FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003636075

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003636075
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC58

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ATGCTAGAGGCTCCTTATTTCCAGGGCAAGGCCAGCGAGACAGAGCCCAT310.0No Hit
GTCCGCTGCAAGCGCCCCGCGCGCGATTTGCCTGCTCGGCCCGACCGCGT26.666666666666667No Hit
GTGGAGCGGGGCCTGGTGGACGAGGCCACGATCGACGCCAGCGTCCGGCG26.666666666666667No Hit
GAAAACATTCTTGGCAAATGCTTTCGCTCTGGTCCGTCTTGCGCCGGTCC26.666666666666667No Hit
CAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAATG13.3333333333333335No Hit
AGGTGCTGGAGAAGGGCTGGGTGGACAGCCGCTCCATCCACATCTTTGAC13.3333333333333335No Hit
CCAGGCCTCACAGCCCACATCGCTTGCAGATCCAGCCGGGGTGAGTCACC13.3333333333333335No Hit
TCCGTGTGACGAGGAAGTGCTGACCCACCATGAGTTGCTCCGTGGCGGGC13.3333333333333335No Hit
CGGTGTGGCTGTGCCGTTGGTCCTGTGCGGTCACGTAGCCAAGATGCCTG13.3333333333333335No Hit
ATGTCACAGACAGCCGTTTTCACATTGTTGGGGATCCACTCAACAAAATA13.3333333333333335No Hit
GGCCAGAGCGACAGTGCCAACGCGTCTGCCGTGCGCACCGTTCTGGCAAA13.3333333333333335No Hit
CTCCAGCGCCGCGCAGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCTCTCCTTAGTCGCC13.3333333333333335No Hit
TCATTAACCAGTCTTTTACTACTAAACTTAAATGGCCAATTGAAACAAAC13.3333333333333335No Hit
TCTATGGACTTTATCTGTTTGCCATTTTCCAAGTCCCAAAGACGAATATG13.3333333333333335No Hit
GTACGGGTGTAAGGTGGTAAAAGAGAGGACGCACAGAAGTAGCAGGGACA13.3333333333333335No Hit
GCGCGCAGCCCGCGGCCCAGCGCACCCGCAGCAGTGCCCGCAGCTCGTCC13.3333333333333335No Hit
AACTAATACTAACATCTCAGACGCTCAGGAAATAGAAACCGTCTGAACTA13.3333333333333335No Hit
GGTTTCAAACCCTCTTTCTGCAGTATCTGGAAGTGGACATTTCGAGCGCT13.3333333333333335No Hit
GCTCTCCTCATCCTCACTCTCTGGCAGCATCTGAAGGTTTTCTAGTGTCA13.3333333333333335No Hit
CAGTGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTA13.3333333333333335Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 24bp)
GCCTGCTATGGGCCGAACCTGCGCGCGGTCGCGGTCTATCTGGTCGTGTT13.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACTCAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
CCACCGGGTCGCCTCGGTCGGAATAGCCCAGCAGCACCTCGAACTCGCCG13.3333333333333335No Hit
AGCCAGAGCCGTGGGACCAGGCCATCGCGCGGGTCGTGACCCACGGTCGC13.3333333333333335No Hit
AGGCCGTGGGCGACAAGAAGGGCATCCGCCGCTACGGCCACGCCTACGTG13.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)