FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00004833355

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00004833355
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences107229
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA79877.448544703391806No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA55765.200085797685327No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA55495.174906042208731No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA48194.4941200608044465No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA43744.079120387208684No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA36453.39926698934057No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA29422.743660763412883No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA27672.580458644583089No Hit
GACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA17801.6599986943830494No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA5130.47841535405533947No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG4380.40847158884257057No Hit
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GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA3220.30029189864682126No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA3150.29376381389362954No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG2910.27138180902554343No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG2860.2667188913446922No Hit
GACTANAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2830.26392114073618145No Hit
GANTANAAGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2780.2592582230553302No Hit
GANTACAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2720.2536627218383087No Hit
GANTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2690.2508649712297979No Hit
GACTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2690.2508649712297979No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA2640.24620205354894667No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG2630.2452694700127764No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA2400.22382004868086056No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG2370.22102229807234985No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA2190.20423579442128528No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTGATCTAGTGCTGTGGGGTTCATTCTGCC2100.19584254259575304No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG2090.19490995905958275No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2040.1902470413787315No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG2020.188381874306391No Hit
GANTACACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2010.18744929077022074No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1920.17905603894468847No Hit
GANTANACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1910.17812345540851823No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1900.17719087187234797No Hit
GANTANAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1900.17719087187234797No Hit
GANTANACGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1890.1762582883361777No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1880.17532570480000748No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG1850.1725279541914967No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1840.17159537065532646No Hit
GACTANACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1830.17066278711915622No Hit
GACTANACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1810.1687976200468157No Hit
GANTACAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1800.16786503651064544No Hit
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GANTANTAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1710.15947178468511317No Hit
GACTANAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1690.15760661761277267No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1690.15760661761277267No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1630.15201111639575113No Hit
GANTACTAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1630.15201111639575113No Hit
GACTANAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1610.15014594932341063No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG1590.14828078225107014No Hit
GANTANTCGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1560.14548303164255938No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG1560.14548303164255938No Hit
GANTANTAGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1550.14455044810638912No Hit
GACTANTAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1500.13988753042553786No Hit
GANTACTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1490.13895494688936763No Hit
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GACTACACGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1470.1370897798170271No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTTAATGTTGTGGACTTGTAATTTGTTGGC1440.13429202920851635No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1440.13429202920851635No Hit
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GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTACCCACACTTTCGAGCCTCAA1430.1333594456723461No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG1390.1296291115276651No Hit
GACTANTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1390.1296291115276651No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG1380.12869652799149484No Hit
GANTANTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1370.1277639444553246No Hit
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GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG1340.12496619384681383No Hit
GACTANCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1340.12496619384681383No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGATCTAGTGCTGTGGGGTTCATTCTGCC1330.12403361031064358No Hit
GANTANCCGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1330.12403361031064358No Hit
GACTANTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1310.12216844323830306No Hit
GANTANCCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1280.11937069262979233No Hit
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GACTACAGGGGTATCTAATCCTTAATGTTGTGGACTTGTAATTTGTTGGC1240.11564035848511131No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1230.11470777494894105No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG1230.11470777494894105No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTGATCTAGTGCTGTGGGGTTCATTCTGCC1220.1137751914127708No Hit
GANTANCAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1150.10724710665957903No Hit
GACTANCAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1120.10444935605106827No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG1110.10351677251489802No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG1110.10351677251489802No Hit
GACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1090.10165160544255752No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1080.10071902190638725No Hit
GACTANTGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1080.10071902190638725No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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