FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003655337

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003655337
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GAGTTCACCATGTTTTTTTTTTTTTAAGTATAAACTGTACAAACATGATT213.333333333333334No Hit
GACATAAAAGGATGACTAGGGAGTACAGTGCCAAGGAAGTCAAGAGAAGC16.666666666666667No Hit
GTTTGTGTTGATATGAGCATAGAACAGAAGTTACCAAGAAAGCCTAAAAC16.666666666666667No Hit
CAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTTTCCAGCACCTGTTGTT16.666666666666667No Hit
GCCTAGAGTGCAATGGCATAATCTCAGTTCACTGCAACCTCTGCCTCCCG16.666666666666667No Hit
TGCTCGAACTCCGCGATCGCAGCCAGCATATGGAAGAACAACCGGCCACC16.666666666666667No Hit
CTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGC16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTTTATAGTTGTTTGCAAGAGGGTCAGTTGGATAGGAATATTACCACGAA16.666666666666667No Hit
GTCTCAGTCATCAGTATCAATGAAAACACTGGGATGATCATCGTCAAGAA16.666666666666667No Hit
TCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGA16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TTTCAAGGCGGCCGAGGAGGCCAAGCCGAACCCCTTTGCCGTGCTCGGCG16.666666666666667No Hit
GAAGTACTGGTGGCAGGATATAAAGTGGGCTAGAGATGCAGAGCAATGGA16.666666666666667No Hit
ATATTGCGGAAAAATACGGCAAAGACACCTTCCTGATGATTGATAAGTTA16.666666666666667No Hit
GTCCGTGGCCAATCAGTGGGTGATGCGCTTCATGACCGAGGCCAAGATGC16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)