FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003641295

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003641295
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences192
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[WARN]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA126.25Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT105.208333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC52.604166666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
ATAAAAAGAGGGTTTCAAACCTACTCTATGAAAGGGAATGTTCAACTCTG31.5625No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG31.5625Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCA31.5625Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
AATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGT31.5625No Hit
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGT31.5625Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTA31.5625Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTAC31.5625Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTCTTGCTCTGTCACCAGGCTGGGGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACT31.5625No Hit
GATAAGGAAATGGGAGTCTTACATTCTGCCCTAATTGAGGGTGTTTTTTT31.5625No Hit
GGGGAAGGGCGGGAGGACGTTTTCCTTTTCGGCAGAAATGCCGAACGCCG31.5625No Hit
CTTCTTCCTGTTTTCTGAGGATTTAGAATTAAACATCCATTCCATCTATA21.0416666666666665No Hit
CAGCTGGAACTCTCTTAGGTACTTGGGATCACTCAGCTTGAGGTAGTGGA21.0416666666666665No Hit
GATTCAAGCAGCCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGACGGCAGG21.0416666666666665No Hit
GTAGTCAAAAGTTAAATGAAAAACCACAAGTTTAGTTTGACTCCGTCTCC21.0416666666666665No Hit
GCTGTAGGTCATTGGTGTGGGGACCATCCGAGGTGACACGGATCTTCCCC21.0416666666666665No Hit
CAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGGGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATG21.0416666666666665No Hit
CCTTCTGCATCCTGTCGGCAATGCCCGGGTACATGGTGGTGCCGCCCGAC21.0416666666666665No Hit
ATATATAGGAAAAGGGAAGGTAGAAGAGCTGAAGGCACTCGTGGAAGAGC21.0416666666666665No Hit
GCAGAGGGACAGCGCCAGGCCCAGGAGTATGAGGCCCTGCTGAACATCAA21.0416666666666665No Hit
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCAGTACTCTGCGTTG21.0416666666666665Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACG21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGG21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTGCAGGTGTCTGCCTAATTCCATTCCAGATGCCAAACTGCCTCAGGCCC21.0416666666666665No Hit
GGCTTTTCATCTCTGAAGTTGGTTCATTGAGACCACACTCAGAAATCTCC21.0416666666666665No Hit
GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCAC21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTACTTGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGTGTCTAGTGGTAGCCCCCTCCTCAAAGAGCTCACAGCTACATGAAGAG21.0416666666666665No Hit
CTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGC21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTACATGGGAATCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
ATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TTTAGAAATAGAGAGCTGGAAAATATTTTCTAACCCTCAGGTTTTATACA10.5208333333333333No Hit
CGGTGGTGCCGCCGAAAAGGCCGGATTGCGCCAGGGCGACCTGGTGCTGC10.5208333333333333No Hit
GTATAAAATCAGGCAGTTTTTGATCACGTTTATTGTAAGCCGTCAGCATC10.5208333333333333No Hit
GCCTCTGCCTCCTGAGTGGTTGGAATTACAGGCATGTGCCACCATGCCAG10.5208333333333333No Hit
TCAGGATGGAGGCCGAAGGCCAGAGAGCGTCCTCCCTGTCCCATGGCCTA10.5208333333333333No Hit
ATTCACCACCTGGACTGGTTCAGTCTGCCCATTTCCCTGTGGAATCTAGT10.5208333333333333No Hit
GTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTGTGCGTTGATACCACTGCTTCCCA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
CCTCCACTCCAGCCACGTTCCTCAAACATGCCAGGCACACTCCCACTGCG10.5208333333333333No Hit
ATACTCTGTTGGGGATTTAGAGTTTCTCTCTGAGGCTTGTCTTAGAAGTT10.5208333333333333No Hit
TGTACAAGTAACATTTCCATGATTATATGTACAAGTAAAAAAATACCCAC10.5208333333333333No Hit
GATGAAGAGATGGACGGAGAGTGGGAACCCCCAGTGATTCAGAACCCTGA10.5208333333333333No Hit
CACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTAATCT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCAAGTACTCTGCGTTGAT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTATCCTGCCAGGAGGCCTCAGAGTGATCTGTCCTGCCAGGAGGTGTGAG10.5208333333333333No Hit
AGCCAGCCCCTGGCACCTGCTGCTACATCATGAAGATAGCTCCAGAGAGC10.5208333333333333No Hit
ACAGAATTCAAAGCAAATGCTGAGAAGACTTCTGGCAGCAACGTAAAAAT10.5208333333333333No Hit
ACCTATAGCTACCTGAATAAACTACCAGTGAAAAGCGAATATCCCTCTAT10.5208333333333333No Hit
CTTCAGGATAGAGAAAACTAATTCCCCAACACTCACTTGGGGATGCCAGA10.5208333333333333No Hit
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCCTGTCTCTTAT10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTAAACTAGTAGCATCCCGATCTTTTCCCTATCTAATTCACCTCCTATTA10.5208333333333333No Hit
CATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGCAGCATAGGTAACA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGGATTTAGAGGGTTCTGTGGGCAAATTTAAAGTTGAACTAAGATTCTAT10.5208333333333333No Hit
CAATGATTCCATTTGATTCCATTTGATGTTGATTCCATTCGATTCCATTT10.5208333333333333No Hit
CATCTCGCCCCTCTGCCTGGCCCAGCTTAGACGTAGGCACTGCGGGCTTG10.5208333333333333No Hit
TGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGAAGGAAGGGATGAGAAGGATAATCACAGTTTTGTGTCATCTGGTGAAA10.5208333333333333No Hit
GTGAGAGATTGTCAGCTGGTATCTCAGAGAATTCAGGGTGTTTGGTTGTG10.5208333333333333No Hit
CCATCTTGGTCGGTCTGGCTGATGTGGTCTGCATTCCGCCGACTGAAGAT10.5208333333333333No Hit
ACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 24bp)
CTTTCTGGGTTCCCAGGCTGCCCCACTGCCTGGAGATGAGACCCATTTTA10.5208333333333333No Hit
GGCCGAGGTAGCGCTCCATCAACAGATACGGACGCTCCAGGGCTTTTTGC10.5208333333333333No Hit
GTCACACGCCTCGTCATAACTGAATCCGGCCATCATGAGGCCGAGAACAT10.5208333333333333No Hit
TTTTCATACTTACTACATTAATCCATCACATCAATGCCAAGGGAACAAAA10.5208333333333333No Hit
GCCTTTCCTGTGCTGAACACCATGCTGGGCAGGAAGGTAAAACAAACCAG10.5208333333333333No Hit
CATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGATGATAC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAA10.5208333333333333No Hit
GCCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GATGAGGGAATGGGAGAAGCTTCAAGAGACCTCTGCCATTCTAACCCCAT10.5208333333333333No Hit
GTAGGTTTTTGACTAAATTATAATTTTAGCAGGACATCAGAGTTTTTGAG10.5208333333333333No Hit
AACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCATATAACCCTTAACACAATAACTTCTAGAAAATGTGTGTGCCGTAGAC10.5208333333333333No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTCTATGTTATTGTCCTGGCCACTTTCAGACTCTCATTTTGCAGCTACTG10.5208333333333333No Hit
TCAGAATGAAGACCCAGCCCTGTGGTTATTTAGCTATTTAACCATTAGCT10.5208333333333333No Hit
TGATTAAGAGGGACGGCCGGGGGCATTCGTATTGCGCCGCTAGAGGTGAA10.5208333333333333No Hit
CCCCTGTAGTAAAGGAACAGTTACCTCTGCTGTAAGAAGTCAGAATTGAG10.5208333333333333No Hit
GGGGTCGCGTAACTAGTTAGCATGCCAGAGTCTCGTTCGTTATCGGAATT10.5208333333333333No Hit
ATGTATAAGTTATGCTATGGGTTTTTGCTGGGGAAACCAAGTCATTTCCA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTCTGTCTCTTAAAAACATA10.5208333333333333No Hit
GTCATATCCGGTCCTTCAAGTGGCAAGAGAGCGACGTCTCCCAGGCCCGC10.5208333333333333No Hit
GTCGTTCCGTTTACGAAGGCAGCCATGTCAGGGGTTGTTTTGAGTCGTGT10.5208333333333333No Hit
TCCACGATACTCCTACTCCGATGCACCACACTGGAAGTGACGAGCTCAGA10.5208333333333333No Hit
CATTCGTGATGGGGTTCAACGGGTTACCCGCGCCTGCCGGCGTAGGGTAG10.5208333333333333No Hit
CCAAGAATCACTAGAAAGGCTCTTCAGAAACTCTGGAGACAAGAAAGCAG10.5208333333333333No Hit
GCCTTGCCATTGAGGTTTTTTAAAAATTCTGGTAAAAAATGCATAACAAA10.5208333333333333No Hit
CCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACAG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
AAATAATGGCAATTTTAATTAGTAGAGGGTATAGGGAAGCAGAGGATATA10.5208333333333333No Hit
CCCCCGGCCGTCCCTCTTAATCATGGTCTCAGTTCCGAAAACCAACAAAA10.5208333333333333No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGGGG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TGAAGATGCAAAGCTTCAAGACAAAGAAGATGTCATCGTTAAAATTACTT10.5208333333333333No Hit
CAGGTCGCAAATGCCGTGGCTGCTACTGCTGCTGCGCTGGCAGCCTTGGC10.5208333333333333No Hit
GTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGA10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACATGGGGCAGTAATACCATTCGTGGCTCATTGTGATAAAA10.5208333333333333No Hit
CATGTTTTCTGAATACAAATAAAAATTTACTAAGCTGGATGGAAAAATAC10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTGCTTGCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CATATACACAAATACACAGAGGTGAGGCAGAGAAGAATAATAAAGAGAAT10.5208333333333333No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCTTTGAT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TCTCAGAACTAATAGCCAGAATTTTGCAAGTGTTTTGTCTCAAGCATAAA10.5208333333333333No Hit
CCTTTAAGTTTCAGCTTTGCAACCATACTCCCCCCGGAACCCAAAGACTT10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGAGGTATCAACGCAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GAGTAACTTTCTGCTGATGAACAAATCTGCACCCCACTTCAGACCTCGGT10.5208333333333333No Hit
AGATGGTAGCTTCGCCCCATTGGCTCCTCAGCCAAGCACATACACCAAAT10.5208333333333333No Hit
TTCCAAAAGGGAGGAGGGTATAATGAGGCATGCCTGGCTGTCCCCTCCCA10.5208333333333333No Hit
CTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
GTGCTGACCTTTCTTTGGTAGGATTATCCTTTCCTGCCTTGTGGAAATCA10.5208333333333333No Hit
ATTTGACTCAACACGGGAAACCTCACCCGGCCCGGACACGGACAGGATTG10.5208333333333333No Hit
GAGAAAGCTAGCTTCTGATCTCTAAAATTGAAGAAGTTATCCTTGGAAAA10.5208333333333333No Hit
CAATCCTGTCCGTGTCCGGGCCGGGTGAGGTTTCCCGTGTTGTCAAATTA10.5208333333333333No Hit
GCTCATGAAATCCTTCTATGGGGGAAGCTGTGGGGCAGATTCCTTAAGCG10.5208333333333333No Hit
TCCCACAGATGGTAGCTTCGCCCCATTGGCTCCTCAGCCAAGCGCATACA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTG10.5208333333333333No Hit
GCTTCCCAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCGTACCTCTGCGTTGATACCACTGCT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 22bp)
ACTTTCTTGATATTCCGTTATCGGCATTATAATCTTCCTGGTGGATACGA10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAT10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCAAGTACTCTGCGTTGATA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATGCAAGGCTGGTTCAACATTTGAAAATTAATCAACATCGATCACATCAG10.5208333333333333No Hit
GTCATGTTTGTCTTCTTTCAAGGGGTAAGGGCTCTTTGGCTGGGGTGCAA10.5208333333333333No Hit
GGTAGGGGCTAGGTACTGGACTACCACAGGTTTTTAGGAACTAAGGTGTT10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
TGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGA10.5208333333333333No Hit
GGATCAGCTGGGAAAAAAGCGAAACAAAGTAATTCTTCACAGCCAAAGGT10.5208333333333333No Hit
CAGAATTCACCAGTGGACAAAATGAGGAAAACAGGTGAACAAGCTTTTTC10.5208333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph