FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003655338

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003655338
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC53

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AGGCGGTGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGGCCTCA213.333333333333334No Hit
CTTCCGGCTTGCGCGAACGCAACGCGCCGAGCACGGCAAAGGGGTTCGGC16.666666666666667No Hit
ATCTTATCAACGCAGAGAGATAGAGAAAACAGTAGAAAAAATCAATGAAA16.666666666666667No Hit
CTACCAAGAGTGTATCAGGCCAGATAAAGTGGCTCACACCTGTAATCTCA16.666666666666667No Hit
GGTCCAGCTTGGCCTCGTCCTTGAGTTCCTTCTTTTCCTTCTTGCCCGGC16.666666666666667No Hit
GCTCATCTCACTCAGTGGTGCCCTGACATCCACCTTCCATCCTAAGCCAG16.666666666666667No Hit
GCTCGAGGAGGGGACGCAAGAGTCAGCCCGCGATGCCATGCGGGACCGCC16.666666666666667No Hit
CCCCTGGACCCACAGAAAGCCAGGACTCCTCCTGGTGGGATTCTGACTGA16.666666666666667No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAT16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TCCGGCACCCTGGCGAAGAGGCCGGCGCTGACGGATGCCCTCGGGTATCT16.666666666666667No Hit
GTACTGAGCTTCCCTCTGCCATCACCGTTGCACCACCAGATGAATAAGGA16.666666666666667No Hit
GATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CATCATCACAGGCCACCAGAGAAATGCAAATCAAAACTACAATGAGATAC16.666666666666667No Hit
GACAAAGAAATCGCCTTCGGCCTGTTTGAAATAATCCACCAGCCACGATT16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)