FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003635649

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003635649
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC51

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTT14.166666666666666Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 22bp)
GGATGAGCAGCAGCAGCTCCAGCACGTTGTCGCGCTGCGACCAGATCATG14.166666666666666No Hit
CATGGGAAGCAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA14.166666666666666No Hit
AGTGAGGTCTATCCTGCAAAGCCAGAACTCTGCAACTTAAATGCAAGTGC14.166666666666666No Hit
GCCCAGTCCGGCCTCGGCCAGCGCCTGCTCGTAGAGCCGCACGCGGTAGG14.166666666666666No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAAAAACGAGCCC14.166666666666666No Hit
GCCGTGTAGCCCAGACCCGGAATCTCGATCAGCGCCAGCATCAGAAGCGC14.166666666666666No Hit
CGCGAGCGCTGGCCACCGGGGCGGGCGGCGTGATCGTCGACCTCGAAGAC14.166666666666666No Hit
GGGGAAGCGCCCCACACGGTAGGCCACGCCGGCCGCCTTGAGGTCGTCCT14.166666666666666No Hit
GAAGCAGTGCTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTA14.166666666666666No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGG14.166666666666666Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTT14.166666666666666Clontech SMART CDS Primer II A (100% over 26bp)
ATTGATACCCGTTGAGACCCATTGGTGGAGACAATGCTGGCGTTTGGGCT14.166666666666666No Hit
ATCCTACTGTATCTGAAAGAAGAACACTGTAGCCGCTTGGCAGGACCATT14.166666666666666No Hit
ATCCAGCAGCAGGTCTTCGGCGCGGCGCAGTACCGGCGCGGGGATGTCCT14.166666666666666No Hit
GATACAGGGCTATCACCTTCTATGGCCACTCTTTCCAGAGTGTTTTCCTA14.166666666666666No Hit
GACGTCGACTATGACGAGTGATGTTGCCCACCTGCCTGCCACCGGTGGAC14.166666666666666No Hit
AGGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAGGGGAAGCAGTGGTATCAA14.166666666666666Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 28bp)
ACACATCTCCGAGCCCACGAGACACCTTCTGTGGTATCGCGTATGCCGTC14.166666666666666No Hit
GAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACCCAACACGGGACAACTCACCAGGC14.166666666666666No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGCTGTCTCTTATACACATCT14.166666666666666No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACACCTTCTGTGGTATCGCGTATG14.166666666666666No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAA14.166666666666666No Hit
TACTAGGCTAGACTAGCGTACGAGCACTATGGTCAGTAATTCCTGGAGGA14.166666666666666No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)