FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003659745

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003659745
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences120
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA86.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC65.0Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT65.0Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGC43.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TTACCTAGGCTGGAGTGCAATGACGCAATCTCCTCCACCTCCTGGGTTCC32.5No Hit
TCTCCCTGTTGCAGCAAGGAGAAGATCCCTGGGAGGTGGAGAAAGACAGT21.6666666666666667No Hit
ATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACC21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ATGTAGTAGAGCGGCACCTCGCCACACAGGGTGCTCACGGCCATGCCCAG21.6666666666666667No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGG21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGT21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTACCGGCAAGTAGGTCCAGACAAATTAGCGTGGCGCGTCTTAACCGTC21.6666666666666667No Hit
TCTGAGAATGCTTCTGTCTAGATTTGATCTGAAGACAATCCCGTTTCCAA21.6666666666666667No Hit
TATTTTCTGAGAGCACCGTGACTACATGAACAGCCAAACAAGTAACATAA21.6666666666666667No Hit
CAGTGGTATCAACGCCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA21.6666666666666667No Hit
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTACTCTGCGTT21.6666666666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
ATCTAGATATGTTCAAACATGCTTCCCAGTAGGGAGATCCACTGCCCTTC10.8333333333333334No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGATGGCCGGGCGCGGTGGCTCACTCCTG10.8333333333333334No Hit
GAGGGGCCAGTCTAACTAGGTGTGTTTGGGCACTGCCTCCCCCAGCAGAC10.8333333333333334No Hit
TTCGCTCCACAGTCCTCAGCTTGGATTGGCATCCCAACAACGTTTTGCTG10.8333333333333334No Hit
GTACATGGGTGACATGCTGTCTCCTGCCAGCGGCTCCTGACTCCTGTTCT10.8333333333333334No Hit
GTGCAGGAGGGCGCCCTCACCAGCCCCGTCTTCAGCGTCTACCTCAGCAA10.8333333333333334No Hit
ATTGATCTGCAAGCCGTTGCACTTCACCTGCGCGTGGCGATGCCAGTCAA10.8333333333333334No Hit
GCTTAGACGTAGGCACTGCGGGCTTGGCCTGGAAGTTGTGGACTTTTCTA10.8333333333333334No Hit
TCTTTATCCATTCAGGACATTTGGGTTACTTTCACCTTTTGGTTATTGTA10.8333333333333334No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTTATA10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTGTGCGTTGATACCACTGCTTCC10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (96% over 25bp)
CTGTTATTGCTCAATCTCGGGTGGCTGAACGCCACTTGTCCCTCTAAGAA10.8333333333333334No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (100% over 23bp)
TCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGCCGCAGCCGCGTGAGCGCGCCCTCGCGGATGGCCGCGTCCAGCGGCAG10.8333333333333334No Hit
TTCTTTCACTGGATGAAAACGTAACTGTGCTGGACTTAAGGAGATATGGT10.8333333333333334No Hit
CGGGGGTAGGAAATCCTCCAGGATCTTAGGAAATTTCACTCCGCTTCTCC10.8333333333333334No Hit
GCACAGGAAATTGCCAATTATTTGCCAAATGAACGTATTGTTCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
CATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATAC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGA10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTTGTTCAGGCTGGTCCTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCTGCCTCTG10.8333333333333334No Hit
GACTTTCTATTTTATAGCCTTCTATTCAGTCCACTGACCAAATACAAGCA10.8333333333333334No Hit
GAGGAATTCGGCAAATTGGGGGTGACGTTCAAGATGTACTTGATGCCGAA10.8333333333333334No Hit
GTCATACACCACGAGGCCAGTGGAGCCGATGGAGAAGGTGGCAGTGGTAA10.8333333333333334No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCACTTTCAGATTCCACAAAAAGAGTGTTTCAAAACTGCTCTGTAAAAAG10.8333333333333334No Hit
AATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGT10.8333333333333334No Hit
GAGCATTCCATCTGGAAGTTGTGGACTTTTCTAGTGAGAGCCTCAAGACT10.8333333333333334No Hit
TCCCAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
AGCTCTCAGCCTGTGAAGCTTCTGCTCCTGAAGGCTTTGGGCATCGAAAG10.8333333333333334No Hit
CTGCAGATGAGCGTATTCTGGTTATACGGAAGGATTTGGGCAACATTATT10.8333333333333334No Hit
AATATCACAACTGACATTCCCACCAGAGTAATATAAAAAACCCAATTGAA10.8333333333333334No Hit
GCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGA10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 23bp)
GGAGCAGTGTTATCAACGCAGAGTACATGGGTACATGGGAAGCAGTGGTA10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 22bp)
TACTTCAGTAGTGCTTTAGAATGTGTTAGTATATTGGTGAGTTTTTTTTG10.8333333333333334No Hit
GTCTTTCTATTTTATAGCCTTCTATTCAGTCCACTGACCAAATACAAGCA10.8333333333333334No Hit
GAGTTGAAAGTAGGTCTTCATTTTGCAGTCATCATCTGTACGAATTCTTC10.8333333333333334No Hit
TCTCAGAGATGAATGCGTCAATAACCTCCTTCATAGCCAAGTTGGGGATG10.8333333333333334No Hit
AATTTCTCAACTGTCCTTCCCACCAGAGTTATTTAATAAACCCAATGGAA10.8333333333333334No Hit
CCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAAC10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GAATGCTAGACGGAAGAATTCTCAGTAAATTCTTTGTGTTGTGTGCATTC10.8333333333333334No Hit
GTGTGGACGAGGAAGTAGTCGTTGACGACGCCGTCATAGCCGTCCGCACG10.8333333333333334No Hit
AATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCTCACGATCCTTCTGACCTTTTGGGTT10.8333333333333334No Hit
GCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TTGTGGGAGCCCTGCTCATGGGTCTCCACATGAGCCAGAAACACACGGAG10.8333333333333334No Hit
GTAGTAAGATGACTTTCTTTCAGGTTTCAGGGAAGGGGTTCCAGATAGCC10.8333333333333334No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAT10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATTCTAAACCATACAGTATGAAAATTATTAGCATAGCATATAAGATAATT10.8333333333333334No Hit
GATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTGCCCAGTGCACCTGAAACGCCTTCTTATCGTGGTGGTGGTGGTGGTC10.8333333333333334No Hit
TACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTAC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCACCCACGGAATCGAGAAAGAGCTA10.8333333333333334No Hit
GCAAAGAGCAAGGTTGCTTTCAACCTTGGAAGAGACCTTTAGTTTCTGTC10.8333333333333334No Hit
GTATACACAGCCCAGGAGAACTAGTTCTGTAGATTATGCCGTTTTAGGCA10.8333333333333334No Hit
CAGCATAGGCCCCAAGGAGCTCAAAATGTCCACTGCCAGATAGTACGAGA10.8333333333333334No Hit
GGACATGGATGGCCCTGTTTTCAGAGAACGTTCTCTTGCTGTCTATTAAG10.8333333333333334No Hit
GTTTAATTCACTTGTACCTGTGGTAAAATTGAGCAACATATCAAATTCTC10.8333333333333334No Hit
ACATAGCGCCACAGATTGCCAGTAGCACCACCACCATCTTCCAGTGTTTT10.8333333333333334No Hit
GCAAGGAGGGAGCTGAGGGTGGAGGCAATGGGGCAGGGGCTGGAGGCTCA10.8333333333333334No Hit
CTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTCAAGATAATCTTTTCAGCATTTATGTATAACTAAGTTAGCTGAAGAC10.8333333333333334No Hit
GTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTATC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
CACCACATCAATTCTACTGAAACTATTTCAAAACATCAAGTAGAAGGGAC10.8333333333333334No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
AAAATACCTTGTACAATTGCTAAAATGGTCACCTGAAAAATATATAATGT10.8333333333333334No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTGTTTTAAAAAA10.8333333333333334No Hit
GGTCTATACTGAATTTCCCAGCTGCCATCCTTCTGGTATGGGATCTCCAA10.8333333333333334No Hit
ACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAA10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (95% over 21bp)
TATAAAATGAGTGCTATAAAAATTTACAATATAATCACACTTTTTAAAAA10.8333333333333334No Hit
ATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTAC10.8333333333333334Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
CAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT10.8333333333333334No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph