FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00003630253

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003630253
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TAATAAATGTTTGAATAAAAAGTTGTGTTGGAATTATTAAACTACTTGTG35.0No Hit
TCTTTCTTGTCATCCTTGCTGGGGACTGAAAACGCTTCTGTGAGACTTGA23.3333333333333335No Hit
TTCCAGAAGTCTATGAAGCAGATGACCATAATATTGGAATTTGGATTATT23.3333333333333335No Hit
TCCCACAGATGGTAGCTTCGCCCCATTGGCTCCTCAGCCAAGCACATACA23.3333333333333335No Hit
TAAAATCTTAAGCTATTAAAATTACGTTAAAAACTTAACGCTAAGCAATA23.3333333333333335No Hit
CAACTGGGGGTGGTGCCATTTTTTGATAAAGGAGAAGGGATTGGGGAGAA23.3333333333333335No Hit
CCTCGACCAGCAGCGCGCCGATGCGGTGGTAGGTCTCGCTCGCCCAGATC23.3333333333333335No Hit
CCGAGAACGGCGTCAAGCTGCTGCTCTCGCTCGGCTTGGTGCTGGCGGCG23.3333333333333335No Hit
GTCTCACGACGGTCTAAACCCAGCTCACGTTCCCTATTAGTGGGTGAACA23.3333333333333335No Hit
ACCGCACCTGGCCACATTAGAAATTTGTACACACTGATTCTAGTCTTACC23.3333333333333335No Hit
GTATTGTTATTTTTCGTCACTACCTCCCCGGGTCGGGAGTGGGTAATTTG11.6666666666666667No Hit
ATTCCATTCGAGTCCATTACATTTGGATCCATTCCTTTCCATTCCATTCC11.6666666666666667No Hit
CTCCTGATGCTATCCCTCCCTTAGTCCCTTACCACCTGACAGGCCTGGGT11.6666666666666667No Hit
GTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGTGCGAGCTCGGCTCACTGCAAGCTCC11.6666666666666667No Hit
ACCCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACAGGACTCTTTCGAGGCC11.6666666666666667No Hit
GTATTCGTACTGAAAATCAAGATCAAGCGAGCTTTTGCCCTTCTGCTCCA11.6666666666666667No Hit
ATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCGG11.6666666666666667No Hit
GCTGACGAGGAGTCACGAATATTTGTGCTGTATCAAGTCACGTGCAGAAG11.6666666666666667No Hit
TCGCATCTGCGGCTGGTGGCGTAAGCCCCTCTCCAAGCTGCGCTAGCTTG11.6666666666666667No Hit
CATGTACTTGTATGCAATGTAAAAGTAACAGCAGAATCATTGCATTTGGT11.6666666666666667No Hit
CATCTCTTCTGGGAAGCCCAGGTCATCAGGGATCTTGCAGGCAGGTCGGT11.6666666666666667No Hit
GCCACCTACAGGGGACACCATGACACTCAACGACACACTGGTGCATGAAA11.6666666666666667No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAACCTGCTGTGGTCAGCTTAGAGTATGGTGTGGC11.6666666666666667No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTCCTCAAGTCTAGCTAAAAGTTTTGT11.6666666666666667No Hit
ACCTGGCCCCGTCCCATCACGGCAGCCCCCAGGGTGGATGACTGCAGGGA11.6666666666666667No Hit
GGCGTAGGCGGACTCGTTGCTCACTGCTGCTCCTGGTTCGGGGTGGTGTG11.6666666666666667No Hit
GCCTGGATCGCCGAGGTTTCCTTGAGCTTGAGCGCGGCTTCCTGGGCAAT11.6666666666666667No Hit
CAATTGCACTTTTTAAGGGATATCGACAAGCAGTTTCTGTTTTCTAAAGG11.6666666666666667No Hit
TAATACAAGGAGTTAATATTCCCGATATTTTAACAAACGTCCTAAAATAG11.6666666666666667No Hit
GTGCAGCACCTGGCAGATCACCTCCTTCCCCACCTGATTCTTAGGGTCTT11.6666666666666667No Hit
CAATATCACGGGTTCAACACTCGACTTTGGGCCATACGGTTTCATGGAAC11.6666666666666667No Hit
GTCAGAAGAAATGGTGTCAGAATCCTTTCTCCTTTCTGCAGTAGTGGGCC11.6666666666666667No Hit
GGGCGGTACACCTGTCAAACGGTAACGCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAG11.6666666666666667No Hit
GCCACTGCACCTGGCCTCTTTTAGCATTCTTAAGTTATTCTATTCTTTTC11.6666666666666667No Hit
CCCTTGGCTGTGGTTTCGCTGGATAGTAGGTAGGGACAGTGGGAATCTCG11.6666666666666667No Hit
GCATATAAACAGAACCAAAGACAAAAACCACATGATTATCTCAATAGATG11.6666666666666667No Hit
CCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACACACTACCATACCCGGCTATTTTTT11.6666666666666667No Hit
GATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTC11.6666666666666667No Hit
CCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCACGGAATCGAGAAAGAGCTA11.6666666666666667No Hit
CTATGGAAACAGCCTCCTTTTGACAGCAGTCTACGGGCTGGTGGTGGCAG11.6666666666666667No Hit
CTCGGTGAGTACCGTGCGCAACATGAAGCAGAACCTCATGTTCGCCTTCC11.6666666666666667No Hit
CACCACGAAGGCATAGTCGTCAGGCCATCTAAAGTCAACATGTAGAAAAG11.6666666666666667No Hit
GGGGTGTGGGTTTGGAGAGGATGTCCTCTGGCTGTGGATGGGTGCATTTC11.6666666666666667No Hit
GTCTAACGATATCGTTGGAAACGGGGATATCTTCATCTAAAGTATACACA11.6666666666666667No Hit
CTTCCAGGGGCAGGCGCAGTCCGTTCGTGAGATAGCTGACGGTGTGATAG11.6666666666666667No Hit
TGATAATTCCATTCGATTCCATTTGAGGATAATTCCATTTGAGTCCATTC11.6666666666666667No Hit
GCTGGAGACGGTGGCCCCAGTCCCTGTTGTGAAGAAGCAAGCAGCCAAGG11.6666666666666667No Hit
GCATATATGGCTAAATCCATCAACCACCTTAAACTAGAATGTCCATTATT11.6666666666666667No Hit
TCCCTTCATGCTAACAGGATTTTTTTTCTAAAAATTATATAATGTCTAGA11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
GTGCAGC50.094.01
CAGCACC50.094.04
ACCTGGC50.094.08
GCAGCAC50.094.03
CACCTGG50.094.07
AGCACCT50.094.05
GCACCTG50.094.06
TGCAGCA50.094.02
AGACAGA50.094.094
CCTGGCA50.094.09