FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003644404

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003644404
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGCCCCACTTCTTCGACAGGCGTGGCAATCACGATAAAGGGTACATCGCT28.333333333333332No Hit
CTTGTGCATATATCTGGGAGCTCTGCCATATACAGACACAGACGCGGTGT28.333333333333332No Hit
CACAGACACTCAGGTGATGGGACGTGCTGGATTGTTGTACGACGGTTAAG14.166666666666666No Hit
ACTTTAAACAGACCTCATTTCAAACATGCAACAACGCCACTGGTAATAAA14.166666666666666No Hit
CAGTGGTTTCATGCATAAGGTTTAGCATGATGAACTTATTCTGAGCCATT14.166666666666666No Hit
AGGTAGGACATGTACTCGAAGACCCTTGAGCACACGGGGCAGCTGTAGCA14.166666666666666No Hit
GAGTGCAACCGCACCTTCCCCAGCCACACGGCTCTCAAACGCCACCTGCG14.166666666666666No Hit
TTACTATTCGTTGCGATGTCGGCATACGTGAGAATTTAGATGACCCTGTC14.166666666666666No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG14.166666666666666No Hit
GGAATGAGGTGACGTCAGAGCCAGTGCCCCGACCAAGGCTGTGGAACACC14.166666666666666No Hit
GGTGATCATCGCAGATATATGTCACAATGCCCCCTGTAGGCAGAGCATAG14.166666666666666No Hit
GAAACAGGAACTGGTTCTAGGAGTTTTACTCTCAAGCCATAGAAATATGC14.166666666666666No Hit
GACCTACTCGCCCTTCACCGGGTTCACCGCCAGCCAGACCTTCTCCGGCT14.166666666666666No Hit
ACTTGTATCTTACGTGAACTTAAAGAATAAAATGCATTTCTACCCCGATC14.166666666666666No Hit
ACACAGAGCAGCATGAAAATCATTTTGTGAGAAACTGCAAATCATTACTG14.166666666666666No Hit
GACGGGAGGGACAGATGGCATTGGCTATTCTACAGCGAAGCATCTGGCGA14.166666666666666No Hit
CAGCAGCACCTCGCCTTCATCGCCGCGACGGCGGGCCGCAGCGGGATAGA14.166666666666666No Hit
GTATCGACCAGTTCGTGCGCCGTGCGCCCCGGCTCCTGCACGACCACGCT14.166666666666666No Hit
GTACTAGGCATCGTCATCCAATGCGACGAGTCCTACACTATCTTGGATAT14.166666666666666No Hit
ACGGCGAGGCGACCGTCATGCGTGACATCGGCGGTATGGCCGTATTCGGG14.166666666666666No Hit
GCCGAGATCTGTTCCAAACCCTCGGCGAGCTTTGCCGAGACGCACGAGGC14.166666666666666No Hit
GCCATGCACCACCACCCACGGAATCGAGAAAGAGCTATCAATCTGTCAAT14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)