FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003666043

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003666043
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC53

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GCCAGGGAGATGGTCTCCTTGGCGGCGCGGAGCACCTCTGTGGCCCTCTG16.666666666666667No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCGTTTATACCACT16.666666666666667No Hit
GCCAGATACGAGTACAAGAAAAATAAAGACGGCCGAAATGAATGCGAGCT16.666666666666667No Hit
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGAT16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
CCGCGTGATGGTGACTAAGCCGTAGGCGATGTCGGCTTGCGACTTGTTCA16.666666666666667No Hit
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGGAAGCCTCT16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTATCCCTTTTTTG16.666666666666667Illumina Single End PCR Primer 1 (100% over 38bp)
CCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACCTGTCTCTTAT16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ACCGCAGGGCCCGACATGTCGATCGACGTGTCGGGCTTCTTGCTCTCGGC16.666666666666667No Hit
GTCGTTGACGTCGAAACGCGGGTCGATGGTCAGTGTCGGCGCATAGCTGC16.666666666666667No Hit
AAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCGTTGATAC16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GGTATCAACGCAGAGTACATGGGAATGATACGGCTGCTTCCCATGTACTC16.666666666666667No Hit
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGTGATACGCGAC16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)