FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003666044

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003666044
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length140
%GC55

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTA16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGG16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
GTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGCTGTCTCTTAT16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
ATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAA16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
CGTCAAAGCCGGGCGCGTCCAGGACGTCACGGCACGCGTCTTTGTCGGCT16.666666666666667No Hit
TCTCGGGGTCGCGTATCACCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCC16.666666666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
CCCTGTCGACCGACTGACGATCAAGGCCGATGCGTCCTATTCGCGCACCG16.666666666666667No Hit
AGAGTGTACTGGTGTCGCGACCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTT16.666666666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)
TCATAAATATTTCTGGAATTGACTGTTCCTTTTAATGCATCTAAGTTATA16.666666666666667No Hit
GTATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATG16.666666666666667Clontech SMARTer II A Oligonucleotide (100% over 25bp)
GGTTTTCCCCGGCGCCGCGACGATGGGCGGGCCGAGAGCAAGAAGCCCGA16.666666666666667No Hit
CGGTGAAACTGGATGAACTGGTGAAGAAAATTGGCAAAGCTGTGGAAGAC16.666666666666667No Hit
GTACCCCCATGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCATGTACTCTGCG16.666666666666667Clontech Universal Primer Mix Long (96% over 26bp)
TATCAACGCAGAGTACATGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGAACTTGG16.666666666666667Clontech SMART CDS Primer II A (96% over 26bp)

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)