FastQCFastQC Report
Thu 1 Sep 2022
EGAF00003683960

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003683960
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences645
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length35-76
%GC47

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGTTTGGTGGATTAGCCAGGTGGGCTCGATGCCATCAAAGGGCTCTTATAAGGG10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTTTGGTGGCATGCAATTTTCATAGTATTCT10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGGGGGTGTGAGGTAGGTGATACTGGGGTCTAGTGAGCAGGGCTAGGAATGCTGCT10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGTTGTTGGCTGAAAAACTTGCAGTCTTGAAAGTCTCTGCTCTGATTACCAAGCTC10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGGGGTTTGGTCCATATTGACTGTTCATGTA10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTGGGGTTTTCCTATTAGATTTGTTTGTATTTCTGGTTCTCTCCCCCCACAAACCCA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTGTGGGTTTGTGCACATAATGTACCCATTTT10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTCTCTATGCGGGGCGTCACGCCTGAAACATCATAAAAGGCT10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGGTTTGTTGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTC10.15503875968992248No Hit
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GGGTGTGTTTGGGTTTGGTTGGGACACAGATCCAAACTGTATCACATTCAAAGAGACTTAGACTTCAACACAATA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTTTTGTTGGTTTTTTATTTGTAAGCAGTTTTGAGTGTATGAATGATTAATTGTAA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTGTGGTGTTGTGTTGGGTGTGTTTGGTGGG10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGGTTTGTGGTGCCAGGAATTTATCCTTTTCTTCTAGATTTTCTAATTTGTGTGCAT10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTTTTGTAGATGGGAAGATAGTCGTGTTGGG10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTGGTGTGGGTGTGTTTGGTGGTGTGGTGGAAAAGGAAATATCTTCACATAAAAACTTGAT10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTGTTAGGAGTTCTGGGTACAAACTGTGAGA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGGTTGGTGGAGACTGCTGCGCTCGGACTGTTGGATTTTTTTTTTTTTTGAGAA10.15503875968992248No Hit
CAAGCAGAAGATCGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTTCAGAGCCGT10.15503875968992248Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 28bp)
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTGGGGGTGTGTGTTTGTGAGTGTTGTGTAC10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGGTGTGGGTTGGCAGCCTCTCCTTCTCCCAATACCTATCCGAAACAAAACCCCAA10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTGGTTGTGTGAGTAGGGTGAGTTTGAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAAGGTAAAAT10.15503875968992248Illumina Single End PCR Primer 1 (95% over 24bp)
CAGCGAGACCACAAGCCCACCAGGAGGAATGAACAACTCCAGATGCGTTG10.15503875968992248No Hit
TTGTTGGGTGTGTTTGGTTTGGGGTTGCTCGTCTCGAGGAGTATCTTTGT10.15503875968992248No Hit
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TGAGACTTTCCATTTTTAACAGATTCCAAGGTGATGTTGCTACTGGTCCATGGACCACAATTTAAGTCACAGCAA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTTGGGGTTGTTGGGTGTGTTTGGTGGGGGG10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGGGTTGGGGGTGGTTAAAGTTATCATTCCGCAGGCACCCC10.15503875968992248No Hit
CGGTGCATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTTCAAAGCCGTGTATATCAACGTGGTAGCCGAAAAATTA10.15503875968992248Illumina Single End PCR Primer 1 (96% over 31bp)
TGTGTAGGGTGTGTTTGGGGTTGGGTTTGGGGTGGGGAACTGCTGGTGTC10.15503875968992248No Hit
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TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGT10.15503875968992248No Hit
TTGTTGGGTGTGTTTGGGTTGGGGTGGAGAGTGGAATGAAGTTGGGAGAA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGGGGTTTTTCTCATTGTGGAGCTTACATTTTTATTT10.15503875968992248No Hit
TCTTGACCAAGATGGGGCAAGACTGAAGATGGAGCAGGCTGGGGTTGGGA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTTGGTTTGAAAAGGTCAATACTGCCAGGAA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTTTGTGGGGGAGACCTGGATGCCTCCCTGGGT10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGTTTTGGGGGGGGAAGTGTAGTTAGAGATATGAAGCCTTAAATCTATTCCTTTTCAA10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGGGGGGGAATGGGCTTGGAGAAGAGAGAATAAGAGGGAAAAATTCCCTGG10.15503875968992248No Hit
TGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTGTTGGGTGTGTTTGGTGTGTTGGGTGTGTTTGGTTGGTGGTGGATTTCGCTGGA10.15503875968992248No Hit
TGTTGGGTGTGTTTGGGGGGGGGTTTGGAGGAAAACTCTGTGGCCTTCAC10.15503875968992248No Hit
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