FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003631108

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003631108
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGCTCAACGAACGGCTGGCTGCTCCGACCCGAGCGGCGCTAGGCTCCCGT310.0No Hit
GATGGACACTCAAGTGGCTTTCACATCTTGACTATTGTAAACAATGTCGC310.0No Hit
CCTTGACACCCTCACTGGAGACGTCGATCTCAGAGAGGCGGGCCAGCACG26.666666666666667No Hit
GTGCTGGACTTTGAGCACTTTCTGCCCATGCTGCAGACAGTGGCCAAGAA26.666666666666667No Hit
GTGCTGAACGGCGGGACGCTCGACGGCGCCCGCATCCTCTCGCCGGAGAC13.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGC13.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGGCGTTGTT13.3333333333333335No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC13.3333333333333335Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTCCTTTGATCGCTCGCTCCTCT13.3333333333333335No Hit
GAAGAAAGTCAGCTTCTTCCACACTGGGCTTTAGAAACCAAGATTTGCCC13.3333333333333335No Hit
GGTGGAACGGTGTGCAACATGGGAAAGAAAACCAAGCGGACAGCTGACAG13.3333333333333335No Hit
CAATAATTACAAAACAAAACAAAAAACAGTGTCATTTGAAAACGTTTTTT13.3333333333333335No Hit
TTTCAAGGGACATCGACACAGCAGCCAAGTTCATTGGAGCTGGGGCTGCC13.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAT13.3333333333333335No Hit
CCCTAAGGCTCTGTGCTTTCATAGGAACTGGAGAGCAATTGTCAACAAGG13.3333333333333335No Hit
CTTCCAATGAAAACAAGACAGAAGCATTCTGAGAAACTTATTTGTGATGT13.3333333333333335No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT13.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (100% over 23bp)
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC13.3333333333333335Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GTTTTGTTAAACACAGTAATTTTAAACTCTGTGTTAGATAATCCCAATAA13.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
GTTTTAGTGCCAGGCTGCGGTGGGCAGCCATGAGAACAAAACCTCTTCTG13.3333333333333335No Hit
AATCCTCGATTCCTTCTTAGTTTCATTCCTAATAGTTCCTACCAGGGACC13.3333333333333335No Hit
GTAAGTAGTAAGTCTTTGATATACATCTCTTCAAGAAATTAATCAACTAA13.3333333333333335No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTTCCATGTACTCTGCGTTGAT13.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)