FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003644032

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003644032
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCAGCTTTGCAACCAT28.333333333333332No Hit
AGTTTCCATTTCATTAGTCAACTGGAGCTATCTAAATTGAGATAGGTGCA28.333333333333332No Hit
TTTTTTGCGCTCGGCACGCTGGCTGGATTTGGCCTGGCCCCAAGGACGCG14.166666666666666No Hit
CGGATGTGGAAGTGGCGGTCCTGGACGGCCTCTCGGGCTCCGTGCTGGAC14.166666666666666No Hit
AGGAATAAGAGAAAGCCCGTCAGGCGGGCCAGAAAAATATGCCCGGGTCA14.166666666666666No Hit
GGACAGGCCGAGATCGACACGCAGGGCCGTTTCCGCAGCTTCCCGGCCGA14.166666666666666No Hit
GTTTTAAAGGCCATTACTGTGGGATTTGTCTTATCGGTCTGCAGTGCAGC14.166666666666666No Hit
CTGTGCCTGCTGCTCATAGCAGCCACCTTCATTCCCCAAGGGCTCGCTCA14.166666666666666No Hit
CCGGAAAGGGCGCGGCCTCGCGCAGCGCGGCGATGATCAGGGCCTCGGAG14.166666666666666No Hit
TCACCCGCCACCGCGGCCTGGACCTGTTCGTGACGCCGGCCGAGCCGGGC14.166666666666666No Hit
ACGCTTTCCTCTCTCCAGCGCGGGCCGCCGAGCGTCGCCGCCTCGCCGAT14.166666666666666No Hit
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC14.166666666666666Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
CACCAGGACCGACCCCGGCATCCCGGACCCGCGCCTGACACCCCTGGGCC14.166666666666666No Hit
CAGAAGTGGGTTCAGGATTCCATGGACCACCTGGACAAGCAAACCCAAAC14.166666666666666No Hit
GTGCGGCGGCAGCCCCTGCTCGCGCATCCGGGCCGTGGCGAGCAGCACCT14.166666666666666No Hit
GATCTTTCGCGGCTATGCGACCGCCGGATGCGAACCCGACGAGATGGGGA14.166666666666666No Hit
GAGTGAACTCCCATTCAAAATTGCTTCAAAGAGAATAAAATACCTAGCAA14.166666666666666No Hit
GGTATTTATTAAGCACTTCTCATGTGCCATATACTGTGTTAGGTGTTGGG14.166666666666666No Hit
GTCGGGGCGGGACAGGCTGGCGAGCGGGTCGTCCTCCGGCCCGTAGTTCA14.166666666666666No Hit
GAAGGAGACAAAACATAATTATTTGAGAACAAAGCATATTTTAACAGGCA14.166666666666666No Hit
GAACATCAGGGGCAGGGGCTCGGCAAGCGGGGCGCCGCCGGCATCCGTGG14.166666666666666No Hit
CCATGTCTGACGCCGGCTCTTCCGGGTTCTGGGCGCGCCGTCCTGGCGGC14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)