FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003658245

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003658245
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC60

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCAGCGGACAGGCATGACAAACAAGAATTGGTTTACCGATCTTGAGTTCG34.0No Hit
GCATGGAAGCGTTGGAGGGGGCAGTCTTGGTGGCGCCCACGGGGGACACG22.666666666666667No Hit
CGTCACAACACGTCGCTGATAGGTTCTTGGGCATCCCCTCCCCCGCTGGA22.666666666666667No Hit
CACGCATGAAGACGTGCGCCGCCTGATCCGCTCCATGGGGATGAAGTCGA22.666666666666667No Hit
CCCATGATCTCACCTTGGCAATTCACATGCGCGACGCCCGTAATGGCGGT22.666666666666667No Hit
ATCCTGCAGGTGATCTTCTTCGCCGGCCTGCTGGGCTTTGCCCTGGTCAA22.666666666666667No Hit
GCTGTCGGGATTTCTGCTCATTGGCTTGGCCGCGCTGCTACTGCTGGAAG22.666666666666667No Hit
CTCCTCGTCCGAGAAGGGGGCGTCGCGATCGCAGACTAGCTCGCCGACCT22.666666666666667No Hit
TCTCCGCGTGGCGCCTTTGCCGACGCAGACGTTTCAGTTTCTTCAGGTCG22.666666666666667No Hit
TCGTAGAGGTCAACCTGGGCGGCACCGCCATCGGCACTCGGATCAACACT22.666666666666667No Hit
GAACAGTGGTCCTCCACCTCCTCCCTGACACCTTGGGAAGATGACTTCCC22.666666666666667No Hit
GGATCTCCGACCCGCGCGTCCTGGAGGCGATGGGAACCGTCCCGCGGGAG22.666666666666667No Hit
GTCACTTTCAGGTACACCAATCAGATGTAGATTTGGTCTTTTCACATAGT22.666666666666667No Hit
CTGCTGATACCCTCCCCCATGGCCCTTGGCATATCGTGTTAGGTGATTTC22.666666666666667No Hit
GGCACGTTTCGTTCGACCGGCCCTACATGACCACAGGCTTGCCCACTGGC22.666666666666667No Hit
GGAGAAGTTCGCCCGGTCAAACCTGCGGTGGATGTGGACCGAGATGAAGG11.3333333333333335No Hit
CCACAATACCGGCGGCCACATTGGATAAATAACAGGCCTCTTCAAAACTA11.3333333333333335No Hit
GAGGACAAGAGCACCTCGAGGCTGCTATATCCGCCTATCGGCAGGCGATC11.3333333333333335No Hit
GGCGTACTGGCCGTCGGTGGTGTCGGTGCGCAGCGCCGGCAGCTGGTCCC11.3333333333333335No Hit
ATAATGAAGACGGACAAAAGTCCAGAAGGTACATGATTGGCAGAAACAAC11.3333333333333335No Hit
GTTCAAGCCGGAGCGCGACGGGCTGTTTTGCGCCAAGATCTTCGGCCCCA11.3333333333333335No Hit
GACTGACTCCCCGCTCTGGTATTCAAGCCCGAGATGGCCAGCGGTCTGCC11.3333333333333335No Hit
ATCCCAGCCCGGCCTGGGGTTGGAATTCCGGCCGTTCGCCAAAGAAGAAC11.3333333333333335No Hit
GCCCGTACGTTCTCACCAAATGGGGCACATGGCAGGCTCCTCTCTCGCCC11.3333333333333335No Hit
GTTATATCCCGCCGTTAACCACCATCAAACAGGATTTTCGCCTGCTGGGG11.3333333333333335No Hit
GTGCTCGAGGTGATCGAGGTGCAGACCGGCGGCTATCTCGGCGAAGACGA11.3333333333333335No Hit
TCGAATGAACTGGGTCGTCTCATATTGAAACGCAGCACCTGAGAAACAGG11.3333333333333335No Hit
ACCAGTACGCGGTCGACCAGGCCGGCGGCCAGCAGCGCGCGGATCAGCGT11.3333333333333335No Hit
GGCCTGTTCCGCACGATTCACGAGTACTGGGGGACGTTAGCCAGGATGGG11.3333333333333335No Hit
GGGCATCGGGCGTGCAGCCGCAGACGATCGCCTTGCTCGAGGCGATGCTC11.3333333333333335No Hit
GTCCCTGAGGGTCTGCTCTGCTACGGGTCTGCCCTTGAGTGGCCTTCCGT11.3333333333333335No Hit
CCTCTGGACGTTCGTGACGGGAAGCTCGGTCAGCGTTGGTTCTTCGCGTA11.3333333333333335No Hit
GGTCATCAGCAACCGTGCGATTGAGTTGGCCGGTGGCGAACGCGGGTCGA11.3333333333333335No Hit
GGACTGGATGTCGATATCTTTCTGCAACTGCCGAAAACTCGCTGGACCTC11.3333333333333335No Hit
GTGTGTACGGCGTCGGCAGGTAGCGCCGACTACTACCACACGTCCCGTAC11.3333333333333335No Hit
TCCAGCAGCTGTTCGCCGAGCTCGCCGTGACCCTGGTGCCGCAGTCGGCG11.3333333333333335No Hit
ACGTAGCAGTGATCCTCAGAATGCCGTTCCTGCCTGTCTTTGTGTTCTTG11.3333333333333335No Hit
GCTCGATGTTCTCCACCGTCTCGGCGAAGCCGCCGGCCGTCTCGCCCGGT11.3333333333333335No Hit
CTGCAGAAGGGTCTCGCCGGTGTTGCCCTTCCGGGTCGATGCCTTCTTGT11.3333333333333335No Hit
ATCGTCATCAACGCCGCCGGGTCCATGCCGGGCGACCTCCAGGCGCTGTG11.3333333333333335No Hit
GGGTGAGGCGAAGCTGGTCACGCTTTCGGGGGGCAATGTCGACGCCGAGC11.3333333333333335No Hit
CCAGAAGCTCATGCGGATCTCGACGAGCCTCGGCCTGGGGGCCTCCGCCA11.3333333333333335No Hit
CATCAACGGCGTGGAGTAGGTCATGTTCGCCTCCCCCATCTGTCGTGCGA11.3333333333333335No Hit
GTCCTCCTCGACGTCGACCACGGCCCGCATCCGGATCGCGCCCCGACCCG11.3333333333333335No Hit
CGCCCGGACGGCCCCCACGAGACCTTCCGACTTCATCTTCGCCTCCGCGT11.3333333333333335No Hit
CTGGAAGCCCGTGACCTGGTCGCGGCCGTCGACGGTGGTGATGCAGGTCT11.3333333333333335No Hit
CAAAGACCCTGCTGATAAAACAGGATGCAATAAAGAAGCCAGCCAGAAGC11.3333333333333335No Hit
GTAAGGTCCCGCTCAACGAGATCACTTCTCAGGCAACCTATAAAAGTGGC11.3333333333333335No Hit
GTCCTCGTCCACGTCGACCTCGTTGAAGCCGCCCTGGAGGAGGTTCACGC11.3333333333333335No Hit
GGGTTGGTCACCGCGATGAGCACGCCGCCCACGATCAGGGCGAGCACGAC11.3333333333333335No Hit
GTTGCGCTTCTTCCGACTCACCGTGGTGGACTCCGATCAACGCCGTAAGC11.3333333333333335No Hit
CCATTTCTCCCTTTATGTTCTCCTTGAAAGAGTTGCCTTTGCTCTGTATC11.3333333333333335No Hit
ACAGTGCATCGCGCGCTGGACGGCAGTGCATCTCACAGACTGCCGAACAG11.3333333333333335No Hit
CGACCACGCCCCGGCGCAGGCACGCCAGCGCGTGCCGCTCCACCCGCTTC11.3333333333333335No Hit
CGCACCCGACGCCCGGCTTCGGCGGGGGTCAGGCTCACGAGCTCGAGCAT11.3333333333333335No Hit
GCCGGAGACCGTCACCACCGCGCCGCGCGGCGTGTTGCCGCTGGAGCCGG11.3333333333333335No Hit
CTTGAGGAGGCAGTCTGCCCGTTCTCAGATCTCCAGCTGCGTGCTGGGAG11.3333333333333335No Hit
GCCCGTACGTTCACACCAAATGGGGCACATGGCAGGCTCCTCTCTCGCCC11.3333333333333335No Hit
GCATAGGCGATGCCAAGTCCTCCCTTGCGTGCCCCCAGGAAGATGAATAG11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)