FastQCFastQC Report
Wed 31 Aug 2022
EGAF00003676543

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003676543
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length100
%GC60

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGCCAGGCGCGTGAGGACATCGCCACCCGCGATGCCGAGATCGGCGAGCT213.333333333333334No Hit
GTGGGTGGCAGGCCCAGGGACATTCCGGTCCCTACGGCCCAGGCCCTCAG213.333333333333334No Hit
ATGTCATCAAGGTCCGCGTTGCTTCTGCCTGACGCAGGCACCTTGCAGCG16.666666666666667No Hit
CTATAATTCCGACGGTAGCAAAGGCACGGTAAAGAATTTTACAGGCTTCC16.666666666666667No Hit
CTTCTTGAGTGGTTGCCGCAAGGTTTGGAACAGGACGGAATCGTTGATTC16.666666666666667No Hit
GCTGGCCTGCGCTCGCTCTGCCGCGCGCCTGGCCTACCTGGAGGAGCTGC16.666666666666667No Hit
CGCCCCGCTCGTCCTCTTCGTGGCTCTCGATTGCTATGGAACGATCGGTT16.666666666666667No Hit
CGTCTGCGCGGCGAGCGCGGCGCGGCGCGGCTTCCAGAACCCGCGCGCGT16.666666666666667No Hit
CTTCATGATGGCTCACGAAATCGACCAATTGGATGCAGACGCCAAATTGC16.666666666666667No Hit
AAGGAGAACAGGAAGACGGCGATCGCCACGAAGGACGGTCCGAAGGAGGG16.666666666666667No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTT16.666666666666667No Hit
ACGCCGGTCGGGTCAAAGGTCTGGATCGTGGCCAGGACCCCTTCCACGCG16.666666666666667No Hit
CCGTCGAGGCAGACATACGGCAACCCCAAAGTCGCAGCCAGTTCCGAAAG16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)