FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00004833427

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00004833427
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences159610
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA142938.954952697199424No Hit
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GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA97396.101748010776268No Hit
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GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA64474.039220600213019No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA55153.4552972871373973No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA51463.2241087651149676No Hit
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GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG5570.3489756280934779No Hit
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GANTACAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3610.2261763047428106No Hit
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GANTACTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA3120.1954764739051438No Hit
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GANTACCAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1810.11340141595138149No Hit
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GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG1670.10463003571204813No Hit
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[WARN]Adapter Content

Adapter graph

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