FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003655330

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003655330
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCACGGATCCCATCCCCTGAGAAGAGCTGTAGATTACCATAGTGCCGTTA48.333333333333332No Hit
GTTTTACCCTACTGATGATGTGTTGTTGCCATGGTAATCCTGCTCAGTAC24.166666666666666No Hit
CACGTAGGTTCTTTTCTAGACTCCCTGAATCTGCACATCACCTGCATGCC24.166666666666666No Hit
GGTTTCCAACCGCTCAGTAGGCTCCAAAAGTTCCAATCAGGCTGAATTTT24.166666666666666No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA12.083333333333333Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CTTGGTGACCCAGACCTCCATATTTTTGGACTTCATTCAGTTTATTTCTA12.083333333333333No Hit
CATGATGAAACGCTGGACCCTCCTCGCGTCTGTCCTCTCGCTGTGTGCCC12.083333333333333No Hit
GATATCATCTGTTTCTTTCAGGCCTAGTCTCCATTTTAATTTACTTTAAC12.083333333333333No Hit
GGCCACATGGGCTTTTTCAGATTACATAAAGAAATACGTGGTCAGCCACC12.083333333333333No Hit
GCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTG12.083333333333333No Hit
GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCAC12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGAGGTGTCGACGATGATGCGTTCACCGGCCGACATGTAGGGCGGGATCA12.083333333333333No Hit
GTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACTGAGGCCATGATTAAGAGGGACGGC12.083333333333333No Hit
CCTCCGGCACGGGGGTGATCTCCGGCTCGACGTCGGTGAGCGGGCCCTCG12.083333333333333No Hit
GACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAG12.083333333333333No Hit
CGTAACTAGTTAGCATGCCAGAGTCTCGTTCGTTATCGGAATTAACCAGA12.083333333333333No Hit
CGTCCCCGCCCCTTGCCTCTCGGCGCCCCCTCGATGCTCTTAGCTGAGTG12.083333333333333No Hit
CATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATAC12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGC12.083333333333333Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAAGAGCCGACATCGAAGGATCAAAAAGCGACGTCGCTATGAACGCTTGG12.083333333333333No Hit
TCCAAATCTAGATCATAAATAATGGTATAACTTCTACCTGGTTCTCTCTG12.083333333333333No Hit
AAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCCGAGCCGCCTGGATACCGCAGCTAGG12.083333333333333No Hit
GTGCGTAGACGAACCGTCCCACGCCCGCGAGGATTACCAGGCCGACGATG12.083333333333333No Hit
TAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCC12.083333333333333No Hit
GTACTGCGCGCCGAAATAGACGCCGTCGCACAGGTCGGCGCCCAGCTCGT12.083333333333333No Hit
TCCCAGGGTCTCCAGCTCCATGACCCTCAAACTAGAATAACATCAGCTCC12.083333333333333No Hit
GGCAGAACCAGCGTGGCCGATGAAAACACCCATACCGCACGCTGACAACA12.083333333333333No Hit
TGCGAGCAGATCGCATGGGCGATACGCGACGAGGTGGTCGACCTCGAAAG12.083333333333333No Hit
CCTCCAGTGAGGGCAGGCAGGCTTTCTCAGAACCCGCACTGAGCCAGGCA12.083333333333333No Hit
CCACTGAGGAAGTGGGATAGTAGAAACAACAGAAGGCCCCTGGAGTCAGC12.083333333333333No Hit
GTATTAAGAGGGGGGCAGCACATTGGAAGCCCTCATGAGTGCAGGGCCCG12.083333333333333No Hit
CCTTTGCTTTGTCCAAGTAACCTCCTCCCACACAGAGTACCCGAATCAGC12.083333333333333No Hit
TTCCGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTC12.083333333333333No Hit
CGCCCCCCCGCCTCACCGGGTCAGTGAAAAAACGATCAGAGTGGGGAGTT12.083333333333333No Hit
ATCAGATACCGTCGTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGACCGGCGATGCG12.083333333333333No Hit
AGCCATGATTCCCAAGGGTGCGCTAGCTGTGGCAGTGGCCCAGGTGTGCC12.083333333333333No Hit
AGTTTATCATGAACAAACACTTCCAGTTTGCGGGCATCAATGATGAAAGT12.083333333333333No Hit
ATGTATTACTATGCAAATGGTCTTACAGGGCTAAAATCAAGGTGTTGGTA12.083333333333333No Hit
GTTCAAACTCTTCGCTAGCCACTTATGCCTCCGGCAGCTGTTCCAGGCGT12.083333333333333No Hit
GATCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT12.083333333333333No Hit
GTACAAAATAACAGGTTAGAAAGAGAAAGCAGGTAGCTGAGTCATAAAAT12.083333333333333No Hit
GAAGATAACATGGGAGAAAAAAATCATAGTGACATTTGCTTAGGGAAAGA12.083333333333333No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)