FastQCFastQC Report
Fri 2 Sep 2022
EGAF00004833453

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameEGAF00004833453
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60440
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GACTACAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA34435.696558570483123No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA23823.941098610191926No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA23253.846790205162144No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA20623.411647915287889No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA18353.0360688285903374No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA15152.5066181336863007No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA12652.0929847782925215No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA11391.884513567174057No Hit
GACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA7141.1813368630046328No Hit
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GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA2270.3755790866975513No Hit
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GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1940.32097948378557245No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1690.2796161482461946No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG1690.2796161482461946No Hit
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GACTANAAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1540.2547981469225678No Hit
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GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG1490.24652547981469228No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1470.24321641297154203No Hit
GANTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1460.2415618795499669No Hit
GACTANAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1430.23659827928524158No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1420.23494374586366645No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA1330.2200529450694904No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAG1230.20350761085373925No Hit
GANTACAAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1180.19523494374586367No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1150.1902713434811383No Hit
GANTANACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1140.1886168100595632No Hit
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GANTANAGGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1130.1869622766379881No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA1120.18530774321641297No Hit
GANTANAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1110.18365320979483785No Hit
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GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAA1090.18034414295168763No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG1050.17372600926538717No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCATCAG1050.17372600926538717No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG1040.17207147584381205No Hit
GANTANACGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA1030.17041694242223693No Hit
GACTANACGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA960.1588352084712111No Hit
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GACTACTCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA920.15221707478491067No Hit
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GANTANTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA890.1472534745201853No Hit
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GACTANTAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA810.1340172071475844No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA800.13236267372600927No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA800.13236267372600927No Hit
GANTACAGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA790.13070814030443414No Hit
GACTACTAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCATCAG780.12905360688285902No Hit
GACTACCCGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA770.1273990734612839No Hit
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GACTACCGGGGTATCTAATCCCAGTTTGAATCTTCGCTATTGTGTATTCA760.12574454003970878No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG760.12574454003970878No Hit
GACTACTGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAG760.12574454003970878No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAG750.1240900066181337No Hit
GACTACAAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG730.12078093977498346No Hit
GANTACTAGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA730.12078093977498346No Hit
GANTANTGGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA720.11912640635340835No Hit
GANTANTAGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA690.11416280608868298No Hit
GACTANTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA690.11416280608868298No Hit
GACTANTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA680.11250827266710786No Hit
GACTACCAGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGTTATTCTGTGTTCA670.11085373924553275No Hit
GACTACTCGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCATCAG670.11085373924553275No Hit
GACTANCCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA670.11085373924553275No Hit
GANTACTCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA650.10754467240238254No Hit
GANTANCCGGGTATCTAATNCCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA650.10754467240238254No Hit
GACTACAGGGGTATCTAATCCTAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA620.10258107213765719No Hit
GANTANCCGGGTATCTAATCNCAGTTTGGGTCTTAGCTATTGTGTGTTCA620.10258107213765719No Hit
GACTACACGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAA620.10258107213765719No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

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