FastQCFastQC Report
Sat 3 Sep 2022
EGAF00004833403

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00004833403
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences190176
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA148027.78331650681474No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA98655.187300185091705No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA97225.112106680127882No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA88694.6635747938751475No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA78124.107773851590106No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA65663.4525912838633688No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA54362.858404846037355No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA51372.7011820629311796No Hit
GACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA32051.6852810028605083No Hit
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GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG12360.6499242806663301No Hit
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GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG7440.39121655729429583No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG7330.3854324415278479No Hit
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GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG5380.28289584384990746No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG5320.2797408716136631No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCATGAG5120.26922429749284876No Hit
GACTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA4980.26186269560827863No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG4970.2613368669022379No Hit
GANTANAAGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA4940.25975938078411576No Hit
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GANTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA4760.2502944640753828No Hit
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GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG4220.2218997139491839No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCAGTAGGAGTTGTCTTCATATGAGGAAGAG4140.21769308430085815No Hit
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GACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG3910.20559902406192157No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3720.19560827864714792No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3610.1898241628807No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG3590.18877250546861854No Hit
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GANTANAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3500.18404004711425206No Hit
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GANTACAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3370.17720427393572272No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCATGAG3350.17615261652364128No Hit
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GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCATGAG3300.17352347299343765No Hit
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GANTANACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3220.1693168433451119No Hit
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GACTACCGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCATGAG2090.10989819956251051No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2080.10937237085646981No Hit
GACTACCGGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG2070.10884654215042908No Hit
GANTANTGGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA2060.10832071344438836No Hit
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[WARN]Adapter Content

Adapter graph

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