit
CCTTAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGTCAATCTAATTTTTTTAAGA33.125No Hit
ATTAAGGATCCCAATTTCATCACACTGTGCATTTTTACCCTTCCCAGCTT33.125No Hit
ATATTCAATGACCCAATGGTATCAAAGTGGAAGAGGAAAGTGACAACTAG22.083333333333333No Hit
GAAATGAATGGAATGGAATCGAATGGAATGGACTGGAATGGAATGGATTC22.083333333333333No Hit
AGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCA22.083333333333333No Hit
TAGCAGAGTGGCGCAGCGGAAGCGTGCTGGGCCCATAACCCAGAGGTCGA22.083333333333333No Hit
GGAGTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTTGGATGTGGTAGCCGTT22.083333333333333No Hit
GCCAGTGGATCACATCGATGTCGTGCGCCCCTTTCTGCAACAGCAGGGAA22.083333333333333No Hit
GCCCGGCGGGTCATGGGAATAACGCCGCCGCATCGCCGGTCGGCATCGTT22.083333333333333No Hit
ATGTTGAGATTGCCACTGCTCTTGACAGCTGCTATTCAGTATGTCATTAC22.083333333333333No Hit
GTTTATTTTTTTACAACATAACTTAGAAGATAGCATCAATTCTTTCAAAA22.083333333333333No Hit
CATTCAACAAGTATTTATGCAATGAATTTTTCATTCGTTCTTTTTTTTTC22.083333333333333No Hit
TGATTAATGAAAACATTCTTGGCAAATGCTTTCGCTCTGGTCCGTCTTGC22.083333333333333No Hit
GATTGTAAGTTTCCTGAGGCCTCCCCAGAAGCCGAAGCCGCATGCTTCCC22.083333333333333No Hit
ATTACTAGCAAGTCGGCCTGTGATGGTCACAGCTTGCATATAATTTGTAT22.083333333333333No Hit
CCCACCGGCTGTGTCGATCTTGCTGGGAGCTGCAGACCAGAGCTCTTCCT22.083333333333333No Hit
TGATCACACCTACCAAGAACTGTTTCGTGCAGGAGGCTTTGTGATATCAG22.083333333333333No Hit
GGAGAGGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACCCCTGACCT11.0416666666666665No Hit
CACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACCCAACACGGGAAACCTCA11.0416666666666665No Hit
GTTGGGTGCCGGGAATACCAGCTTAATGAATGCATGAAAAGAAGTTCATT11.0416666666666665No Hit
ACATGTCGTAGAGCTTTTGCAGGTAGTCCAGCGCGGCGCGCGTGGAGGCC11.0416666666666665No Hit
ATTGAAAGTCAGCCCTCGACACAAGGGTTTGTCTACGAATGGTTTAGCGC11.0416666666666665No Hit
GATATTCACTGTGTTCGACATCGTGGAGCTATCGGTTCCCCTGGTTGCCG11.0416666666666665No Hit
GTACATGGGTACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGCATATGCTTGTCTCAAAG11.0416666666666665No Hit
ATGTTATGTCTACGCATCTACTGAAACGCCTACACTTGGACTGATTGGAT11.0416666666666665No Hit
CAATAAAATACTGGCGAAATGAATCCAGCAGCACATCAGAAAGCTTATCC11.0416666666666665No Hit
TGCCCGCCTCGATCACGAGCGCCAGCACGTCCGGCAGCATCAGCTCCTTC11.0416666666666665No Hit
GCCGGAGCGCGGCAGGGCGCGACCCGCTCCGGGGACAGTGCAAGGTGGGG11.0416666666666665No Hit
GTGGAAATACGTGATTGATTCAACATTTTTAAAATGTTTTGTAATTTGAT11.0416666666666665No Hit
TGCCGGAGCCGCCGGCCGAGCGCCGCAAACGGCTGCAAACCGAATGGGGA11.0416666666666665No Hit
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGA11.0416666666666665Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTCCCAAGATGGGATTCACTGGGTTTCTTCCTTCAAATTTTTAAGACTAC11.0416666666666665No Hit
CATTCATGATGGACCTGTCCCCGTGATCCAAACACCTTCCACCAGGCTCC11.0416666666666665No Hit
CTTAAAAGCTCTGCAATTGTAGTTCAAATGTGTAGCCAGGTTTGAAAACC11.0416666666666665No Hit
CAATTTGTTTCCTTGATAGCAATTACCTGGAATTTGGGTATTTGTCTTGC11.0416666666666665No Hit
GAAGTGGTGCAACCTCGGCTCACTGCAACTTCTACATCCCAGGTTCAAGT11.0416666666666665No Hit
CCTTTAAGTTTCAGCTTTGCAACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAGACTT11.0416666666666665No Hit
GAACAGCCTGCATTGAATTGCACAAAAGAAACTGTCCGAAAGCAAAAGAT11.0416666666666665No Hit
TGACACTCAGAACGAAGTATTCCATATAACATAAACCACCTGTCTCTATG11.0416666666666665No Hit
CTAAGGCAATGAGGATCAGAGGAAGAGTTCCTGCCTACCCCAGTTGAAAA11.0416666666666665No Hit
AGTTTCAGCTTTGCAACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAGACTTTGGTTT11.0416666666666665No Hit
TCGTAGTTCCCACCAAAAAACATTCCCACCCGCCAAGCCGGGGGGGTATT11.0416666666666665No Hit
CCGCTTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTG11.0416666666666665No Hit
CCCCATCAGAGGCCAGTGACCCTATACTCCTGTGAAGATGAAAAAAGAAA11.0416666666666665No Hit
GGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCAACCTGCCTCAGCCTCCC11.0416666666666665No Hit
TTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAACGTGCAGG11.0416666666666665No Hit
TTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTGATTCCCCTTCACCCGTGG11.0416666666666665No Hit
GTCTATTTGATTCTTCTCTCTTTTTTTCTTTATTAGTCTTGCTAGCGGTC11.0416666666666665No Hit
GATGCGGACCGTGCCGCGCGGCGTGCCCGCTTCGGAATCCACGGACTGCA11.0416666666666665No Hit
TCAGTAGGGTAAAACTAACCTGTCTCACGACGGTCTAAACCCAGCTCACG11.0416666666666665No Hit
ATGAACGATCTTTCTAATCTATTGTTGAATTTGATTTGCTAATAGTTTGT11.0416666666666665No Hit
ATGCAAATGAGCAAAGTCGCCCTAAGTGAACACGCGGACGCAAATAAGCT11.0416666666666665No Hit
CTAGCGGCGCAATACGAATGCCCCCGGCCGTCCCTCTTAATCATGGCCTC11.0416666666666665No Hit
GTTTCACTCTGTCGCCCAGTCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCAC11.0416666666666665No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT11.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGGACAGAAACCTCCCGTGGAGCAGAAGGGCAAAAGCTCGCTTGATCTT11.0416666666666665No Hit
ATCCTCGTTAAAGGATTTAAAGTGGACTCATTCCAATTACAGGGCCTCGA11.0416666666666665No Hit
CGTGAACGACGCCGCCACCCCGGAGCAGCGTCGGGACGCGATCGCGGCCG11.0416666666666665No Hit
AAACGATGCCGACCGGCGATGCGGCGGCGTTATTCCCATGACCCGCCGGG11.0416666666666665No Hit
CTGGGCACCCTGTGCTTTTGTATTGGGAGGCTGTTCTTTCTTAATGGCCT11.0416666666666665No Hit
CATTGGAAGCCCTCATGAGTGCAGGGCCCGCCACTTGTCCAGAGGGCCAC11.0416666666666665No Hit
GCTCGTCCTGCCCTGTAAACCAGAAAATTGGTCCTAAAGTTTGAGATCAG11.0416666666666665No Hit
CCCTTGCAATGGGTTATTTTATGTGTCAACTTGAGTGAGTTATGGGGTGC11.0416666666666665No Hit
GTGAGGCGAACTTGCAATTTAGCTAATAGAGTTTCTGCCTCTAATAACTT11.0416666666666665No Hit
CCCTAGTAATGTGTGAGATTTCTTTAACTCTAGTTTCTTCCATTGTCTGT11.0416666666666665No Hit
GCACGCCCGCGCGCAGCGCGCATACGCCGCGCACGATCAGGTCGATCTTG11.0416666666666665No Hit
GATAGACCCAGAGCCCTTTTGCTTTGGCAAATTCTCCCTTTTGGAAGAGG11.0416666666666665No Hit
GTGTTGAGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCG11.0416666666666665No Hit
ATAAAATCCTCCACTCTTCAATTCATTCATGCAACCTGATTTTTCCTGGA11.0416666666666665No Hit
ACCTGGGGCCTGTGGCGCAGGAGCGAGCTCAACCCCGAGTCGAACGTGCA11.0416666666666665No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)