FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003631107

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003631107
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTATATACTCAAAAAATTCAAAACAGGATCTCAAAGAGAGATATTTGTAC310.0No Hit
CCGTGGTGACGGCCTTGGTCATGGAGGCGATCCACGCCACGGTGTCGGGC310.0No Hit
CCCCTACACCGAGTTCAAGGAGTTCTCCAGGAAGCAGATCAAGGACATGG26.666666666666667No Hit
CTTTAGGCTAGATACAAAATTCACACAGGGAAAGGCACGGACTCTGGGGA26.666666666666667No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA13.3333333333333335Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA13.3333333333333335No Hit
ACGCCAACTCAGGCCATTCCTACCAAAGGAAGAAAGGCTGGTCTCTCCAC13.3333333333333335No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTAT13.3333333333333335Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCAC13.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGAAGCAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATAC13.3333333333333335No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT13.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGGCCAACCAGACGCGGGAGAACTATGGGAGGTGGAGACGGCTCCTTCAC13.3333333333333335No Hit
CTACATAGTTATCTTTGACCCTTCTGACTGGAAGTAAGTGGTTCACCCTT13.3333333333333335No Hit
ATCCAGTAGTAGGTGTTGGCGAGGCCCGCCCAGGCGAGGCTGTTCGCGCT13.3333333333333335No Hit
CCCCTTGTCTCTGTGAGGGGCCAGTGCAGGGGACTCCAGGGTCTCATCAT13.3333333333333335No Hit
GCCCGAGGTTATCTAGAGTCACCAAAGCCGCCGGCGCCCGCCCCCCGGCC13.3333333333333335No Hit
ATTTAAATATTGCTACGCTCACATTCTCATTCTTCTCCATCTTTGGGGCT13.3333333333333335No Hit
GCCATGAAGTTAAGTATGCACATAGAAAAATATACATGAATGTGTACATG13.3333333333333335No Hit
GCTCTATGTGAGGGGAAGTTCAATTCTGTGACTTGAATGCAGACACCACA13.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTT13.3333333333333335Clontech SMART CDS Primer II A (100% over 24bp)
CCCAAGTATTGTGCTCCTCAGAAAAGCCTTTCCACTTCAGTAGATATACC13.3333333333333335No Hit
TTGTAGAGGTAAAGCAGGATGATGGTGTTTTAAGACCAGAGCTTGGGACC13.3333333333333335No Hit
CCATACATCAGGATAAGGTGTCAAAAAGTGGAAAGTGTTCACTCTCACAA13.3333333333333335No Hit
CCCCAGCACTTAGATATTTTAAAGAGGCATCTATCACATAAGGCATCATT13.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)