FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003634571

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003634571
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC54

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTGCTGTGGCACGATCACGGCACACTGAAGCCTCGACCTCCTAGGCTCAA36.25No Hit
CTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCA24.166666666666666No Hit
GTACTCGGCGATCCTCAGTTGGGTCGCCCGCTCGTGTTCGGGTGTGTGCT24.166666666666666No Hit
CCCGTGTTGCGTCAAATTAAGCCGCAGGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTT24.166666666666666No Hit
GCATTGCCAGCTGCGGGCGTTCCGATTCACACGGTGGCGCGATCGTGCTG24.166666666666666No Hit
CACCCGTAGAGACTGCCTGGCCAAACTGATCTATGCGCGGTTGTTTGACT24.166666666666666No Hit
GTCCTATTCCATTATTCCTAGCTGCGGTATCCAGGCGGCTCGGGCCTGCT24.166666666666666No Hit
CGGCCGACGTCGCGCAGCTCGAGGCGTCCGGAGCGATCGCGGCCGTGACC24.166666666666666No Hit
GACTTGGGCAGCTCCTTGGAGAAAGTCAGCGTGCCCGCCAGCTCCCCGGC24.166666666666666No Hit
CTGAGGCTCTCCGCTCAGGGCACAGTGACTTTTGAAGATGTGGCTGTGAA12.083333333333333No Hit
ACTGCCGCCAGGCAAACAAGGGGTGTTATGAGCCATATTCAGGTATAAAT12.083333333333333No Hit
GTTTATAGATAGTTGGGTGGTTGGTGTAAATGAGTGAGGCAGGAGTCCGA12.083333333333333No Hit
GGTGTCGAATACGCCAAGACGGGCAAGAAGGCTTCGGGCTATGTCGATAC12.083333333333333No Hit
GATTAAAATAATTTGAAGGCGATCTTTTAAAAAGAGATTAAACCGAAGGT12.083333333333333No Hit
TCGTAGGCGTACTGGTGGTACCCGCGGAGGAAGCGCCAGTCCGACCCTAC12.083333333333333No Hit
GCTGACAGCTGCTCACTGTTGGGGAAGCTCCATAAATGTCACCTTGGGGG12.083333333333333No Hit
GTGTTGTTGTCATGGTAATCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCA12.083333333333333No Hit
GACCGTCGGCTGATCGTGGTTTTACTAGGCTAGACTAGCGTACGAGCACT12.083333333333333No Hit
GGCCACGTGGAACATGGGCGCGGCGACGAGGGCCACCGCGTTCTGCGCAT12.083333333333333No Hit
CTCCCCTTCCAGTTAGGAAATTATTTCCCAACAGGGAACTTGCCCTATAC12.083333333333333No Hit
CTTCGTACCAGTGTTCATTGGAACCATCATCATGACGACTCGCAATCGAC12.083333333333333No Hit
CCCCACTTCTTCCACCCCACTTCTTCCTTCACCAACATGCAAGTTCTTTC12.083333333333333No Hit
GGTGGAGGGGTCGGGAGGAACGGGGGGCGGGAAAGATCCGCCGGGCCGCC12.083333333333333No Hit
GCTCGCTGGCGTGGAGCCGGGCGTGGAATGCGAGTGCCTAGTGGGCCACT12.083333333333333No Hit
ACTCAACATACTAGTCACAGCCCTATACTCCCTCTACATATTTACCACAA12.083333333333333No Hit
ATTGAAAGTACTATGGAATGATTTCCTGATGTGCTACTCCTCTCGCCCTC12.083333333333333No Hit
CACGGCAAGGTGTGCGAGCTGGATGAGAACAACACCCCCATGTGCGTGTG12.083333333333333No Hit
GTGTATATGCGGTGTCAGTCACTGGTCGCCTGCCCCAAGGAATCGTGCGG12.083333333333333No Hit
CCACATAAGAGACATTTTCCCCTGAATGTCCAACAGGCACCATCTACACA12.083333333333333No Hit
ATGTTCAGCCGCCGAACCACATCAGCTAGAGCTGATTTGAGCAGCTGGAT12.083333333333333No Hit
GCATTGTATTAGCAAACTCATCACTAGACATCGTACTACACGACACGTAC12.083333333333333No Hit
CAGCCAGGCCGACTACCTCAACCTGGTGCAGTGCGAGACGCTAGAGGACT12.083333333333333No Hit
GTACATGGGTGCCCTGTCTGGGAAGTGAGGAGCGCATCTGCCCGGCTGCC12.083333333333333No Hit
GAGGTATCCTACAACATGCTCGATTCTCACCCAGTTTTCTGGTACATTTC12.083333333333333No Hit
ACTCAATGGTACTGTCGTAATAATGGCGTAAGTCAGATTCGCACTTTCGA12.083333333333333No Hit
GAGTATATCTCTAGATTCATATAAGCTAAAATTAAAGAAACTTGAATTAA12.083333333333333No Hit
AAGTTTGAGATTTTCGTCAACTCGCCACGAGTGTCCGGAACCCACCTGAG12.083333333333333No Hit
ACCTGTAGTTCCGTTGGACAGACAGTTTCTCATCCATGAACTAAATGCAT12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)