FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003659746

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003659746
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences120
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC48

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA54.166666666666666Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT54.166666666666666Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACG43.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGT43.3333333333333335Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGG32.5Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGCCCAGCCTGACCAACATAGTGAAACCCC32.5No Hit
CACAGACACTCAGGTGATGGGACGTGCTGGATTGTTGTACGACGGTTAAG21.6666666666666667No Hit
CTTCTATCTACAGTAAGGATTTTTGTATGGGCAACTGAAATTATTTGTAA21.6666666666666667No Hit
GCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC21.6666666666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAG21.6666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TGGTGATTGTGGGAGCCCTGCTCATGGGTCTCCACATGAGCCAGAAACAC21.6666666666666667No Hit
GTTCTGAGAAACATCTTTGTGATGTTTGTATTCAGGACACAGAGTTGAAC21.6666666666666667No Hit
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGG21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TTATATATCATGTTCACTTTAAGAAAGACTTCGTAAGTAGGAGATGAGTT21.6666666666666667No Hit
CTACTACTTAAGGCAATGGAGATGTTAAGCTGGGGAGTAAGATTTTGAAG21.6666666666666667No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAT21.6666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTG21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAA21.6666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTACATGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTATC21.6666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 25bp)
ATTTACAATAACCAAAAGGTGAAAGTAACCCAAATGTCCTGAATGGATAA10.8333333333333334No Hit
CTTTAGAATTCCCTATACTTTATCTGGAAAGTCCTCCTTTCCTTGAATTC10.8333333333333334No Hit
ATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACAATGGGAAGCAGTGGTATCA10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCCTCCAAAACTGTGAGAAATAAATGTCTGTTGTTTAAGCCACCCAGTCT10.8333333333333334No Hit
GTTCTATTTCCCTTCATGGTGGTACTTTATATTAGGTAATAAAAAATGAT10.8333333333333334No Hit
CTCTTGGGCTCAAGCGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTATTGGGAT10.8333333333333334No Hit
AATCTAGACGGCTCGTGTAGCAGCAGCTCGCCGCCGTTGCCAGTGCTGGG10.8333333333333334No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGAAGCAGTGGTAT10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
TGTCAGCTGTTCATATAGCCATTCATCATAAGCATTATAAAACTGTAGAA10.8333333333333334No Hit
ATTCTTTGTGTCTTCAGTGTTGGCTTGTTTTAGCTGATCCATCTGTAACA10.8333333333333334No Hit
TTCCATGGCAGACATGTTGCGTTGGATGCTCTGTTTTGGAATATCTAACT10.8333333333333334No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (100% over 23bp)
TCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCATGTACTCTGCGTTGATA10.8333333333333334Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCATTTCTA10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
AATTGAGAATTCAGTCCCAGGAAGGGTCTCTCTGCCCCACAGACTGTGGT10.8333333333333334No Hit
TCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGA10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CTCGTCGTCGACGCCGACCCGCCCCACGTCTGGCACCAGGAGCTCGCTGC10.8333333333333334No Hit
CTATTAGTGGGTGAACAATCCAACGCTTGGTGAATTCTGCTTCACAATGA10.8333333333333334No Hit
CACAAAAGTTCATTGCAAGGATCCTTAGCGATAAATACATGAGTTAAAAC10.8333333333333334No Hit
AGGTTGCAACGAGCCAAGACTGTGCCACTGCACTCCAGCCTAGGCAACAG10.8333333333333334No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTGTTTG10.8333333333333334No Hit
TCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCC10.8333333333333334No Hit
ACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGT10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCCACTCGCGTTGCTGCACGGATTGTTTTAAGAAAATGGCAGACAAACCA10.8333333333333334No Hit
TTCCAGTACTGTGTTGAATAGGAGTTGTGAGTGTGGACATCTTCAAGTTC10.8333333333333334No Hit
CAATTAAAATAACCCGAAGCAAAAGCACCAAGCAGCCAACAGAGGTTCAG10.8333333333333334No Hit
CTATTAATTGAGCCGGTAGCTAAAGCTCCCAGCAGCCACCAGAGGTTCAG10.8333333333333334No Hit
ATGCCTGCAATAAAGCTCTGCTACAGCAAATACTTGATTTTGAAAAGGTG10.8333333333333334No Hit
TTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAAGAGGAAGGTGAGTGTGTGTCGCTTGCTGCCGATGGCTGGCAGGTGCT10.8333333333333334No Hit
GTGATGTTTGCATTCAACTCATAGAGTTGAACACTTCCCTTCATACAGCA10.8333333333333334No Hit
TAGCAATGTTGGCCCACCTGCTCCCTGAAAGAAAAGTGTTCGGAGCTGGT10.8333333333333334No Hit
GCCTGGCCCTGAGTGAGCACCTGGTTACCACTGCCACCTTCTCCATCGGC10.8333333333333334No Hit
AACAATACGTTCATTTGGCAAATAATTGGCAATTTCCTGTGCCTGTCTCT10.8333333333333334No Hit
GGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTAAAAACG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAAC10.8333333333333334Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTAAAAA10.8333333333333334No Hit
GTACATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTCCCATGTACTCTGCGTTGAT10.8333333333333334Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 25bp)
CTACTCCGCAGCTCCCCGGGGCCGATTTGGCATTCCCTGCTGCCCAGTGC10.8333333333333334No Hit
GCTTCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTCCCATGTACTCTGCGTTG10.8333333333333334Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 25bp)
NTGATGGTAATGGCACCATTGACTTCCCCGAATTTTTGACTATGATGGCT10.8333333333333334No Hit
GCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAG10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTGCCAGGGGCTGGCTTGTAGGCGATCAGCAGCTGCTGGTAGTCATACAC10.8333333333333334No Hit
TGACAGTCACCAAACAGCACACAATATGACCTCCTGGCATCATTGAGGAA10.8333333333333334No Hit
CGGGAAACCTCACCCGGCCCGGACACGGACAGGATTGACAGATTGATAGC10.8333333333333334No Hit
TTACTGTCATGGTCTTTGAAAGAACCATTAAAATCATAGAAAATTTAATT10.8333333333333334No Hit
TAACAGCTCTTTCAAAACTGAACTAAATATTCAAAAATATTCTTTTAATC10.8333333333333334No Hit
GAGTAATACGATCCAAAAGGATTTCAACACTTAATCTTGGAGCCAAATGA10.8333333333333334No Hit
TCACTGTACTGACTGGCGCGGTTGGCGTGAGCGGTGCGCTGTCGCTGGTA10.8333333333333334No Hit
TACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTAC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGATGGTTCTGGAGATGAGCATTGGGGCGCCGGAAGCCCAGCAACGCCT10.8333333333333334No Hit
ATACTCTCCACAGTGACCTCTGCCTTCCAGTCTCTCCCTAGAACCCTGCC10.8333333333333334No Hit
TGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATACCA10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGGTGATAC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTG10.8333333333333334No Hit
TGTTGGCTGCTGAAAAGTACATTTTTAGCAATGGCTCAATGACAATTATT10.8333333333333334No Hit
TCCTTTTATTGTCATACATGAAGGAAATGAATATTTAAACAGATTTTTTC10.8333333333333334No Hit
ATGATTAAGAGGGACGGCCGGGGGCATTCGTATTGCGCCGCTAGAGGTGA10.8333333333333334No Hit
GCGCTGTGGATGCGCGGCATTCCGCTGTCGATCTCGGCGGCGGTGGGCTT10.8333333333333334No Hit
ATCCCGTTTCCAACGAAGGCCTCAATGCGGTCCATATATCCACTTGCAGA10.8333333333333334No Hit
TTTGGATAGCTGTGAGGATTTCGTTGGAAACGGGAATGTCTTCATAGAAA10.8333333333333334No Hit
CTCATCCTCCTGGGCCCCTGTGGCCTGCAGAAGAGCACTCATGTACTGCT10.8333333333333334No Hit
GGCTTGTCCCTGCGGTGTGGGCAGAAGCAGCTTCTTGCCCGTCTGCAAAA10.8333333333333334No Hit
GAATTAACCAGACAAATCGCTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACC10.8333333333333334No Hit
GGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTGGGGAAGCAGTGGTATCAAC10.8333333333333334Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 27bp)
GCAGGGGCGTGGAGGGCAGAGGGCCGCGGAGGCCGCAGTTGCAAACATGG10.8333333333333334No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph