FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003648667

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003648667
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences192
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length146
%GC42

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA84.166666666666666No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAA42.083333333333333No Hit
GAGTACATGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA42.083333333333333No Hit
TCCTATCCCTTTAAGAAAAGTGTATTTGAGACCCTCGAATAGGATTTTTT31.5625No Hit
ATCAACGCAGAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAA31.5625No Hit
GTACATGGGAAGGTGAACGTGGATGAAGTGTTTTAGAGCTAGAAATAGCA31.5625No Hit
GTACATGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA31.5625No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT21.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GCACTGTTTTTTCATGTCCCGCATAATCCTCATTTGAAGAATCAATTAAA21.0416666666666665No Hit
ATACAAACGCAGGGAAATCAACATGGTTCAACCGCCTGACGAGTGCTGAC21.0416666666666665No Hit
ATCAACGCAGAGTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAGAGCCCATTC21.0416666666666665Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGTGGCGACGGCAGCGAGTTAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
TTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCA21.0416666666666665Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
TTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GATCCTGAATAAATCCTACTGTATCTGAAAGAAGAACACTGTAGCCGCTT21.0416666666666665No Hit
CTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGAAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GAAGGTGAACGTGGATGAAGTGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAA21.0416666666666665No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG21.0416666666666665No Hit
ATTAAATGCAGAATTAAATCCGCTTCTTTTACTTCCTCAAGCGTTGAGCG21.0416666666666665No Hit
GATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTAAAAAAAAAAA21.0416666666666665No Hit
GGTGTCGAGCGCGCGGCGCTTCATGAGCTTGACCATGCGGTCGGTGGCCA21.0416666666666665No Hit
CAGTGGTATCAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTA10.5208333333333333No Hit
ACCGAGATCTACACTTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTTATAAAAAAGAAACC10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACTAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GCATGTGTCCATGCCTTGAGCGTGTCGGCCGTCGCCACATGCGCGGATTG10.5208333333333333No Hit
AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAGAGTTAGACTCGGTGTGATCTCCG10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 26bp)
CACCTACACGAAGAAAATCAGAAAACTGTAACAGTAACGGGAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
CCGCACCTGTAGTCCCAGCTTCTCAGGAGGATGAGGCTGGAGAATCACTT10.5208333333333333No Hit
CTTCCCTTGCCTCAGATTCTGTCGGTACCAGAGATCGGAAGAGCGTCGGT10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGCAAATTGCGCTTGTCGGCTATACAAAC10.5208333333333333No Hit
GATTTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GATCTCGGTGGTCGCCGTATCCCCATGTACTCTGCGTTGATACTGTCTCT10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 21bp)
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTT10.5208333333333333No Hit
GACCTCCTGTTTGCCACGCTGGACCCGATGACCAGAAAAATGGTCCTGCC10.5208333333333333No Hit
TCTACACTCTTTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAG10.5208333333333333No Hit
GTGTAGTGCGCCATATCATATCCAAGATAGTGTAGGACTCGTCGCATTGG10.5208333333333333No Hit
ACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAATGCGTTGA10.5208333333333333No Hit
ACACCATCACGACCTCGCGGCCGTCGCGCACGAGTTCCGCCAGCTGACGG10.5208333333333333No Hit
CAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAACCTTGG10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTG10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTC10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTATTAAAAACATGTA10.5208333333333333No Hit
GCTATGAAGAAGACCTCCTGTTTGCCACGCTGGACCCGATGACCAGAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGCCTTTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCG10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCTT10.5208333333333333Illumina Single End Adapter 1 (96% over 27bp)
CTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
TATTACGGCAGACTGAGCCGGCGCGCGGCGGGGAGTTCCCCCGCATCCGG10.5208333333333333No Hit
TCCCGATGCTGACGGCTTACAATAAACGTGATCAAAAACTGCCTGATTTT10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTGA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCCCC10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA10.5208333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TATCAACGCAGAGTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAATGATACGGCGACCACCGAGATCCTGTC10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 24bp)
CGTCAGATGTGTATAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTC10.5208333333333333No Hit
GATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
AACGCAGAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGACCCGATACCCCTGTCCAAGTTCTGCAGG10.5208333333333333No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTAAAACAAAG10.5208333333333333No Hit
GGAGGGTTCTTATCTGCCTAGTACGCGCGGGGCTCGAAAGGTACTAGGCC10.5208333333333333No Hit
GGCGGTGCGGATGGGCGTTTCCGACCTGTATCTGCAGACCGAAGCGCTGG10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAACTGTCTCTT10.5208333333333333No Hit
CAGTGACTGTGAGATGCCGTCTACGAGTGGCACGAATCGCACGGATGTTT10.5208333333333333No Hit
AAAATATTAGACTAATTAATTATTATTTTCAATATCTGAAACAATTTCTT10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGAA10.5208333333333333No Hit
TTTTATCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAACA10.5208333333333333No Hit
AACGCAGAGTACATGGGGCAGTGGTATCAACGCAGAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAACAGCGAA10.5208333333333333No Hit
TCCGTATACCAAGACGTCTAAGGGCGGTGTACACCCTTTTGAGCAATGAT10.5208333333333333No Hit
GGAGAGTTACGCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAA10.5208333333333333No Hit
GCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTT10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCATGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTTTATACCACTGCCCCA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACAACCCC10.5208333333333333No Hit
ACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAAATCCCAACCCACGA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACC10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTACCAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTATA10.5208333333333333No Hit
GCACCGAGATCTACACTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATATA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGG10.5208333333333333No Hit
TACCAGTACTGATTGCCGAGCAAATCTGTGAATGGCGACTATGCGCCTAG10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCGGTGGTAG10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTGACCAGT10.5208333333333333No Hit
CTCCATTATGGCCGTTATATGGAATCATTGGAGTGCCAGTAATTCTACCA10.5208333333333333No Hit
TTTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTAT10.5208333333333333No Hit
CCACCGAGATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGAAAAA10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 21bp)
TCCCTATCTAATTCACCTCCTATTAGGAGCCGATCGTGCTTGTGCGCCGG10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACA10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGGGATAGGTCTCAGAAAAACGAAATATAGGCTTACGGTAGGT10.5208333333333333No Hit
GTTCAACCGCCTGACGAGTGCTGACAGCTATGAAGAAGACCTCCTGTTTG10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGGAGTCTGCGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
AGTTACAGGTTAACAATTGCTTAACATTTCCCATGATTTTGGATTCTGAA10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGT10.5208333333333333No Hit
TATAGAGAGTGAGATACAGGATGAGCTATTTCAGGGAGTTATTCAGTATG10.5208333333333333No Hit
ACCGAGATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGCTGTCTCTT10.5208333333333333No Hit
GCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTTTAT10.5208333333333333No Hit
GTGGATGGTGGCGGCAAACGCCGCGCGGCGAAGTTTGGGGGCTATTCGTG10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTGA10.5208333333333333No Hit
GAATCGCTTCTTTAAAGGCTGCAGCGTCGTCCTCAAATTTCGCACTGACC10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGACGGCGACAGAGACTACTCTTCCTCACGACGCTCTTCCGAA10.5208333333333333No Hit
GTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGACTCGTGGCCCTGTCTCTTATACACATC10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 23bp)
GCAATCAATGTCGTCGGAAGATCCTGAATAAATCCTACTGTATCTGAAAG10.5208333333333333No Hit
GCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTAAACC10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGTGGCGACGGCAGCGTGGCGAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
ACCGAGATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACGGG10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCGTCC10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTTT10.5208333333333333No Hit
ACGCAGAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333Clontech SMART CDS Primer II A (95% over 22bp)
ATCATCTGCTTCAAGCTCCTCAAGCAGCCGAAGCACTGTTTTTTCATGTC10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGTCATCACACTGAATACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GAGATCTACACTTTTTTTTTTGTCGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTT10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTGT10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAG10.5208333333333333No Hit
GTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGTCCTCCCATGTACCTGTCT10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 31bp)
ATTCAGGATCTTCCGACGACATTGATTGCTGCATTCCGCTCAACGCTTGA10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGCGTTTAAAACACAT10.5208333333333333No Hit
GGGTTTTAAGTAATGATCGAGATTGAAAAACCAAAAATCGAAACGGTTGA10.5208333333333333No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT10.5208333333333333No Hit
GTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGT10.5208333333333333No Hit
CACCTACACAAAGAAAATCAGAAAACTGTATGAGAAACGGGAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAATATGCGAC10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGT10.5208333333333333No Hit
CTTTGGTCGCAATCCTGCGTAATCAACACCGCAACTTTACGTCGGATTAG10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTAAACACCC10.5208333333333333No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
ACCGAGATCTACACTTTTTTTTTCGTCGGCAGCGTCAGAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTATACCACCCC10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGGTGATACGGCGACCACCGAGATCCTGTC10.5208333333333333Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 22bp)
GTACATGGGAAGCTGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA10.5208333333333333No Hit
ATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAC10.5208333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
CTCATTGGTTTATACTTCAATATAAGCCTTGGTAGGGATAGATAGCCACC10.5208333333333333No Hit
CAGTGGTATCAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATA10.5208333333333333No Hit
CCCAGAGACGGGCGGAGGCTCTTAACCGTACGAGACAATCTCCCGGAATT10.5208333333333333No Hit
CCACGATACTCTTCCCAGCAACTCCGGTCCTTGCATCATGAGATCGGAAG10.5208333333333333No Hit
GCTTTCCACTGTCATTCGCCATAGAAGCCGATACCGTGAAAGAAGAAAGA10.5208333333333333No Hit
CCACTTCCTCGTTGCTCAGCGGGAACAGGACCACGTCGGGCTGGCCGGGG10.5208333333333333No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTT10.5208333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph