FastQCFastQC Report
Sat 23 Apr 2022
EGAF00003630254

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003630254
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCCAGGCTCAGGTATTCCTTTATAGCAAAACAAAAAAGACAAACACAGTC35.0No Hit
GTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCAAACGGTAACGCAGGTGT23.3333333333333335No Hit
CCCTATTAGTGGGTGAACAATCCAACGCTTGGTGAATTCTGCTTCACAAT23.3333333333333335No Hit
ATTTTACATTGATGTGGCACTACTGTATTATCTAGAGACCTTTCTCACAT23.3333333333333335No Hit
TGCACAAACATTCCTGCCATCAAAGCAATAGGCAAAATATTTTTTTCTTC23.3333333333333335No Hit
GCATGAAGCCGAGCGCCAGCACGTCCCCGCGCACGCCGCCCATGCTGATC23.3333333333333335No Hit
GTGTTCTTCGACAACGTGCGCGTGCCGGCCGAGAACCTCGTGGGCAGGCT23.3333333333333335No Hit
GGCAGGGGGGGAGCCAGTCTGCAGCTGGGCCTGAAACTGGGCAAGCTGCT23.3333333333333335No Hit
ACTCTTCTGAGCCCTTCTTTTTGTACAAGACTTAGTTAGATCTGCTGTCT23.3333333333333335No Hit
ATGCTACTCTTCTAAGTCTTCATATTTTCTCTTTGAAAGATAGAGATTAA23.3333333333333335No Hit
GTAAACGCTTCGGGCCCCGCGGGACACTCAGCTAAGAGCATCGAGGGGGC11.6666666666666667No Hit
GATGTGTGAGGAGTGGTTTAAGAACGAAGTGCCGAGATAAGGCTTGCACC11.6666666666666667No Hit
GGCTTGAGGGGCCTGTTAGGGGCCCTTTGCCACCCCCCCACCCACCTGGA11.6666666666666667No Hit
CCAAGCAAAAAAAGCCCAGGACCAGATGGATTCACAGCCGAATTCTACTA11.6666666666666667No Hit
GAATAGGTGAGTATGAGATCTCAGTTTTCATTTGCATTTCTCTTATTAAG11.6666666666666667No Hit
GAGCAAGACTCTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTAAAAG11.6666666666666667No Hit
GTGAAGAAATGTGGAGGGTAGAATGAAAATCAGCAATACATGTCAGACAG11.6666666666666667No Hit
GTCTCCGGTCAGTACCTGTGAGCCAGCCTAGGCAGCTGAGTGCTGTTTTG11.6666666666666667No Hit
AACAGGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTCAATGCCCTTTATTTC11.6666666666666667No Hit
GGATAGCGAAGCTTGCTTGCGGAGCAAGCTAGCGCAGCTTGGAGAGGGGC11.6666666666666667No Hit
GATCAAAAAGCGACGTCGCTATGAACGCTTGGCCGCCACAAGCCAGTTAT11.6666666666666667No Hit
GCTAGGCGCCGGCCGAGGCGGGTGTTGACGCGATGTGATTTCTGCCCAGT11.6666666666666667No Hit
TTCTGCATCTCTTTGCCAATCTTGTAGCTAAGGATCTTGTTCCAATCAAT11.6666666666666667No Hit
TGGCAGGAGGGGCAAGGTGGAACAGTTATCTCCAGAAGAAGAAGAGAAAA11.6666666666666667No Hit
GTTTCTGAGAATTCTTCAATTTTTTTATGGGAAGACATTTCCTTTTTCAC11.6666666666666667No Hit
AATAACTCTTCAGGACACTGAACCAAGCAGGTAGAGTCCAGGAAAAGAAA11.6666666666666667No Hit
GCACGTGCGCATCTCTTCTCCGCCGGTGCAGTGGCCGTGCTTCTACGGCA11.6666666666666667No Hit
CCAAGAGTTTTATCGCCACCCTCAGCGCCACGGCGCAGTTGATCGGCCAC11.6666666666666667No Hit
GATAAAAAGATAGAAATCTTTTTCACTTAAGGTTTTCAAGTACCTTGTAG11.6666666666666667No Hit
AAGATAAAACTGGATCCCTTCCTTACACCTTATACAAAAATTAATTCAAG11.6666666666666667No Hit
CCTTGCTGGAAATGCAATTAAAATGACTTATTTCTCTCACAAGGGTAGTT11.6666666666666667No Hit
GCCCCGAGGGGCTCTCGCTTCTGGCGCCAAGCGCCCGGCCGCGCGCCGGC11.6666666666666667No Hit
TCATAGAATGGAATCGAATGGATTCACTGAATGGAATCAGATGGAATCAT11.6666666666666667No Hit
TCGTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGACCGGCGATGCGGCGGCGTTATT11.6666666666666667No Hit
TTTTTAACTGCAGCAACTTTAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGC11.6666666666666667No Hit
GTTTGTCTGAAAATGACTTTATCTCTCTTTCATTTCATTTTATCTCTCTT11.6666666666666667No Hit
GTCCACAGTGGAGACTGGGAACGGGCCAGCAGGGAGCCTGGGTCCCTGAG11.6666666666666667No Hit
AAATATCACTTGCTCTGCCACTGCCCGCCCAGCCCCCATGGTCTTCTGGA11.6666666666666667No Hit
GTTCAATAGATTGTTTTCATGAAGCTGTCATAGCTTCAAAGGATGACTAA11.6666666666666667No Hit
GTGCTAAGTCATGTTTAAAGGTGTCTTTGTCTGCTTCAGAGGCCAATGGA11.6666666666666667No Hit
CTCAGGGTGCATGGGGGGTTTACAACCCTCTGCGTCCAAGACAGGAAGAG11.6666666666666667No Hit
GGAATGGACTCAAATGGAATGCGCTCAAGTGGAATAGAATTGAATGGAAT11.6666666666666667No Hit
GGATATTATATAGGCAGCATGTCCGAGTGTGGCTTTCTGAGATTAAGAGA11.6666666666666667No Hit
GTTGTTGTTGCAGTAGCAGTACTGGCCAAATTTGCAATATTTGCAATAGT11.6666666666666667No Hit
AATGCCTAAATTAAGAAGAATATTTCAAATAAAAAAAAACCTAACCATAT11.6666666666666667No Hit
CTAGATAACCTCGGGCCGATCGCACGCCCCCCGTGGCGGCGACGACCCAT11.6666666666666667No Hit
CCTGCTGGTCGGTCGAGGAACGGGTTCTTCTGCGCCTGTGCGACTCCCTG11.6666666666666667No Hit
GAACAGGAGCTGAAATCTACCATAACACCATACCCATTTGACATCAAATC11.6666666666666667No Hit
TCCTTAATGTGGGCTTGGTTGCAGACACTAGGTGGTTTATGAATATTCAC11.6666666666666667No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
ACTTGCT50.094.08
AAATATC50.094.01
CACTTGC50.094.07
TATCACT50.094.04
CTTGCTC50.094.09
ATCACTT50.094.05
TCACTTG50.094.06
TCACCCA50.094.094
AATATCA50.094.02
ATATCAC50.094.03