FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003634572

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003634572
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGGGCATTCGTATTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAG24.166666666666666No Hit
GGGTAAAACTAACCTGTCTCACGACGGTCTAAACCCAGCTCACGTTCCCT24.166666666666666No Hit
GATGCGGGTCGGCCGAGGGCACCAGCAGGGCAGCAACGCCCTCCCGGGCC24.166666666666666No Hit
CAATTCTGGAGGCCCGAAGTGGGCTCGGGCCCATCAAAGCTTACCCTCGG24.166666666666666No Hit
GATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTC24.166666666666666No Hit
GTCGTGAACCACCCTGATGGGTCGATGAGGAGTACCTCGGACAGGGGCGG24.166666666666666No Hit
CGTCGAACTGGTCGATGGCCAGGATGTTCACGGGGCCCAGGCGATCGATC24.166666666666666No Hit
GTTGTCCTGGTAGTTGATGAATGACCACTCCAGGCCCTCAACTGCGTATT24.166666666666666No Hit
GGATGGGGCACATGGCATCAGCCGTAGTCCCGCCCAGTAGGGTGCAGAAC12.083333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT12.083333333333333No Hit
TCCCTGGAATTCGTCGTCAGCTCGGCTGCTTACTTCTTGCCCCAGCACAG12.083333333333333No Hit
CATCAACAACCGACTAATCACCACCCAACAATGACTAATCAAACTAACCT12.083333333333333No Hit
GACGAGCTCAGGACCGCCTTCTCCAGCGGCAATACGGTGTTGTGCCAGCG12.083333333333333No Hit
GGGGGGATGTATTTGCAAGGCCCGATGTAGTCCAGGTGGAGCTTGTGGCC12.083333333333333No Hit
GTGTCCATGATATACACTGCAGCAGCAATCAGGAGAGAAAAGAGAGATAA12.083333333333333No Hit
CTCGGTGGTGGCCACTGCGCAGACCAGACTTCGCTCGTACTCGTGCGCCT12.083333333333333No Hit
GCTAAGAGGTATGTATTCAGTTGCTGGCACCTCTCCCAGTGTAAATCTGG12.083333333333333No Hit
CTACAGCATTAATCTCTGTCGTTGCCGTACTCGTCAAAGTACTTGTCTAC12.083333333333333No Hit
AGCCAGAGGATGGAGCCGCGGGCGCCGTGGATAGAGCAGGAGGGTCCGGA12.083333333333333No Hit
TCGTAAGCCTCTGTTGTCAGATTCACAATCTGATGTTTTGGTTAAACTAT12.083333333333333No Hit
TCCATATAGTCACTCCAGGTTTATGGAGGGTTCTTCTACTATTAGGACTT12.083333333333333No Hit
AAATACCGGCACGAGACCGATAGTCAACAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGA12.083333333333333No Hit
ACTCCTGGGGTAGCTCCTGGCCCCTGCTGCTCCCTCAAGAGAGGGATGGG12.083333333333333No Hit
TCTCTGAAGAGGTGCGGTGGCTTCCTGATACAAGACGACTTCGTGCTGAC12.083333333333333No Hit
GTGCGGAGTGCCCTTCGTCCTGGGAAACGGGGCGCGGCTGGAAAGGCGGC12.083333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG12.083333333333333No Hit
ACCAAAGAGCGAAACTCTACCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATT12.083333333333333No Hit
CATTTCCCAGACCGGGCAGCCAGGCAGAGGCACTCCTCACCTCCCAGACG12.083333333333333No Hit
GATCCATCCAGTGCAGGATCCAGGGAGGATATAAGTGCCAGGTTCTCCAG12.083333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGG12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCATTTGAAGAATCAAAGGATAATACAATGTAAGAAATTTTTTTAAAGAA12.083333333333333No Hit
TCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACT12.083333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGA12.083333333333333No Hit
CATCGAAGACGCGCCGCATGCGCCCGACGAACTCGCCGCCATCATGTACA12.083333333333333No Hit
GGTAGGAAGTATTTGAAGTTCTGTTCATTTAGTTCCAGAACAAGAAATAA12.083333333333333No Hit
TCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAA12.083333333333333No Hit
AAATCCGCCCTTGGCACCGGCCGGGACGATAACCGAATTCTTGACCATCT12.083333333333333No Hit
GAATTGGGATACAGGACCCAAAAGGCTGAAAGGGGGCAGTGAAGTCGGAC12.083333333333333No Hit
CAAAAAAAAAGGATTAGAGGCAGAACAATTCTATCGGAAGCCACTGCAGT12.083333333333333No Hit
CCAATTTTCTTCTAAGTTTGTACATTTTGCCCTTAGCTTTTTGTTTCCTA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)