FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003655329

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003655329
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTC48.333333333333332No Hit
TTCAAGATTGAGTTGTTTTTGCCTCCACTGCTAGCTAGAGGGTAAATGGA24.166666666666666No Hit
ATCCGAGGCCAACCGAGGCTCCGCGGCGCTGCCGTATCGTTCCGCCTGGG24.166666666666666No Hit
CTTCCAGACTGGTGATAGCACTGAGACAGGAAGAATGAAGAGACAGCCAG24.166666666666666No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA12.083333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TTTTGCAGGTATTTTATCCCACATTATGGCTTGCATTTTCATGTTTTTAG12.083333333333333No Hit
TTTCAGACGAAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAATACAGTGGCGCAAT12.083333333333333No Hit
GCTCGTGGTCGCGCTGTCGGAGCTCGGCGTGGTCAAAGTTGCGCAGTCGA12.083333333333333No Hit
GGCTGGGCTCGATGGTGATCACGTCGGCGTCCATCGCCGCGATCTCCGGC12.083333333333333No Hit
CGGTCTACACGGGAGTTTGTTTAAAAATTGCGGTAAAATATACACAACAT12.083333333333333No Hit
CCTTCGGTGCGATCGAGCAGACGGTGCGCCCGCTGATCGCCTCCATGCCG12.083333333333333No Hit
GAACTACGACGGTATCTGATCGTCTTCGAACCTCCGACTTTCGTTCTTGA12.083333333333333No Hit
GGGTGGAAGTTCCACTTTTAAGATGATATCTTCTTTTGCATGCCTAGCAA12.083333333333333No Hit
ATCAATCTGTCAATCCTGTCCGTGTCCGGGCCGGGTGAGGTTTCCCGTGG12.083333333333333No Hit
GCGTTATTCCCATGACCCGCCGGGCAGCTTCCGGGAAATCAAAGTCTTTG12.083333333333333No Hit
TTACAGGGCCTCGAAAGAGTCCTGTATTGTTATTTTTCGTCACTACCTCC12.083333333333333No Hit
TCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGA12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGGCGACGCCCTGGTCTTCATGGACGACGCCACCTACGAGCAGCTCGACC12.083333333333333No Hit
GTTTAATTGGCTTTCCCGAAGTTTTACAGTTAGCAGCCAGAGCCAAGTTT12.083333333333333No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAAGGGAAGC12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCGACAAGGAAGGAAAGGTATAACATTTCTCATATTTAATTGCATATACT12.083333333333333No Hit
GCTGCATGACCCGGAGAGGAGCTGGTGTTCTAGTTTGAGAGTTGTGCATC12.083333333333333No Hit
AATTTGACCCAACACGGGAAACCTCACCCGGCCCGGACACGGACAGGATT12.083333333333333No Hit
GCGTAGGGTAGGCACACGCTGAGCCAGTCAGTGTAGCGCGCGTGCAGCCC12.083333333333333No Hit
TGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATG12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAACACGGAGCATGTGATTGAGGCCCTGCGCAGGGCCAAGTTCAAGTTTC12.083333333333333No Hit
GTCTCGAACACCTAAGCTCAAGGGTTCCTCCCGCCTCAGCCTCCCTGAGT12.083333333333333No Hit
CAAGAAGAATAAGCTAAATAAGGGAGGACTGGCTTATAAATGATACTCTC12.083333333333333No Hit
ACTTACAACAGCTCTGCATGATAGGGATAATATTCCTATGTTATGGATGG12.083333333333333No Hit
GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCTCACGATCCTTCTGACCTTTT12.083333333333333No Hit
GGTCCGACGACGGCACCGGCACCGGGAAGTGGGACTGCGGCGACACCAAA12.083333333333333No Hit
GCTAAGGGGAGTCTCCGTCATCTCAAATCATTGGGTCAAATGACAGAAAT12.083333333333333No Hit
GAATCGAGAAAGAGCTATCAATCTGTCAATCCTGTCCGTGTCCGGGCCGG12.083333333333333No Hit
CCGTAACACGATCATTTTCCTTATCGCTTCCGCCTTGTTCCGCGACGGGC12.083333333333333No Hit
AAACAGATAATGCCTCAAGGAAGCAAATTTAGACTGTCAACACTATTCTT12.083333333333333No Hit
CTTCCGCTCCGACCTGGGTGTCAAGCCCTCACAGAAGGTGCCGGCCCGCG12.083333333333333No Hit
CTCGGGGGTCGCGTAACTAGTTAGCATGCCAGAGTCTCGTTCGTTATCGG12.083333333333333No Hit
AGGCAGGGCTTTGCCATGTTGGCCAGGCTAGTCTTGAGCTCCTGGCCTCA12.083333333333333No Hit
GCTTCGAACCTCCGACTTTCGTTCTTGATTAATGAAAACATTCTTGGCAA12.083333333333333No Hit
TAGGAAGAGCCGACATCGAAGGATCAAAAAGCGACGTCGCTATGAACGCT12.083333333333333No Hit
CCTGTGGTATGGCCTGCTCGCTGCTGTTCCCGGCCTGGGTGGTCCCGGAC12.083333333333333No Hit
GCGAGCTGCGGTCGCTGGGCTGGAAGATACATTCGCGCTGCTGTTCGGCG12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)