FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003650932

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003650932
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length146
%GC56

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGTCGACGTGCTGCTGCCCGACACCGACGCGCCGTTCTTCCGGCGGCTGC36.25No Hit
GAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCTCACGATCCTTCTGACCTTTTGGGT36.25No Hit
AGCTAATACATGCCGACGGGCGCTGACCCCCTTCGCGGGGGGGATGCGTG24.166666666666666No Hit
TCGTTCAGGTCCGCACCGGCATTTTCTTCGATATGGGCACGCCACAGATC24.166666666666666No Hit
CGCCTGGCGGGGGTGCGCGGGGTAGCCGTCCGTCGAGTCGTACCGGGCGA24.166666666666666No Hit
CGCTCGGAGTTGGTGCCTGTGTCGTGGTGAACGTCCAGTCTGCTGTGTAG24.166666666666666No Hit
AAACCAAACACCGCATATTCTCACTCATAGGTGGGAATATGCGGTGTTTG24.166666666666666No Hit
GCAAGGCGCTATGCCTATGTGCTGCTGCAATCGCCAGTGCGCCCCAGCGT24.166666666666666No Hit
GGCGACCACGTGATCTGCTCGCGCTCGGTGTTCGGCTCCACACTGAACCT24.166666666666666No Hit
GTACATGGGGAATAATTGCAATCCCCGATCCCCATCACGAATGGGGTTCA24.166666666666666No Hit
CCAGAGAGGATGTCCATTAATTTGTAAATATACTGAGACTTCATTTTGAA12.083333333333333No Hit
CTTGGAGATATGGTCGTCGCCCGCCACCGCGATCACGCCGCCGTACTCGG12.083333333333333No Hit
TCCTATCACAATCCAGCTGAGTAGATATTGATGGGGTCTTCTAATCCATC12.083333333333333No Hit
GATATAGCGGAGCGCTGCGTCTTGTTTCGGGTTTCCGAACCAGATCTTCT12.083333333333333No Hit
ACCTGGTGAAACCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATCTGCCAGGCGTGG12.083333333333333No Hit
CAATTAAGACACTGGTTATTCTACCGACACTCTTGACTGGAATGGCGTAT12.083333333333333No Hit
GCCACTACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC12.083333333333333No Hit
CTTCTGGCGCCAAGCGCCCGGCCGCGCGCCGGCCGGGCGCGACCCGCTCC12.083333333333333No Hit
GGGCTTGAGGGGGGATCAAGGCGTTCCGGGCGGGTGATGCGTTCCCCCTT12.083333333333333No Hit
CTTCGCCTTCATCATCACCGGCGTGCTGCTCGTGTGGGGCCTGTTCGAGG12.083333333333333No Hit
GTGCGGGCTGGTGGGCGGGGTCAGCGCCGCACCAGCGGCCGCTCTATACA12.083333333333333No Hit
GCCCTTGAAGACGGGACGAAAGGCGCGATCATCCGTGTCATGAACATGAC12.083333333333333No Hit
GGGGTGGATTGCTCAGTAGCGCCGGAAGCAAAAGGGCGAGGACAAGGAAT12.083333333333333No Hit
CCATTTGGCCTTAAGCAGTCCAAAAGTTCAACTGTGTGGAGTCCAGGAGT12.083333333333333No Hit
CCCCACCCCACAACAGTTCCCAGAGTGTGATATTCCCCTTCCTGTGTCCA12.083333333333333No Hit
GTCCAAATCTCCATTTGCAGATTCTACAAAAAGAGTGATTCCAATCTGCT12.083333333333333No Hit
GCCTGAAGGAAAGCCAAGTATCTTCTCCGTACCATAACTGAAGAGTACAA12.083333333333333No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTGGAATCTGCAAGTGGATATTTGGATCGCTTTG12.083333333333333No Hit
ACGATGGCGCGTGTGCGCGGGCGCATATTGTCGCGGATCAGTTCGATACG12.083333333333333No Hit
GGTGATTTTTCTCGAATATGCGGTGGATGTGGCCCAGGCCTGCCGGGAGG12.083333333333333No Hit
GCTTTTTATCCCTTAATTGAAATGGACCTAATAAAGGACTAGATTCAAGG12.083333333333333No Hit
GCCCCAGAAATTTTCACATGAACTAAATGACAGACTTAAAGAATTGGGAA12.083333333333333No Hit
GAGTAGGTCAGCAAAAAAACATGTGAGCAAAAGAATCTGTGTCATAATTA12.083333333333333No Hit
ATATACATATAAGCAGTTTGGGCCTGCGAATTCGCGGGTTTTGGCGATTA12.083333333333333No Hit
GTGGTAACTTTTCTGACACCTCCTGCTTAAAACCCAAAAGGTCAGAAGGA12.083333333333333No Hit
GGTTTAGAATCTCAGGAATCCCATTCTCACTGAATAATTAAACTGGGAGA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)