FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003676538

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003676538
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC54

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT28.333333333333332No Hit
TCATTGCGTCCGTCGCGGACGAGCACCGCCCCTTCACGAATGCCTGTTTC14.166666666666666No Hit
CGCCGGAGCGCTGCGTGGCGTGGGACGGGCAGGCGCTGACTTTCCGCGAC14.166666666666666No Hit
GTACATGGGGCACAGATCTCACTCTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT14.166666666666666Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 27bp)
GTGCTGGAGAGCCAGGCCTTCTACGCGATGGGCGTGAAGCCTCGCTGGGA14.166666666666666No Hit
ATCGCGAGCATGGTTTTCTACGGCCTGCTGGTCTGGATCGACCAGAAACT14.166666666666666No Hit
GCTCCTTGTAGTTGTTGGCCGGCAGGCCGGGCTTGCCGATCAGCGTCATC14.166666666666666No Hit
CACATGGTCCCCGCCAAGGCGACGACGAGAAGCTCCGCGACGAAAACGAT14.166666666666666No Hit
CGTTGAGGTAGCGCGGCTGGCTCTCGATGCTGAAGCCCTCGTCGTGCCGG14.166666666666666No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAT14.166666666666666No Hit
CTGCTCGTAGAGCGCGAGGAACTGTCCGTCCGGCGCGAACACCGCGTGCG14.166666666666666No Hit
GAAATTGTCATTGGCCTGCAGGATGGTGCCGTCGAGCGCGAACTCGATGA14.166666666666666No Hit
AAACGGGTCACTCCATCGATGTTCTTCTTCGGATCACGCCCGGAGTAGAA14.166666666666666No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG14.166666666666666No Hit
CCTATGGAGGCCACCCAGCGTCAGTGCTCGGAATATGCTGCGGCGCGACT14.166666666666666No Hit
GTGCTAGCCCGTCGAGACTGAAAAGCTATAACCCGCAGACCCGAGCGAAA14.166666666666666No Hit
CGGCCACCTCGGCCGGCCCGGTGCACCGGGCCATCGTGGGGATGCCCGCC14.166666666666666No Hit
AGCGCGAACTGCCGACGAACTGCTACCGGATCGACCCGAGCGGCCGCGTC14.166666666666666No Hit
ATTTGCTGGTAACCCGATCGGGAGGGTCGGCGGGCCGACGGGCCGAGCTC14.166666666666666No Hit
ATCCCACTAAGGTCACGTCAACCGGGGTCTTCCTAGACTAGCCTGCCGAG14.166666666666666No Hit
GTCAGGCACCGTGGCGCACTATACGCCCGAGAGCCTAGCGACCCCCACCA14.166666666666666No Hit
ACGCAGAGTACATGGGGCGCGACCACGAGATTACACTCTTTCCCCAAAAA14.166666666666666No Hit
GGCACAGGTTGCAGCTTTCACCCAACAGGCACGGGATCCAATGGGCCGCG14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)