FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003647276

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003647276
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length146
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCCTAAGAAAGCTCACTATTAACTCAGTGACAGTGACAGCCCAGGGGACT34.0No Hit
CACCTACTATGGCCCACCCACAGTGCTGTGCTACGAGATAGAAGAGAAGA34.0No Hit
GAGCATTGCTGCTGGATTCAGAATGTTTGTCCCTCACATAGGATTCCAGA22.666666666666667No Hit
GAGAAGGGCAGTGGCTGTAGCTGCCCTTTCCGTTTCCAGGGTTCCGACCA22.666666666666667No Hit
GCTCGTCATGGATCCCAACTGCTCCTGCGCCGCCGGTGACTCCTGCACCT22.666666666666667No Hit
CAATGAAACACCCAATAATCTTCAAAGAGAGGAACAACGTTGGAGGCATC22.666666666666667No Hit
GGGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGCA22.666666666666667No Hit
CTTTAAAATGAAATACTGGCAGAGTTCAAAGCAAGGTTTGCCGAAGAAGA22.666666666666667No Hit
GAGTATTCACCTAAGTTTGCTTTCTTCTAAAATTCACTTTTAGCAAGAAT22.666666666666667No Hit
GTTCAAGTCTGTGGTTTGAATGCACACATCACAAAGAATTTTCTCAGAAT22.666666666666667No Hit
CTGTGGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACGCATTCTCCACTCACTGCAACCT22.666666666666667No Hit
ATTTGAAACATGCTCAACTTTTTTAACCTATAGAAACTGCAGTCAAAAAG22.666666666666667No Hit
GTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTGGAGCAGAAGGG22.666666666666667No Hit
AATTAAAACAAAGCATCGCGAAGGCCCGCGGCGGGTGTTGACGCGATGTG22.666666666666667No Hit
GGGTGGTCTCTGTGGTTCTGGCTGTCCCTGAAGCCATAGGTTTTGATATA22.666666666666667No Hit
ACATGGCATACTCCCTAGTTATCACCGCTGGTTATTCAGGGTGCAAGGGC22.666666666666667No Hit
GTGGCGGGGGAGCTGGCGGCGACCGAGCAAGTGCCGCTGAGCGCCCGGAT11.3333333333333335No Hit
AACATCAGTTAAGCATTAGATTTTTTTATGCTTTAGCTATGCTAAAACAT11.3333333333333335No Hit
GATGTAGGGTTTCAGAATCTTTAGTATTATATAAACAAGTTTTCTCTCCT11.3333333333333335No Hit
GGTCAGTAATTCCTGGAGGAATAGGTACCAAGAAAAAAAACGAACCTTTG11.3333333333333335No Hit
ATATCGTGAAAATGGCCATACTGCCCAAGGTAATTTATAGATTCAATGCC11.3333333333333335No Hit
CCAGGGGATTCCTCAAACTTCAGAATGAAACAAAACAGACATACAGACCA11.3333333333333335No Hit
CTGAAGTTTCCTCCACGACCGAAGTTGTCATTCCCACCGAAACCACCTCC11.3333333333333335No Hit
CAAACTACCAATGGCATTTTTCACAGAACCAGAAAGAACTATTTTAAAAT11.3333333333333335No Hit
GAGATCGCCAAGACCAAGCAGGCTGACCTGACCGCTGCTGATCTGGACGC11.3333333333333335No Hit
CAACCTGACCGCCAATGGCATCGACATTCCCGACGTGGCCGGCGCCGTGT11.3333333333333335No Hit
ATCCAGCGCCGCCACAAGCTGCTGCTGATGCTCGATGAATTTCCAGCGCT11.3333333333333335No Hit
CGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCTCACGATCCTTCTGACCTTTTGGG11.3333333333333335No Hit
ATCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTGTATGTG11.3333333333333335No Hit
GGTCTGTACTTCGTCGAGAATGAAGAGGGCGTCGTTTTCGTGGCACAACT11.3333333333333335No Hit
GCCCGAATACACCAATCTCTGATCCTTCGTCAATGGTTTGCTAGGGTAAA11.3333333333333335No Hit
GGAACAAACAGAAATGACTGTGGTGTGGAGGGAGTGAGCCAGCAGCTTAA11.3333333333333335No Hit
GTGTTTCAATTTCTCCACATCTTCACCAACACTAATTGTCTATCTTTTTG11.3333333333333335No Hit
AATTTGATACGGTCGAAATCGAGGAGCGGCTCGAGACCTTCCAACCGGAC11.3333333333333335No Hit
CGCCCATGGCGATCGACTGGTCGATGCGGCTGTAGCTCTGGCCGCTGAAG11.3333333333333335No Hit
GACGTCGGTCGTTCTAACAGATTGACGCATCGGAGCAGTGAACTTTTTCC11.3333333333333335No Hit
GTACATGGGACCCGATACCTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCCTGTCT11.3333333333333335Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 27bp)
TATTTAGAGTCCGGTGTCTTCCACCGCACATCCGAAGGAGCGATCAAGTG11.3333333333333335No Hit
GTTGCGGTCCACATCCAACAGCTGCTCGGCGCGCTGGCGCTGTTGCCACA11.3333333333333335No Hit
GCTCAAAGACTGGGCAAAACCCTAGTGCCAACTTCTAAAATCTGGTATAG11.3333333333333335No Hit
GGACTAAATTCCCTTAGCCAAAAAATGGAGTGACTGTATAATTTTTGTCC11.3333333333333335No Hit
CTCCTTTGACACATGGGGATTATGGGGATTATAATTTAAGATGAGATATG11.3333333333333335No Hit
GCACGTCATCGATGAGCTGGGTGTTCCGGCAGGCGTTGCCAACCTCATTA11.3333333333333335No Hit
CATCCTTGGGAGGACTGTTGAGTCTATGGAGAATGTCCTAAATGTCTTAG11.3333333333333335No Hit
CTCCCATTACTGGGTATCTACCTTCCCAGAAAAGAAATCATTGCATAAAA11.3333333333333335No Hit
TTAGAAGTCCTGAGGGGTACAGATAGTCCTTTGAGAACGTGGTGAAAATG11.3333333333333335No Hit
CATAATGACAGGATCAAATTCACACATAACAATATTAACTTTAAATGTAA11.3333333333333335No Hit
CTGTAGAGTGGGGTTCAAAGTATGGCATTACTGTAAATGCTATTGCGCCA11.3333333333333335No Hit
GCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTAAAAA11.3333333333333335No Hit
CTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTGCCTCAGATTCTGTCGGTACCA11.3333333333333335Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 30bp)
CTGGTACCAGCCACTGCAAAAACATGCCAAATTGTAAAGACCATCGATGC11.3333333333333335No Hit
GGCATTTGAAATCTAAAATCCAGATCCCACAGAAGCTCCAAGGAAATTAG11.3333333333333335No Hit
TATCAGTTGTGTCTTTTGCAAATATTTTCTCCCAGTTTATGGCTTGTCTT11.3333333333333335No Hit
GTGTCCGGAAAGTCCTCGTGCTTGTCGTCAGTAACCTCTTGAGACCGTCG11.3333333333333335No Hit
GTTTGCTCACTAGCTTTCCCCAATCTGCGAGAAAATGGCCCGGGCCGGTC11.3333333333333335No Hit
CTACAGGGAACCCAAAAGAATGATCTAGAGTATGTTGAAGAAGATGGACA11.3333333333333335No Hit
GGCCTGCTTTGAACACTCTAATTTTTTCAAAGTAAACGCTTCGGGCCCCG11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)