FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00003940053

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00003940053
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96000
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length239
%GC53

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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GGACTACCCGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTACCCATGCTTTCGAGCCTCA1060.11041666666666668No Hit
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GGACTACCGGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTGA1030.10729166666666667No Hit
GGACTACTAGGGTTTCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCA1030.10729166666666667No Hit
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GGACTACGGGGGTATCTAATCCTATTTGCTCCCCACGCTTTCGGGACTGA970.10104166666666667No Hit
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