FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003641296

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003641296
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences192
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA84.166666666666666Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATAC52.604166666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGT42.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACG42.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGG42.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT42.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TCAAAACTGAAGTTTGGTGCCTCATCGGCACCATGTTCTAACAAACTAAG31.5625No Hit
ACACAATTTAGTCCATAGTGTCAGCAGGGCCTGGTGGCTCATGCCTGTAA31.5625No Hit
CCCCGCTCCACCTCGTTTGCTGCCCTCGGGGGCCACTGCGGGGACGCAGA31.5625No Hit
GCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAG31.5625Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GATAGAGCAGTTTTGAGACACTCTTGTTTTGGAATCTGCAAGTGGATATT31.5625No Hit
GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACC31.5625No Hit
GACTGCATACTCCTTGAGATGCAGATCTTGAGGACGGCATTCAGCATGCC21.0416666666666665No Hit
ATTTGAAGCACACCGTTTTTCTTTCTTCTTTCACGGTATCGGCTTATGGC21.0416666666666665No Hit
CAGATAATATGAATAGATCTATAACAAGAGATTGAATTAATAGGCCAGGT21.0416666666666665No Hit
GGTTTACTGAGGGAAGCTACTAGCTGCTGGCTGCTGTCCATTGTAGGAGC21.0416666666666665No Hit
GTAAATAAGAAAGCAGTAGGGCTCTGAGTTTTCATCCAGTTCAGTTATCA21.0416666666666665No Hit
GATGTCAACAGTCTACATTTGAGACTGTAGGAGATGACTGAGTGGTCCAA21.0416666666666665No Hit
GGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTGGACTTCGAGCAGGAGATGGCCACCG21.0416666666666665No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (100% over 23bp)
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC21.0416666666666665Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGC21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAG21.0416666666666665Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 23bp)
TCCTGTCTGCGCTGGAGAGAGCCACCGTCTTCCTAGAACAGAGGCTGCCT21.0416666666666665No Hit
GGGTACCCTGCTTCTGCTGGCTTAATGCCTCAGAACTTTGGTGTCATTGG21.0416666666666665No Hit
CACCTGTGGTCCATTGTTCATTTTAATTCACATTTCTTATGAAGTATGGT21.0416666666666665No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAT21.0416666666666665Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CTCTTACCTTTTCTCTCCTTGCTATCTTCATTTTCAGCATTTTAATTATA21.0416666666666665No Hit
GAATTTTGCCAAGCATTTAAAGAATTAACACCAATTTCACACTATCTCTT21.0416666666666665No Hit
TCGCCCTCTACTGCCACCAGCTGAACATCTGCAGCAAGGTCAAGGCCGAG10.5208333333333333No Hit
ATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TGGTTCAACCGCCTGACGAGTGCTGACAGCTATGAAGAAGACCTCCTGTT10.5208333333333333No Hit
CCTCCAATATATCTTATCAGTGGGGGAAAGAGGGGGCTGGTTACATACCA10.5208333333333333No Hit
CTATGTTTTAGGTGTATAGACATTTATGATTGTTACATCTTCTTGATATA10.5208333333333333No Hit
GTAGCATTTCAAGCTTTAGTCAGGGTAGATTATTCCTTCTTTACTTTCAC10.5208333333333333No Hit
CATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTTGAAACCAATGCTTCCCAGTAAA10.5208333333333333No Hit
GGGTGATACAGTGAGACTCCATCTCACAAAACAAGCAAACAAATAAATAA10.5208333333333333No Hit
CAGTACTAGGCATCGTCATCCAATGCGACGAGTCCTACACTATCTTGGAT10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTCCCAAGGAATCCAGAGGAAAATGAGGCCATTGCAAGCTTCGTGAAGAA10.5208333333333333No Hit
GGATAGGGCAGATCAAGGAGAGCCATCTGAGCTCGTCACTTCCAGTGTGG10.5208333333333333No Hit
GCATTTAATGAAACCACCTAAGACAGAAAAAGAGACATGAGACAACCACT10.5208333333333333No Hit
ATGCCCATGGGGTCTCTGGAACATGAGGGGCTGGTAAGCCTGAGGCCTGT10.5208333333333333No Hit
GCCTTGAACATTATTATAAAGATGTACCCACCCACATGAGAAGATACAAA10.5208333333333333No Hit
GAGTAAGTTGTGTGTCACAGGGGTGTGGTGTACAGGTAATTTTGTCACCC10.5208333333333333No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGGTACTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGCACATGGTATGTGCTCGGTCAATAGCCTTTGTGTGTAGTAACGGCTCT10.5208333333333333No Hit
AAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTTATACTGTCTCTTATACACATC10.5208333333333333No Hit
TAATTTGACTGTGTAAACCAAAAATAAAATTCTAAGGCCCTCCAACCACC10.5208333333333333No Hit
TTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 28bp)
CTTGCAAACAGGGTGGCCAGGGAAGGCGCTGCTGAGAAAGTGACATTTGA10.5208333333333333No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGGACTCTGCGTTGAT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCACTGCTTACCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACCATGTACTC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTGCTACATCATGAAGATAGCTCCAGAGAGCATCCCCAGTCTTGAGGCTC10.5208333333333333No Hit
CCACTTGTCCCTCTAAGAAGTTGGGGGACGCCGACCGCTCGGGGGTCGCG10.5208333333333333No Hit
GGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCATGCTAACTAGTTACGCGA10.5208333333333333No Hit
TCAGAGCTTGTTTAAGGCTTAATTCTGTCTCTGAGGAAGGGTATCCCTCC10.5208333333333333No Hit
ACATCTATCTCACTAGAAAATTTTTTATTCACATCCTGATTTTTTTATAT10.5208333333333333No Hit
CCGGAAGCTGCCCGGCGGGTCATGGGAATAACGCCGCCGCATCGCCGGTC10.5208333333333333No Hit
CATGGGAAGCAGTGGTATCGACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
TTCTTTACCCCAGCATTGACAACGCTCCAGTAAGCTGTTGGCAGCACGTC10.5208333333333333No Hit
TATGTATCTTATCAAGGTTTGTTTTGGCTCAAGTTACACCAGCAGTCAGA10.5208333333333333No Hit
TAATGGAATAGGACCGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACTGAGACC10.5208333333333333No Hit
CTTGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTGGGAAGCAGTGGTATCA10.5208333333333333Clontech SMART CDS Primer II A (100% over 26bp)
CCTTATTGCCTTTTTACAGATGAGGAAACCACAGAGCTGAAGGAGCTGGC10.5208333333333333No Hit
GCACCGGGCAGTCAAGTGTGGCTACTTCTACCTGGAGTTCGCAGAGACTG10.5208333333333333No Hit
ACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACAATGCGTTTA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTAC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCAGCTT10.5208333333333333No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATACTGGGATCGGGAGAATACTCGGGGTTGTCAATTTCTGGGTGGATCCA10.5208333333333333No Hit
AACAAGCAACAGTCTTCAAGAAATTAAACTGGCAAGTGGAAATGTTTAAA10.5208333333333333No Hit
ATACCACTGCTTACATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTACATGTACT10.5208333333333333Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCAATGCTTCCCATGTACTCTGCGT10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
GAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCCTCCCTCCATCCTCCTACCTCGGGCCAAAGGGAGGAAATGGGAGGAAG10.5208333333333333No Hit
TTTTAACAGTATTAATCCTTCTAAGCCATAAATATAGGATGTCTTTCCAT10.5208333333333333No Hit
AATAAAGTATAGGCGATAGAAATTGAAACCTGGCGCAATAGATATAGTAC10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCATAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CCTTTTGGGTTTTAAGCAGGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAAC10.5208333333333333No Hit
CTCCCATCCTCTCCCCAAGCTCCCATTTCTCCAGGGCTTGTCCCTGCGGT10.5208333333333333No Hit
ACCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTACTCTGCGTTGATA10.5208333333333333Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
CCATGCGGCCCATCATGCGCAGCGTCAGCGACGACAGCTCCCAGGTGCGC10.5208333333333333No Hit
GAATGGAACCGAATGGAATCAACATCAAACGGAAAAAAACGGAATTATCG10.5208333333333333No Hit
CTTCTCAGCCCACCCGCGGTGTCGACGTCGGTGCTATCGAGTTCTTGCAC10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTGGGCAGCAG10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGCT10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GGTTATGAGTTATAGGTGGTATTCTGAATTACTGAAATGTCTCCATTCCT10.5208333333333333No Hit
TTCCAGTCCCGGTCCCTTTCCAGCCTCTGGAGTCCTGACAGAAGAGAAGC10.5208333333333333No Hit
AGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 24bp)
GGTCGGCATCGTTTATGGTCGGAACTACGACGGTATCTGATCGTCTTCGA10.5208333333333333No Hit
GGGGCGACCATCATCGGCACACGACTCAAAACAACCCCTGACATGGCTGC10.5208333333333333No Hit
ATTTAGATCCATATCTGTCTTGTTTGGTATCTTACCAAGTACAATCTCTG10.5208333333333333No Hit
GTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTTTGTACAGACTATTTTAACTTTTTATTCTCACAAAATCACGTGGAGG10.5208333333333333No Hit
GTCTCCGGCCGGGCGTGGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA10.5208333333333333No Hit
ATTTTTGTTTCTTCCTTTTAATCTATACACATTTATTTCTTATTCTTGTC10.5208333333333333No Hit
ACGCTGTGGTGGTCGCAAAAAGCCCTGGAGCGTCCGTATCTGTTGATGGA10.5208333333333333No Hit
ACCTGTTATTGCTCAATCTCGGGTGGCTGAACGCCACTTGTCCCTCTAAG10.5208333333333333No Hit
CCCTATGGGTTCACAGAATTGTACTGCCTTTTAACCAGTGTCTGAAAACA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTGTTACC10.5208333333333333No Hit
CACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGT10.5208333333333333No Hit
GTAGCAGTCCTCGACCAGCACCAGGCCATCGGCGCGTTCACGCAACTGCA10.5208333333333333No Hit
CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTAAAAAATTGTAAC10.5208333333333333No Hit
GATTACAGGTGTGCATCACCATGCTAGGTATTGATTGATTAATTGATTGA10.5208333333333333No Hit
TCATTACAAAGTTGTCTGTCTTCTCATCAGTTTACCAGCTACATAGGACA10.5208333333333333No Hit
CTTTTCAGTTTTAGTACTTATTAGTCGCCACTGCCATTATAATATAAGCT10.5208333333333333No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGCGTCCCATGTACTCT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCTATAGAGTTTTGTGAATATGTAATGAGGCAGTACCTATATAGTGCTTG10.5208333333333333No Hit
CCTAAGCCCATGCATCATCCACCCTAGACTTGTTTATACTGTGAGGAAAT10.5208333333333333No Hit
GAAAAGGCAAATTTCTAGTTGCGTTTGTCTGTCTTCAGGATAAATTTCAA10.5208333333333333No Hit
CACTGCACCCGGCCTGCTGTTTTTTTTCTTATGCTAAAATATGTACTTGT10.5208333333333333No Hit
CCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACTTAACAAAGGAGGACCTGAGAGTACTCATGGAAAAGGAGTTCCCTGGA10.5208333333333333No Hit
GGATACTCCAAAATCTTTTACTTCTTTTGTGCTCAGGAGCATTTTGTTTC10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333No Hit
CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGACCCACCGTGCCCAGCCGGAATTA10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
GTACTTGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTAT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATCTGTCTCTTAT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCTTGGCGACCTGGAAAAACGATCTTTATTGCGCCACCAAATGCTATGAA10.5208333333333333No Hit
GCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
CGCCACTTGTCCCTCTAAGAAGTTGGGGGACGCCGACCGCTCGGGGGTCG10.5208333333333333No Hit
GGACTTTGGAAGGAGATAAATGAAGAAAAAGAAGATGATGAACAAAATAG10.5208333333333333No Hit
TAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCC10.5208333333333333No Hit
CAGTTAGCATATCCCAAACTTTATTACCCCTCTGTCTTTTGTCCCCCAAC10.5208333333333333No Hit
ATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATTTTCAGCATGTTAGGACCAAAAGCCTCTGGGAAGTTCTGCAATAAATG10.5208333333333333No Hit
TGAAGATGGAAGTGGCTCCATCACTTATCAGAGGCCACACAAGAAATGAG10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAAGC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTAAAAGGAAAAATTCCAGGGATTAAGGAACTTGAAGTTAGAAAAACTA10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGT10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 27bp)

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph